BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	= 2434877	113 (1.150)	7 (0.080)	6/140	NT	6.5%	intergenic (+145/+242)	ybbH_3/yifK	putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 2434908	101 (1.170)	7 (0.080)	6/140	NT	6.5%	intergenic (+176/+211)	ybbH_3/yifK	putative HTH‑type transcriptional regulator YbbH/putative transport protein YifK

Only 100 of 134 total aligned reads displayed.

TACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACT  >  USA300TCH1516_ALE/2434818‑2434998

 aCGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATt                                                                                           <  1:2969217‑M2/91‑2 (MQ=255)

 aCGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATt                                                                                           <  1:730330‑M2/91‑2 (MQ=255)

  cGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtg                                                                                          <  1:1705781‑M2/91‑3 (MQ=255)

  cGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtg                                                                                          <  1:3350583‑M2/91‑3 (MQ=255)

     atatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgt                                                                                       <  1:94494‑M2/91‑6 (MQ=255)

      tatGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtt                                                                                      <  1:3904045‑M2/91‑7 (MQ=255)

        tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg                                                                                    >  1:1709619‑M2/1‑83 (MQ=255)

        tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg                                                                                    >  1:1709607‑M2/1‑83 (MQ=255)

        tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg                                                                                    >  1:2666169‑M2/1‑83 (MQ=255)

        tGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttg                                                                                    >  1:3749374‑M2/1‑83 (MQ=255)

           ccAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTa                                                                                 <  1:3228865/91‑1 (MQ=255)

           ccAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTa                                                                                 >  1:2587864/1‑91 (MQ=255)

           ccAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTa                                                                                 >  1:2588046/1‑91 (MQ=255)

           ccAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTa                                                                                 >  1:2787913/1‑91 (MQ=255)

            cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt                                                                                <  1:3902273/91‑1 (MQ=255)

            cAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAt                                                                                >  1:499897/1‑91 (MQ=255)

             aaTGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAtt                                                                               <  1:1146650/91‑1 (MQ=255)

             aaTGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAtt                                                                               <  1:4004249/91‑1 (MQ=255)

              aTGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTAttt                                                                              >  1:4033724/1‑91 (MQ=255)

                 aTTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaa                                                                           >  1:3633120/1‑91 (MQ=255)

                   ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata                                                                         >  1:936593/1‑91 (MQ=255)

                   ttGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaata                                                                         >  1:3125604/1‑91 (MQ=255)

                    tGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTtaataa                                                                        >  1:958740/1‑91 (MQ=255)

                     gATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTaataat                                                                       <  1:3183137/91‑1 (MQ=255)

                      aTAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATg                                                                      >  1:1532349/1‑91 (MQ=255)

                      aTAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATg                                                                      >  1:460026/1‑91 (MQ=255)

                       tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc                                                                     <  1:177337/91‑1 (MQ=255)

                       tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc                                                                     <  1:3101170/91‑1 (MQ=255)

                       tAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGc                                                                     >  1:2444202/1‑91 (MQ=255)

                        aaGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCCATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCt                                                                    <  1:895580/91‑1 (MQ=255)

                        aaGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCt                                                                    <  1:4047873/91‑1 (MQ=255)

                        aaGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCt                                                                    <  1:135649/91‑1 (MQ=255)

                         aGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTa                                                                   <  1:1475779/91‑1 (MQ=255)

                         aGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTa                                                                   <  1:1475771/91‑1 (MQ=255)

                          ggCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAt                                                                  >  1:3725476/1‑91 (MQ=255)

                           gCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAtt                                                                 <  1:143447/91‑1 (MQ=255)

                            ccATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttt                                                                >  1:591858/1‑91 (MQ=255)

                              aTTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTAttttt                                                              >  1:2228162/1‑91 (MQ=255)

                                   aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt                                                         <  1:2197574/91‑1 (MQ=255)

                                   aTTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttattt                                                         <  1:684791/91‑1 (MQ=255)

                                    tttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttt                                                        >  1:692423/1‑91 (MQ=255)

                                     ttCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTttttatttta                                                       >  1:2006204/1‑91 (MQ=255)

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                                       cTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTaaa                                                     >  1:931801/1‑91 (MQ=255)

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                                             ttAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCcac                                               <  1:1287289/91‑1 (MQ=255)

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                                                         gCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTaa                                   >  1:566729/1‑91 (MQ=255)

                                                          cAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAAc                                  <  1:2554412/91‑1 (MQ=255)

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                                                           aGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACg                                 <  1:1555007/91‑1 (MQ=255)

                                                           aGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACg                                 <  1:292992/91‑1 (MQ=255)

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                                                             ttGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATtgcgtttgtttttaatataagaaattgaatggccttatcaaatcattggtcatatgcgtat                               <  1:3940519‑M2/91‑62 (MQ=255)

                                                              tGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGata                              >  1:3976724/1‑91 (MQ=255)

                                                              tGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGata                              >  1:484123/1‑91 (MQ=255)

                                                               gATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGataa                             <  1:3009507/91‑1 (MQ=255)

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                                                                             ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata               >  1:2758412/1‑91 (MQ=255)

                                                                             ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata               <  1:3990785/91‑1 (MQ=255)

                                                                             ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata               >  1:3590721/1‑91 (MQ=255)

                                                                             ttcCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTtata               <  1:1236323/91‑1 (MQ=255)

                                                                               ccATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAg             <  1:3049368/91‑1 (MQ=255)

                                                                               ccATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAg             >  1:2141510/1‑91 (MQ=255)

                                                                               ccATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAg             <  1:1823444/91‑1 (MQ=255)

                                                                                cATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGt            <  1:322249/91‑1 (MQ=255)

                                                                                 atatatCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGtt           >  1:1905582/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  tatatCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGttt          <  1:2555490/91‑1 (MQ=255)

                                                                                    tatCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGttttt        <  1:3652213/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     atCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTc       <  1:1629762/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     atCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTc       <  1:1383844/91‑1 (MQ=255)

                                                                                     atCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTc       >  1:2785966/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTca      >  1:967356/1‑91 (MQ=255)

TACGCATATGACCAATGATTTGATAAGGCCATTCAATTTCTTATATTAAAAACAAACGCAGTTGATTAACGGATTCATTCCATATATCAATTGCGTTTGTTATTTTAATAATGCTATTTTTTATTTTAAAGCCCACAGTAAAAACTAACGATAATATTGCCACTTATAAGTTTTTCACACT  >  USA300TCH1516_ALE/2434818‑2434998

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.