| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2534553 | 72 (0.730) | 5 (0.050) | 4/150 | NT | 6.9% | coding (505/729 nt) | tcyB | L‑cystine transport system permease protein TcyB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2534570 | 67 (0.730) | coding (488/729 nt) | tcyB | L‑cystine transport system permease protein TcyB | |||||
CAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGTATAGAAATAA > USA300TCH1516_ALE/2534484‑2534660 | cAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctg < 1:2003103‑M2/91‑5 (MQ=255)cAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctg > 1:2251961‑M2/1‑87 (MQ=255)cAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctg > 1:2540437‑M2/1‑87 (MQ=255)cAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctg < 1:3371398‑M2/91‑5 (MQ=255) aGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctgc < 1:1168582‑M2/91‑6 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:2989238/1‑91 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg < 1:1098312/91‑1 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:3894355/1‑91 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:1659878/1‑91 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:904166/1‑91 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg > 1:903608/1‑91 (MQ=255) gCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCg < 1:1508834/91‑1 (MQ=255) aCTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTa > 1:880033/1‑91 (MQ=255) ataaatCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGa > 1:3759306/1‑91 (MQ=255) taaatCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGAt < 1:1479809/91‑1 (MQ=255) tCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGt < 1:644450/91‑1 (MQ=255) tCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGt < 1:1642805/91‑1 (MQ=255) cctgataatGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGtt < 1:3341554/87‑1 (MQ=255) ccTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGtt < 1:1574652/91‑1 (MQ=255) ccTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGtt < 1:3354282/91‑1 (MQ=255) cTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTg > 1:1385907/1‑91 (MQ=255) cTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTg < 1:2610910/91‑1 (MQ=255) cTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTg > 1:183387/1‑91 (MQ=255) cTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTg > 1:183480/1‑91 (MQ=255) aataatGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTa < 1:1159818/91‑1 (MQ=255) aataatGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTa < 1:3894754/91‑1 (MQ=255) aatGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCg < 1:1680278/91‑1 (MQ=255) aatGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCg > 1:1073206/1‑91 (MQ=255) atgatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGt < 1:127282/91‑1 (MQ=255) atgatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGt < 1:2370954/91‑1 (MQ=255) tgatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGtt > 1:736455/1‑91 (MQ=255) gatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGttt > 1:2091167/1‑91 (MQ=255) gatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGttt > 1:2125051/1‑91 (MQ=255) gatgTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGttt > 1:2091138/1‑91 (MQ=255) aTCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCa < 1:1966351/91‑1 (MQ=255) aTCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCa < 1:1373084/91‑1 (MQ=255) tGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGt < 1:3149707/91‑1 (MQ=255) gATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTc < 1:1352461/91‑1 (MQ=255) aTTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCa > 1:2311391/1‑91 (MQ=255) aTTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCa > 1:2311392/1‑91 (MQ=255) aTTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCa < 1:1391785/91‑1 (MQ=255) tAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATa < 1:553299/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATAcc < 1:4022606/91‑1 (MQ=255) aCTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCg > 1:429101/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCg < 1:963866/91‑1 (MQ=255) aCTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCg > 1:1038134/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCg > 1:313989/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGa > 1:1636609/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACCCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGa > 1:1636528/1‑91 (MQ=255) ttAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGAt > 1:698469/1‑91 (MQ=255) aaTGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAat < 1:2336317/91‑1 (MQ=255) aTGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAata > 1:591944/1‑91 (MQ=255) tGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAatat < 1:219723/91‑1 (MQ=255) gTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATg > 1:288743/1‑91 (MQ=255) tATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctgcactaggtaatacatttttaagtttaatcaaagatacatcattattaggattta < 1:3843971‑M2/91‑59 (MQ=255) tATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGc < 1:2878280/91‑1 (MQ=255) ttACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAg < 1:1451176/91‑1 (MQ=255) ccTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCtt < 1:1079031/91‑1 (MQ=255) ccTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCtt < 1:1493333/91‑1 (MQ=255) ccTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCtt < 1:2723780/91‑1 (MQ=255) aGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGcctgcactaggtaatacatttttaagtttaatcaaagatacatcattattaggatttattttagtg < 1:1400273‑M2/91‑67 (MQ=255) gCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGttt < 1:506979/91‑1 (MQ=255) gCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGttt < 1:396305/91‑1 (MQ=255) cAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGCTACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTg < 1:1664678/91‑1 (MQ=255) cAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTg < 1:3490825/91‑1 (MQ=255) cAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTg < 1:916291/91‑1 (MQ=255) aGGAATCGACACTCGAATTGcctgcactaggtaatacatttttaagtttaatcaaagatacatcattattaggatttattttagtggctga < 1:1737230‑M2/91‑72 (MQ=255) aGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGt > 1:539760/1‑91 (MQ=255) ggAATCGACACTCGAATTGcctgcactaggtaatacatttttaagtttaatcaaagatacatcattattaggatttattttagtggctgaa < 1:3087570‑M2/91‑73 (MQ=255) ggAATCGACACTCGAATTGcctgcactaggtaatacatttttaagtttaatcaaagatacatcattattaggatttattttagtggctgaa < 1:3087984‑M2/91‑73 (MQ=255) gAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTcc < 1:2546399/91‑1 (MQ=255) aTCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCtt < 1:2927313/91‑1 (MQ=255) aTCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCtt < 1:3750220/91‑1 (MQ=255) aTCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCtt > 1:4013578/1‑91 (MQ=255) cGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTc > 1:3970785/1‑91 (MQ=255) acacTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCgg > 1:3747804/1‑91 (MQ=255) acacTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCgg > 1:3676618/1‑91 (MQ=255) acacTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCgg > 1:3746611/1‑91 (MQ=255) acacTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCgg > 1:4034456/1‑91 (MQ=255) cacTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGt > 1:1515294/1‑91 (MQ=255) cacTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGt < 1:2399686/91‑1 (MQ=255) cacTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGt > 1:4063169/1‑91 (MQ=255) acTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGta > 1:828967/1‑91 (MQ=255) cTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGtat > 1:573197/1‑91 (MQ=255) cTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGtat > 1:2038666/1‑91 (MQ=255) aTTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGTATAGaaa > 1:3005192/1‑91 (MQ=255) tGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGTATAGAaata < 1:760032/91‑1 (MQ=255) gCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGTATAGAaataa < 1:434486/91‑1 (MQ=255) gCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGTATAGAaataa > 1:815355/1‑91 (MQ=255) gCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGTATAGAaataa < 1:4111962/91‑1 (MQ=255) | CAGCCACTAAAATAAATCCTAATAATGATGTATCTTTGATTAAACTTAAAAATGTATTACCTAGTGCAGGAATCGACACTCGAATTGCCTGCGGTAAAATGATACGTTGTATCGTTTGACCATACGTCATACCGATGGAATATGCAGCTTCTGTTTGTCCTTTCGGTATAGAAATAA > USA300TCH1516_ALE/2534484‑2534660 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |