New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2497326 = | 131 (1.330) | 7 (0.080) | 5/140 | NT | 6.1% | coding (376/945 nt) | USA300HOU_RS12865 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2497363 = | 102 (1.190) | coding (413/945 nt) | USA300HOU_RS12865 | hypothetical protein |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAACATTACTAA > USA300TCH1516_ALE/2497273‑2497453 | tttGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAac > 1:3337557/1‑91 (MQ=255) ttGTGATGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAact > 1:182572/1‑91 (MQ=255) tgtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAacta > 1:3536674/1‑91 (MQ=255) gtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTATCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac > 1:958927/1‑91 (MQ=255) gtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac > 1:596404/1‑91 (MQ=255) gtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac > 1:496283/1‑91 (MQ=255) gtgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac < 1:4131517/91‑1 (MQ=255) acttttattaagtaatcgtaagttacgattataatggtcggcaatagtagTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactac > 1:42959‑M1/51‑91 (MQ=255) tgACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAactact > 1:1520562/1‑91 (MQ=255) gACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAActacta > 1:2311237/1‑91 (MQ=255) aCGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTAt < 1:152722/91‑1 (MQ=255) aCGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTAt > 1:2367671/1‑91 (MQ=255) aCGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTAt < 1:2743421/91‑1 (MQ=255) cGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTAtt > 1:1727168/1‑91 (MQ=255) cGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTAtt > 1:707432/1‑91 (MQ=255) gCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTg > 1:200831/1‑91 (MQ=255) cTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGc < 1:1607587/91‑1 (MQ=255) gAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCg > 1:1932907/1‑91 (MQ=255) aaaaTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGa > 1:1061339/1‑91 (MQ=255) aaaaTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGa > 1:2566180/1‑91 (MQ=255) aaTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGAcc < 1:1562122/91‑1 (MQ=255) aTGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCa > 1:1408238/1‑91 (MQ=255) tGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCAt > 1:338163/1‑91 (MQ=255) gAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCAtt > 1:600531/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATta > 1:1741797/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATta < 1:1888873/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATta < 1:704189/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATta > 1:465754/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATtat < 1:1452040/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATtat < 1:927746/91‑1 (MQ=255) tttttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATtata < 1:2852504/91‑1 (MQ=255) ttttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATaa > 1:155703/1‑91 (MQ=255) tttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAAt < 1:1048303/91‑1 (MQ=255) tttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAAt < 1:966296/91‑1 (MQ=255) tttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAAt < 1:1291229/91‑1 (MQ=255) tttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATGTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAAt < 1:1974652/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATc < 1:2964432/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATc < 1:2962616/91‑1 (MQ=255) aGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGt > 1:1322441/1‑91 (MQ=255) gAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTa > 1:375930/1‑91 (MQ=255) gAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTa > 1:2004329/1‑91 (MQ=255) acgattataatggtcggcaatagtagttaaaatttctaatgcaaatctgctgtgaaattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTaa > 1:3884349‑M2/64‑91 (MQ=255) aaTTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACt < 1:2847680/91‑1 (MQ=255) aTTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACtt < 1:2410650/91‑1 (MQ=255) aTTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACtt < 1:61722/91‑1 (MQ=255) tttACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTa < 1:476753/91‑1 (MQ=255) ttACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTAc < 1:2893966/91‑1 (MQ=255) aCCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAAGTTACGa < 1:2002810/91‑1 (MQ=255) ccTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAAGTTACGAt < 1:2975710/91‑1 (MQ=255) cTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGAtt < 1:726674/91‑1 (MQ=255) cTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGAtt > 1:2452953/1‑91 (MQ=255) cTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGAtt < 1:1017890/91‑1 (MQ=255) tAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAAGTTACGATTa < 1:1168151/91‑1 (MQ=255) aaGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTAc > 1:189206/1‑91 (MQ=255) gCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACtt < 1:3491431/91‑1 (MQ=255) tAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGt < 1:583804/91‑1 (MQ=255) tAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGt < 1:1110081/91‑1 (MQ=255) gtagttaaaatttctaatgcaaatctgctgtgaaattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGt > 1:41760‑M2/42‑91 (MQ=255) aaTTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTa < 1:293429/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTAGTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTa > 1:3299865/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAg < 1:1071583/91‑1 (MQ=255) tttAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGa > 1:84918/1‑91 (MQ=255) tttAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGa < 1:2182884/91‑1 (MQ=255) tttAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGa < 1:2257651/91‑1 (MQ=255) tttAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGa < 1:1606520/91‑1 (MQ=255) tttAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGa > 1:1797392/1‑91 (MQ=255) ttaaaatttctaatgcaaatctgctgtgaaattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGaa > 1:2586052‑M2/38‑91 (MQ=255) TTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGaa < 1:304647‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAAt > 1:503258‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaatttctaatgcaaatctgctgtgaaattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAAtt > 1:781647‑M2/36‑91 (MQ=255) aaaatttctaatgcaaatctgctgtgaaattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAAtt > 1:1457249‑M2/36‑91 (MQ=255) AAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTc < 1:3813371‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTc < 1:3320577‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAACTTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGt > 1:3852881‑M1/1‑91 (MQ=255) TTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTa > 1:3281243‑M1/1‑91 (MQ=255) ttctaatgcaaaactgctgtgaaattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCatat > 1:3208290‑M2/31‑91 (MQ=255) TCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTAtt < 1:3878192‑M1/91‑1 (MQ=255) acaGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTga > 1:861533/1‑91 (MQ=255) cagcagATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTgag > 1:2808287/1‑91 (MQ=255) agATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGagaaag < 1:915061/91‑1 (MQ=255) agATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGagaaag < 1:2528999/91‑1 (MQ=255) gATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGagaaaga < 1:1323949/91‑1 (MQ=255) ttGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACt < 1:4011143/91‑1 (MQ=255) ttGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACt < 1:4009424/91‑1 (MQ=255) gCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTaa > 1:3734939/1‑91 (MQ=255) gCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTaa > 1:3607653/1‑91 (MQ=255) cATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTaaa < 1:1286990/91‑1 (MQ=255) ttAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTaaaaa > 1:914049/1‑91 (MQ=255) tAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTaaaaaa < 1:1393578/91‑1 (MQ=255) aGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAAt < 1:3353311/91‑1 (MQ=255) aaattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATaa > 1:35727‑M2/10‑91 (MQ=255) aaattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATaa > 1:35113‑M2/10‑91 (MQ=255) aattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAAc < 1:3205204‑M2/83‑1 (MQ=255) aattttaaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAAc < 1:1433447‑M2/83‑1 (MQ=255) taaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAACATTAc < 1:4132100‑M2/88‑1 (MQ=255) aaCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAACATTACt > 1:2356423‑M2/3‑91 (MQ=255) aCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAACATTACTa > 1:3031935‑M2/2‑91 (MQ=255) aCTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAACATTACTa > 1:1497515‑M2/2‑91 (MQ=255) ctactaTTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAACATTACTaa > 1:3047691/1‑91 (MQ=255) ctactaTTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAACATTACTaa > 1:390756/1‑91 (MQ=255) | TTTGTGACGCTGAAAATGAATTTTTAGAAAATTTACCTAAGCGTGATATTAATTTAAAATTTCACAGCAGATTTGCATTAGAAATTTTAACTACTATTGCCGACCATTATAATCGTAACTTACGATTACTTAATAAAAGTAGAATTCGTATTGAGAAAGAACTAAAAAATAACATTACTAA > USA300TCH1516_ALE/2497273‑2497453 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |