| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434877 | 113 (1.150) | 7 (0.080) | 6/140 | NT | 6.5% | intergenic (+145/+242) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2434908 | 101 (1.170) | intergenic (+176/+211) | ybbH_3/yifK | putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK | |||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACG > USA300TCH1516_ALE/2434787‑2434967 | aaaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCA > 1:3676419‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAg > 1:1866676/1‑91 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAg < 1:1407816/91‑1 (MQ=255) aaGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAg > 1:1890161/1‑91 (MQ=255) aGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGt < 1:1688326/91‑1 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGGAGtt > 1:3454218/1‑91 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGtt > 1:832908/1‑91 (MQ=255) gCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGtt > 1:3455807/1‑91 (MQ=255) ttACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGa > 1:2350951/1‑91 (MQ=255) tACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAt > 1:3797146/1‑91 (MQ=255) tACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAt < 1:3932694/91‑1 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt < 1:2760157/91‑1 (MQ=255) aCATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGAtt > 1:1832470/1‑91 (MQ=255) cATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTa > 1:3778864/1‑91 (MQ=255) cATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTa > 1:3230406/1‑91 (MQ=255) aTGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTaa > 1:4031118/1‑91 (MQ=255) aTGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTaa > 1:2526318/1‑91 (MQ=255) gTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACg < 1:2743226/91‑1 (MQ=255) cTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGa < 1:169532/91‑1 (MQ=255) cTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGa < 1:504912/91‑1 (MQ=255) ttttATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGat > 1:2579153/1‑91 (MQ=255) tttATCTTGTATATCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGCCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGatt < 1:4146033/91‑1 (MQ=255) ttATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGattc > 1:1463657/1‑91 (MQ=255) tCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGattcatt < 1:2940342/91‑1 (MQ=255) tCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGattcatt < 1:2898533/91‑1 (MQ=255) cTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGattcattc > 1:1341454/1‑91 (MQ=255) cTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGattcattc > 1:3578395/1‑91 (MQ=255) cTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGattcattc > 1:29009/1‑91 (MQ=255) gTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCat > 1:1761462/1‑91 (MQ=255) ataACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatat > 1:689766/1‑91 (MQ=255) ataACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatat > 1:601318/1‑91 (MQ=255) aaCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCatatat < 1:2053623/91‑1 (MQ=255) aCATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACCGATTCATTCCATATATc > 1:3547870/1‑91 (MQ=255) cATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCa > 1:2595831/1‑91 (MQ=255) cATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCa > 1:3144209/1‑91 (MQ=255) cATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCa < 1:1360940/91‑1 (MQ=255) aTACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaa < 1:3940519‑M1/91‑31 (MQ=255) tACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaac < 1:776722‑M1/91‑32 (MQ=255) aCGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaact < 1:2423812‑M1/91‑33 (MQ=255) aCGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATt < 1:2969217‑M2/91‑2 (MQ=255) aCGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATt < 1:730330‑M2/91‑2 (MQ=255) cGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtg < 1:1702257‑M2/91‑3 (MQ=255) cGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtg < 1:1705781‑M2/91‑3 (MQ=255) gCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgc < 1:3960821‑M1/91‑35 (MQ=255) atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt < 1:94494‑M2/91‑6 (MQ=255) tatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtt < 1:3904045‑M2/91‑7 (MQ=255) tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg > 1:2666169‑M2/1‑83 (MQ=255) aCCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtt < 1:953765‑M2/91‑11 (MQ=255) ccAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTa > 1:2588046/1‑91 (MQ=255) ccAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTa < 1:3228865/91‑1 (MQ=255) ccAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTa > 1:2787913/1‑91 (MQ=255) cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt > 1:499897/1‑91 (MQ=255) cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt < 1:3902273/91‑1 (MQ=255) aaTGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAtt < 1:1146650/91‑1 (MQ=255) aaTGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAtt < 1:4004249/91‑1 (MQ=255) aTGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAttt > 1:4033724/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 1:936593/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata > 1:3125604/1‑91 (MQ=255) gATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTaataat > 1:1110301/1‑91 (MQ=255) aTAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATg > 1:1532349/1‑91 (MQ=255) aTAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATg > 1:459970/1‑91 (MQ=255) tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc > 1:2444202/1‑91 (MQ=255) tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc < 1:177337/91‑1 (MQ=255) tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc < 1:176935/91‑1 (MQ=255) aaGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCt < 1:1309885/91‑1 (MQ=255) aGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTa < 1:1475771/91‑1 (MQ=255) ggCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAt > 1:3725476/1‑91 (MQ=255) gCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtt > 1:831871/1‑91 (MQ=255) gCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtt < 1:143447/91‑1 (MQ=255) ccATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttt > 1:591858/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttttt > 1:2228162/1‑91 (MQ=255) aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt < 1:2199843/91‑1 (MQ=255) ttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttta > 1:2006204/1‑91 (MQ=255) ttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttta > 1:4054734/1‑91 (MQ=255) ttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttta > 1:2006218/1‑91 (MQ=255) ttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttta < 1:3566134/91‑1 (MQ=255) cTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaaa > 1:1006810/1‑91 (MQ=255) cTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaaa > 1:931801/1‑91 (MQ=255) atatTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgttattaatataagaaattgaatggccttatcaaa < 1:3789809‑M2/91‑43 (MQ=255) atatTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGcc < 1:1594779/91‑1 (MQ=255) atTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCca > 1:1187154/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac < 1:1287288/91‑1 (MQ=255) ttAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac < 1:1287732/91‑1 (MQ=255) tAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcaca < 1:835055/91‑1 (MQ=255) aaaaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGt < 1:236350/91‑1 (MQ=255) aaaaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGt > 1:3111700/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGt < 1:305909/91‑1 (MQ=255) caaacGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtca > 1:3749374‑M1/1‑8 (MQ=255) caaacGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtca > 1:1709619‑M1/1‑8 (MQ=255) caaacGCAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtca > 1:1709607‑M1/1‑8 (MQ=255) caaacGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTaaaa > 1:1018892/1‑91 (MQ=255) acGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatat < 1:2258411‑M2/91‑56 (MQ=255) acGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACt > 1:414800/1‑91 (MQ=255) gCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgc < 1:1409452‑M2/91‑58 (MQ=255) gCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgc < 1:3960821‑M2/91‑58 (MQ=255) gCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTaa > 1:566729/1‑91 (MQ=255) cAattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgcg < 1:3350583‑M1/91‑90 (MQ=255) aattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgcgt < 1:730330‑M1/91‑91 (MQ=255) aattgatatatggaatgaatccgttaatcaactgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgcgt < 1:2969217‑M1/91‑91 (MQ=255) aGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACg < 1:1555007/91‑1 (MQ=255) | AAAGCTTACATGTCTTTTATCTTGTATAACATACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACG > USA300TCH1516_ALE/2434787‑2434967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |