New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2497326 = | 131 (1.330) | 7 (0.080) | 5/140 | NT | 6.1% | coding (376/945 nt) | USA300HOU_RS12865 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2497363 = | 102 (1.190) | coding (413/945 nt) | USA300HOU_RS12865 | hypothetical protein |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TTAGGCATTATTATTGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAA > USA300TCH1516_ALE/2497236‑2497416 | tagtaatgttattttttagttctttctcaatacgaattctacttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagt > 1:1497515‑M1/91‑91 (MQ=255) tAGGCATTATTATTGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAAttt < 1:1531958/91‑1 (MQ=255) tAGGCATTATTATTGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAAttt < 1:518686/91‑1 (MQ=255) agtaatgttattttttagttctttctcaatacgaattctacttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagtt > 1:2356423‑M1/90‑91 (MQ=255) gtaatgttattttttagttctttctcaatacgaattctacttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagTTa < 1:4132100‑M1/3‑1 (MQ=255) gCATTATTATTGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTaaa > 1:1978024/1‑91 (MQ=255) gCATTATTATTGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTaaa < 1:1228426/91‑1 (MQ=255) ttattattGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAAtt > 1:1647590/1‑91 (MQ=255) gttattttttagttctttctcaatacgaattctacttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagTTAAAAtt < 1:1433447‑M1/8‑1 (MQ=255) gttattttttagttctttctcaatacgaattctacttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagTTAAAAtt < 1:3205204‑M1/8‑1 (MQ=255) ttattttttagttctttctcaatacgaattctacttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagTTAAAAttt > 1:35113‑M1/83‑91 (MQ=255) tattGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTCTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTcac < 1:1167587/91‑1 (MQ=255) ttGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCAcag < 1:1013167/91‑1 (MQ=255) ttGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACACTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCAcag < 1:1678115/91‑1 (MQ=255) tGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCAcagc < 1:3587969/91‑1 (MQ=255) tGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCAcagc < 1:2158101/91‑1 (MQ=255) ggCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCAcagca > 1:4115718/1‑91 (MQ=255) ggCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCAcagca > 1:1035570/1‑91 (MQ=255) cAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGa < 1:2168098/91‑1 (MQ=255) aCGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACACTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGAtt < 1:3851485/91‑1 (MQ=255) cGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGAttt < 1:1953629/91‑1 (MQ=255) ggTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTg > 1:3017820/1‑91 (MQ=255) ggTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTg < 1:1393564/91‑1 (MQ=255) ggTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTg < 1:2850901/91‑1 (MQ=255) ggTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTg > 1:91706/1‑91 (MQ=255) gTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGc < 1:2837806/91‑1 (MQ=255) attatCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCAt < 1:1500936/91‑1 (MQ=255) attatCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCAt > 1:1315434/1‑91 (MQ=255) ttatCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCAtt > 1:1307849/1‑91 (MQ=255) ttatCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCAtt > 1:3158891/1‑91 (MQ=255) ttatCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCAtt < 1:2188189/91‑1 (MQ=255) atCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAg < 1:1342266/91‑1 (MQ=255) atCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAg < 1:3074288/91‑1 (MQ=255) atCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAg > 1:49458/1‑91 (MQ=255) atCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAg > 1:50338/1‑91 (MQ=255) tCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGa < 1:3710475/91‑1 (MQ=255) cGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGaa > 1:47516/1‑91 (MQ=255) gTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGaaa < 1:4028036/91‑1 (MQ=255) gTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGaaa < 1:4028145/91‑1 (MQ=255) tAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAAt > 1:3924675/1‑91 (MQ=255) tAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAAt > 1:3924475/1‑91 (MQ=255) aattctacttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAAtttt > 1:781647‑M1/57‑91 (MQ=255) ttctacttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTaa > 1:2586052‑M1/55‑91 (MQ=255) gTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTaa < 1:2525590/91‑1 (MQ=255) gTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTaa > 1:3963977/1‑91 (MQ=255) gTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTaa < 1:10081/91‑1 (MQ=255) tttGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAac > 1:3337557/1‑91 (MQ=255) tgtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAacta > 1:3536674/1‑91 (MQ=255) gtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTATCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac > 1:958927/1‑91 (MQ=255) gtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac > 1:496283/1‑91 (MQ=255) gtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac > 1:596417/1‑91 (MQ=255) gtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac > 1:596404/1‑91 (MQ=255) acttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac > 1:42959‑M1/51‑91 (MQ=255) tgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactact > 1:1520562/1‑91 (MQ=255) gACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAActacta > 1:2311237/1‑91 (MQ=255) aCGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTAt < 1:2743421/91‑1 (MQ=255) cGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTAtt > 1:707432/1‑91 (MQ=255) gCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTg > 1:200831/1‑91 (MQ=255) cTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGc < 1:1607587/91‑1 (MQ=255) aaaaTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGa > 1:2566180/1‑91 (MQ=255) aaaaTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGa > 1:1061339/1‑91 (MQ=255) aaaaTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGa > 1:1060934/1‑91 (MQ=255) aaTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGAcc < 1:1562122/91‑1 (MQ=255) aTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCa > 1:1408238/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCa < 1:710805/91‑1 (MQ=255) tGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCAt > 1:338163/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATta > 1:465754/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATta > 1:1741797/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATta < 1:1888873/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATtat < 1:927138/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATtat < 1:1452285/91‑1 (MQ=255) tttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAAt < 1:966296/91‑1 (MQ=255) tttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATGTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAAt < 1:1974652/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATc < 1:656018/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATc < 1:2962673/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATc < 1:2962616/91‑1 (MQ=255) gAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTa > 1:2004329/1‑91 (MQ=255) aTTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACtt < 1:2410650/91‑1 (MQ=255) aTTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACtt < 1:61722/91‑1 (MQ=255) aTTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACtt > 1:28497/1‑91 (MQ=255) tttACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTa < 1:3471749/91‑1 (MQ=255) tttACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTa < 1:1568398/91‑1 (MQ=255) tttACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTa < 1:3046214/91‑1 (MQ=255) ttACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTAc < 1:2893966/91‑1 (MQ=255) ttACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTAc > 1:1900074/1‑91 (MQ=255) ccTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAAGTTACGAt < 1:1882074/91‑1 (MQ=255) cTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGAtt > 1:2452953/1‑91 (MQ=255) tAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAAGTTACGATTa < 1:1168151/91‑1 (MQ=255) tAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATATTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTa > 1:2396438/1‑91 (MQ=255) tGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTtaat < 1:2969244/91‑1 (MQ=255) ttAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAg < 1:3833530/91‑1 (MQ=255) tAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGt < 1:1110081/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTa < 1:293429/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTa > 1:1272855/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTAGTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTa > 1:3299865/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAg < 1:1071583/91‑1 (MQ=255) tttAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGa < 1:2257651/91‑1 (MQ=255) tttAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGa > 1:84918/1‑91 (MQ=255) tttAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGa > 1:1797392/1‑91 (MQ=255) TTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGaa < 1:304647‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTAGGCATTATTATTGGCAACGGTATTATCGTAACAGTTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAA > USA300TCH1516_ALE/2497236‑2497416 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |