| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2494782 = | 89 (0.910) | 8 (0.090) | 7/138 | NT | 9.8% | intergenic (‑145/+62) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2494828 = | 70 (0.830) | intergenic (‑191/+16) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC | |||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
ACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGC > USA300TCH1516_ALE/2494692‑2494872 | ttggcgctgtatcaagtttagtttcagctattgttagaaaacatagcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaata < 1:2738167‑M1/1‑1 (MQ=255)aCAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAA < 1:33844‑M1/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAGCGAAGGTATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAA < 1:2976077‑M1/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAA > 1:2905025‑M1/1‑91 (MQ=255) ggcgctgtatcaagtttagtttcagctattgttagaaaacatagcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaataat < 1:103592‑M1/3‑1 (MQ=255) cgctgtatcaagtttagtttcagctattgttagaaaacatagcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAg < 1:505956‑M1/5‑1 (MQ=255) aaaaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAG > 1:2705776‑M1/1‑91 (MQ=255) gctgtatcaagtttagtttcagctattgttagaaaacatagcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGc < 1:1171850‑M1/6‑1 (MQ=255) aaaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGC < 1:3970902‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCT > 1:2113704‑M1/1‑91 (MQ=255) tgtatcaagtttagtttcagctattgttagaaaacatagcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCta < 1:1871035‑M1/8‑1 (MQ=255) aGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTA > 1:314192‑M1/1‑91 (MQ=255) gtatcaagtttagtttcagctattgttagaaaacatagcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCtat < 1:547414‑M1/9‑1 (MQ=255) gCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTAT > 1:1989675‑M1/1‑91 (MQ=255) tatcaagtttagtttcagctattgttagaaaacatagcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCtata > 1:805302‑M1/82‑91 (MQ=255) cGAAGATATGTCACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATA < 1:3483737‑M1/91‑1 (MQ=255) cGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATA > 1:716755‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATAcc > 1:227943/1‑91 (MQ=255) gATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCAt > 1:363929/1‑91 (MQ=255) gATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCAt > 1:1583446/1‑91 (MQ=255) gATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCAAATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCAt > 1:1200217/1‑91 (MQ=255) tatGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGa < 1:1210136/91‑1 (MQ=255) 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gAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACaa > 1:3831412/1‑91 (MQ=255) tttGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACg < 1:1994082/91‑1 (MQ=255) tGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTc > 1:1883178/1‑91 (MQ=255) ggTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCt < 1:1599845/91‑1 (MQ=255) agaaaacatagcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTg > 1:1108556‑M1/56‑91 (MQ=255) aGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtat < 1:3653882‑M2/91‑5 (MQ=255) gCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtata < 1:3127740‑M2/91‑6 (MQ=255) acaTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagc < 1:193833‑M1/91‑32 (MQ=255) acaTAGTATGACAGCTAAAATAACTATACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagc > 1:3867732‑M2/1‑84 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagct < 1:3332986‑M1/91‑33 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagct < 1:178025‑M1/91‑33 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagct > 1:2341278‑M2/1‑83 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagct > 1:1022561‑M2/1‑83 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagct > 1:1732992‑M2/1‑83 (MQ=255) caTAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagct > 1:2979430‑M2/1‑83 (MQ=255) tAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctat < 1:3066‑M2/91‑11 (MQ=255) tAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctat < 1:3001676‑M2/91‑11 (MQ=255) tAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctat > 1:2028616‑M2/1‑81 (MQ=255) agcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCtat > 1:1863102‑M1/47‑91 (MQ=255) gcacaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaagtAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCtatt > 1:4142390‑M1/46‑91 (MQ=255) aGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctatt < 1:2781913‑M1/91‑36 (MQ=255) tATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCtattat < 1:1155907/91‑1 (MQ=255) acaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCtattat > 1:365323‑M1/44‑91 (MQ=255) aTGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTattatt > 1:892127/1‑91 (MQ=255) aTGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTattatt < 1:3287959/91‑1 (MQ=255) tGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattttat < 1:3096654‑M1/91‑40 (MQ=255) tGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTAttt > 1:1575886/1‑91 (MQ=255) aaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTAttt > 1:933313‑M1/42‑91 (MQ=255) tAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattta > 1:3415082/1‑91 (MQ=255) aaaTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtatttatt > 1:866492/1‑91 (MQ=255) aaTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATttatta < 1:69544/91‑1 (MQ=255) aTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTaa > 1:1481071/1‑91 (MQ=255) 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aataGCTATACaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatact > 1:722853‑M1/1‑11 (MQ=255) aataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTgtatagctattttatttgtatagcgcttgatgtaaagttattttagctgtcatact < 1:2781913‑M2/91‑57 (MQ=255) AATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGc < 1:141899‑M1/91‑1 (MQ=255) AATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGc > 1:617696‑M1/1‑91 (MQ=255) AATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGc < 1:3344350‑M1/91‑1 (MQ=255) AATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGc < 1:3385495‑M1/91‑1 (MQ=255) | ACAAAAAAGCGAAGATATGACACAACTGAATTTGGTTTAGCACATAGTATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGC > USA300TCH1516_ALE/2494692‑2494872 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |