New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2442821 | 78 (0.790) | 9 (0.110) | 7/128 | NT | 12.2% | intergenic (+18/+40) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2442838 | 67 (0.850) | intergenic (+35/+23) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
TTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAA > USA300TCH1516_ALE/2442731‑2442911 | atggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGAt < 1:1333992‑M1/16‑1 (MQ=255) tATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAtt < 1:1612647/91‑1 (MQ=255) tCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTa > 1:869255/1‑91 (MQ=255) atatatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTATTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATCTAAt < 1:3283257/91‑1 (MQ=255) atatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTCTTTACTACCTAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATgg > 1:3312610/1‑91 (MQ=255) tatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGc > 1:864552/1‑91 (MQ=255) cTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTg > 1:705995/1‑91 (MQ=255) ttGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAg < 1:1465784/91‑1 (MQ=255) ttGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAg > 1:687788/1‑91 (MQ=255) tGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGc > 1:1714767/1‑91 (MQ=255) attgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCt > 1:2238758‑M1/59‑91 (MQ=255) aaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaa < 1:577791‑M1/91‑19 (MQ=255) aaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTa < 1:528070‑M2/91‑2 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaat < 1:3947994‑M1/91‑20 (MQ=255) atgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCa > 1:642589‑M1/55‑91 (MQ=255) acTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatca < 1:4118721‑M1/91‑22 (MQ=255) acTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatca < 1:3476143‑M1/91‑22 (MQ=255) ttGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcata < 1:1054122‑M2/91‑7 (MQ=255) tGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataa < 1:1015126‑M2/91‑8 (MQ=255) ttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAAc > 1:995924‑M1/51‑91 (MQ=255) gTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataac < 1:3258953‑M2/91‑9 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataact > 1:2562866‑M2/1‑82 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataact < 1:1006125‑M2/91‑10 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataact > 1:1139676‑M2/1‑82 (MQ=255) aGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTGAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttc < 1:3511825‑M2/91‑12 (MQ=255) aGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttc < 1:1055873‑M2/91‑12 (MQ=255) aaaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcct < 1:4053653‑M2/91‑14 (MQ=255) aaaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcct < 1:1268332‑M2/91‑14 (MQ=255) aaaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcct < 1:1268342‑M2/91‑14 (MQ=255) aaaaTATAAGGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcct > 1:3980132‑M2/1‑78 (MQ=255) aaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttcctt < 1:3805586‑M1/91‑32 (MQ=255) aaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttt < 1:33814‑M2/91‑16 (MQ=255) atatAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcctttt < 1:4076692‑M2/91‑17 (MQ=255) tataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTa > 1:1437161/1‑91 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt > 1:3488819/1‑91 (MQ=255) taATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATc > 1:1866136/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 1:837495/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAACCTATCATAACTTCCTGTTATCAt > 1:2077834/1‑91 (MQ=255) tGAGTATGTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtt < 1:2095034/91‑1 (MQ=255) cacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgaaAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtt > 1:494416‑M1/37‑91 (MQ=255) gTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTa < 1:4076414/91‑1 (MQ=255) gTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTa < 1:3005357/91‑1 (MQ=255) tttACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttg > 1:1602279/1‑91 (MQ=255) ttACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgt > 1:1391917/1‑91 (MQ=255) actacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgttg > 1:2656667/1‑91 (MQ=255) actacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgttg > 1:2490036/1‑91 (MQ=255) ctacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgt > 1:2702234/1‑91 (MQ=255) tacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtg < 1:3734236/91‑1 (MQ=255) tacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtg < 1:396081/91‑1 (MQ=255) acATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgt > 1:1968314/1‑91 (MQ=255) cATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgtgtt < 1:3242940/91‑1 (MQ=255) aaTGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGAt > 1:1819071/1‑91 (MQ=255) aTGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATg > 1:1492620/1‑91 (MQ=255) gATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGtt > 1:1906546/1‑91 (MQ=255) gATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGtt < 1:1363120/91‑1 (MQ=255) atatTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGttt < 1:4043497/91‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTc < 1:2802869/91‑1 (MQ=255) tttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGa < 1:286714/91‑1 (MQ=255) tttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTACGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGa < 1:3851470/91‑1 (MQ=255) ttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGAt < 1:3579380/91‑1 (MQ=255) tCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATa > 1:2798509/1‑91 (MQ=255) tAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTgg < 1:242102/91‑1 (MQ=255) tAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTgg < 1:1364576/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt > 1:3921944/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGt > 1:3922785/1‑91 (MQ=255) gAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATCTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTa > 1:1505825/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc < 1:2166635/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc > 1:1098236/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc > 1:1218434/1‑91 (MQ=255) aaaaGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatat > 1:3477870‑M1/1‑16 (MQ=255) AAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAt > 1:1194794‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAt > 1:2945669‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattt > 1:471588‑M1/1‑14 (MQ=255) aaGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattt > 1:471644‑M1/1‑14 (MQ=255) aGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatatttt > 1:3943879‑M1/1‑13 (MQ=255) aGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatatttt > 1:673046‑M1/1‑13 (MQ=255) ggAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttc > 1:1703631‑M1/1‑12 (MQ=255) GAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTAt > 1:2195146‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttctt < 1:73850‑M1/91‑82 (MQ=255) aaGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttctt < 1:74098‑M1/91‑82 (MQ=255) aaGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttctt < 1:879574‑M2/91‑65 (MQ=255) aaGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttctt < 1:500870‑M2/91‑65 (MQ=255) aGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttctta < 1:1006125‑M1/91‑83 (MQ=255) AGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCa > 1:3744915‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCa > 1:808815‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCa > 1:807471‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttcttac > 1:1796166‑M1/1‑8 (MQ=255) ttATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttcttaca < 1:2484676‑M2/91‑68 (MQ=255) TTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaa < 1:966335‑M1/91‑1 (MQ=255) TATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAAc > 1:2791012‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttcttacaag > 1:2077256‑M1/1‑5 (MQ=255) aTGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttcttacaag < 1:791243‑M1/91‑87 (MQ=255) ATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACa < 1:1667623‑M1/91‑1 (MQ=255) tGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttcttacaagt > 1:3436731‑M1/1‑4 (MQ=255) tGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttcttacaagt > 1:3946030‑M1/1‑4 (MQ=255) tGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttcttacaagt < 1:4118721‑M2/91‑71 (MQ=255) gATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaaatactcattatattttcttacaagtg < 1:1924004‑M2/91‑72 (MQ=255) GATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATc > 1:316457‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCa < 1:1648075‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCaa > 1:2481146‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAA > USA300TCH1516_ALE/2442731‑2442911 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |