| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2534553 | 72 (0.730) | 5 (0.050) | 4/150 | NT | 6.9% | coding (505/729 nt) | tcyB | L‑cystine transport system permease protein TcyB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2534570 | 67 (0.730) | coding (488/729 nt) | tcyB | L‑cystine transport system permease protein TcyB | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CTTGAGCTTTTCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCC > USA300TCH1516_ALE/2534463‑2534643 | cttGAGCTTTTCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGG > 1:2949869‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGAGCTTTTCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGa > 1:1044578/1‑91 (MQ=255) ttGAGCTTTTCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGa < 1:878578/91‑1 (MQ=255) tGAGCTTTTCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGaa < 1:2544315/91‑1 (MQ=255) tGAGCTTTTCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGaa < 1:1476893/91‑1 (MQ=255) tGAGCTTTTCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTCAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGaa > 1:3864093/1‑91 (MQ=255) aGCTTTTCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATc > 1:3491184/1‑91 (MQ=255) aGCTTTTCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATc < 1:2783888/91‑1 (MQ=255) tttCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGaca > 1:3297527/1‑91 (MQ=255) ttCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGacac < 1:2425831/91‑1 (MQ=255) ttCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGacac < 1:24702/91‑1 (MQ=255) ttCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGacac > 1:239421/1‑91 (MQ=255) ttCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGacac < 1:1373108/91‑1 (MQ=255) atCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGacac < 1:3031661/90‑1 (MQ=255) tCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACt < 1:1484339/91‑1 (MQ=255) tCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACt < 1:1484423/91‑1 (MQ=255) tCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACt < 1:633742/91‑1 (MQ=255) tCTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACt > 1:2970520/1‑91 (MQ=255) cTAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTc > 1:221790/1‑91 (MQ=255) tAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCg > 1:1443767/1‑91 (MQ=255) tAAACATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCg < 1:1953788/91‑1 (MQ=255) aaaCATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATAGACACTCGa > 1:3977511/1‑91 (MQ=255) aaCATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGaa < 1:2679432/91‑1 (MQ=255) aCATTTCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACCCTCGAAt > 1:2269920/1‑91 (MQ=255) cATTTCAGCGACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAAtt > 1:2091805/1‑91 (MQ=255) ttCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGcaattcgagtgtcgattcc < 1:3087984‑M1/91‑20 (MQ=255) ttCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGcaattcgagtgtcgattcc < 1:3087570‑M1/91‑20 (MQ=255) tCAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGcaattcgagtgtcgattcct < 1:1737230‑M1/91‑21 (MQ=255) cAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctg > 1:2540437‑M2/1‑87 (MQ=255) cAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctg < 1:3371398‑M2/91‑5 (MQ=255) cAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctg > 1:2251961‑M2/1‑87 (MQ=255) cAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctg < 1:2003103‑M2/91‑5 (MQ=255) aGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctgc < 1:1168582‑M2/91‑6 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:903608/1‑91 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg < 1:1098312/91‑1 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:3894355/1‑91 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:904166/1‑91 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg < 1:1508834/91‑1 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:2989238/1‑91 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:1659878/1‑91 (MQ=255) cACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGcaattcgagtgtcgattcctgcact < 1:1400273‑M1/91‑26 (MQ=255) aCTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTa > 1:880033/1‑91 (MQ=255) ataaatCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGa > 1:3759306/1‑91 (MQ=255) taaatCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGcaattcgagtgtcgattcctgcactaggtaata < 1:3843971‑M1/91‑34 (MQ=255) taaatCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGAt < 1:1479809/91‑1 (MQ=255) tCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGt < 1:1642805/91‑1 (MQ=255) tCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGt < 1:644450/91‑1 (MQ=255) cctgataatGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGtt < 1:3341554/87‑1 (MQ=255) ccTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGtt < 1:3354282/91‑1 (MQ=255) ccTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGtt < 1:1574652/91‑1 (MQ=255) cTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTg > 1:1385907/1‑91 (MQ=255) cTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTg < 1:2610910/91‑1 (MQ=255) cTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTg > 1:183480/1‑91 (MQ=255) cTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTg > 1:183387/1‑91 (MQ=255) aataatGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTa < 1:3894754/91‑1 (MQ=255) aataatGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTa < 1:1159818/91‑1 (MQ=255) aatGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCg > 1:1073206/1‑91 (MQ=255) atgatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGt < 1:127282/91‑1 (MQ=255) atgatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGt < 1:2370954/91‑1 (MQ=255) tgatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGtt > 1:736455/1‑91 (MQ=255) gatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGttt > 1:2125051/1‑91 (MQ=255) gatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGttt > 1:2091167/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |