| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2494782 = | 89 (0.910) | 8 (0.090) | 7/138 | NT | 9.8% | intergenic (‑145/+62) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2494828 = | 70 (0.830) | intergenic (‑191/+16) | USA300HOU_RS12845/mnmC_2 | hypothetical protein/tRNA 5‑methylaminomethyl‑2‑thiouridine biosynthesis bifunctional protein MnmC | |||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATAGCTGAAACTAAACTTGATACAGCGCCAAA > USA300TCH1516_ALE/2494739‑2494918 | tATGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCtattat < 1:1155907/91‑1 (MQ=255)acaaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCtattat > 1:365323‑M1/44‑91 (MQ=255) aTGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTattatt > 1:892127/1‑91 (MQ=255) aTGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTattatt < 1:3287959/91‑1 (MQ=255) tGACAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTAttt > 1:1575886/1‑91 (MQ=255) aaaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTAttt > 1:933313‑M1/42‑91 (MQ=255) aaacgtactgaagtgccgtcataatttaataaatagaaatAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTc > 1:719268‑M1/41‑91 (MQ=255) cAGCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCta < 1:3066771/91‑1 (MQ=255) gCTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtatt < 1:374577/91‑1 (MQ=255) cTAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattt > 1:1423282/1‑91 (MQ=255) tAAAATAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtattta > 1:3415246/1‑91 (MQ=255) aaaTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCtatttatt > 1:866492/1‑91 (MQ=255) aaTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATttatta < 1:69544/91‑1 (MQ=255) aaTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATttatta < 1:3896788/91‑1 (MQ=255) aTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTaa > 1:808319/1‑91 (MQ=255) aTAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTaa > 1:1481071/1‑91 (MQ=255) tAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTaaa < 1:3463951/91‑1 (MQ=255) tAACTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTaaa < 1:3463997/91‑1 (MQ=255) aaCTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAAt < 1:2895944/91‑1 (MQ=255) aCTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACTAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAAtt < 1:3508441/91‑1 (MQ=255) aCTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAAtt < 1:900219/91‑1 (MQ=255) cTTTACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTa < 1:2428546/91‑1 (MQ=255) ttACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATg < 1:2855117/91‑1 (MQ=255) ttACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATg > 1:4069317/1‑91 (MQ=255) tACATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGa > 1:4020407/1‑91 (MQ=255) cATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACg < 1:2648159/91‑1 (MQ=255) cATCAAGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACg > 1:1388926/1‑91 (MQ=255) aGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACt > 1:2406892/1‑91 (MQ=255) aGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACt > 1:2416991/1‑91 (MQ=255) aGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATGATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACt > 1:3329619/1‑91 (MQ=255) aGCGCTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGGCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGCCGGCACt > 1:2916858/1‑91 (MQ=255) cgcTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTc > 1:2033487/1‑91 (MQ=255) cgcTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTc > 1:2034899/1‑91 (MQ=255) gcTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCa > 1:494420/1‑91 (MQ=255) cTATACAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAg < 1:2263843/91‑1 (MQ=255) ataCAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTa > 1:1259454/1‑91 (MQ=255) taCAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTAc > 1:1343437/1‑91 (MQ=255) taCAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTAc > 1:3102729/1‑91 (MQ=255) taCAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTAc > 1:3100704/1‑91 (MQ=255) taCAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTAc < 1:2722451/91‑1 (MQ=255) taCAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGAACTTCAGTAc > 1:3622216/1‑91 (MQ=255) aCAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACg < 1:346888/91‑1 (MQ=255) aCAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACg < 1:2835856/91‑1 (MQ=255) cAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAGATTATGACGGCACTTCAGTACGt < 1:3284613/91‑1 (MQ=255) cAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGt > 1:1126374/1‑91 (MQ=255) cAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGt < 1:3626425/91‑1 (MQ=255) cAAATAAAATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGt < 1:3626413/91‑1 (MQ=255) gaaataatagctatacaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGttt > 1:719268‑M2/52‑91 (MQ=255) aataaaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGttt > 1:1817050/1‑91 (MQ=255) aaataatagctatacaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGtttt > 1:933313‑M2/51‑91 (MQ=255) ataatagctatacaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTtgt > 1:365323‑M2/49‑91 (MQ=255) aaaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTtgt < 1:311762/91‑1 (MQ=255) aaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTtgtg > 1:2630994/1‑91 (MQ=255) aaataGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTtgtg < 1:2445198/91‑1 (MQ=255) AATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGc < 1:141899‑M1/91‑1 (MQ=255) AATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGc < 1:3385495‑M1/91‑1 (MQ=255) AATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGc > 1:617696‑M1/1‑91 (MQ=255) AATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGc < 1:3344350‑M1/91‑1 (MQ=255) atagctatacaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCt > 1:1863102‑M2/46‑91 (MQ=255) ATAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCt < 1:3781786‑M1/91‑1 (MQ=255) TAGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTa > 1:3742385‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCTATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTAt > 1:2202419‑M1/1‑91 (MQ=255) 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ATACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGttt < 1:2694639‑M1/91‑1 (MQ=255) acaagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTc > 1:673551‑M2/38‑91 (MQ=255) ACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTc > 1:356852‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCATGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTc > 1:2444859‑M1/1‑91 (MQ=255) caagacgtttgtagcgagcgtcatggtatagctattATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCt > 1:1108556‑M2/37‑91 (MQ=255) aTGACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTaa < 1:2211828/91‑1 (MQ=255) gACGCTCGCTACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACa > 1:101259/1‑91 (MQ=255) gctcgctACAAACGTCTTGTATAGCTATTATTTCTATTTATTAAATTATGACGGCACTTCAGTACGTTTTGTGCTATGTTTTCTAACAATa < 1:2818694/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |