| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2573677 = | 93 (0.950) | 13 (0.150) | 8/138 | NT | 14.7% | intergenic (‑203/+91) | norB_5/opuCD | Quinolone resistance protein NorB/Carnitine transport permease protein OpuCD |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2573715 = | 71 (0.840) | intergenic (‑241/+53) | norB_5/opuCD | Quinolone resistance protein NorB/Carnitine transport permease protein OpuCD | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TTTTACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATAAATCATGAAACGAAATCGCTAAATTATAAACATCTTCTACTA > USA300TCH1516_ALE/2573588‑2573767 | caatctaatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaagtgAg < 1:3461473‑M1/2‑1 (MQ=255)caatctaatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAg < 1:3461289‑M1/2‑1 (MQ=255) ttACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGc < 1:571565/91‑1 (MQ=255) tctaatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCt > 1:3990901‑M1/87‑91 (MQ=255) tACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCt < 1:3122617/91‑1 (MQ=255) tACAATAATTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAAAGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCt > 1:1352265/1‑91 (MQ=255) taatcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTAc < 1:1410296‑M1/7‑1 (MQ=255) aataatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACt > 1:2464548/1‑91 (MQ=255) atcatcggccgcaaagtattaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTc > 1:3454591‑M1/83‑91 (MQ=255) ataatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTc < 1:2704339/91‑1 (MQ=255) aatTAACGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCaa < 1:2461075/91‑1 (MQ=255) aaCGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGat > 1:1545340/1‑91 (MQ=255) aCGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGatt > 1:2776978/1‑91 (MQ=255) cGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGatta > 1:2606678/1‑91 (MQ=255) cGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGatta > 1:3012184/1‑91 (MQ=255) cGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGatta > 1:4116245/1‑91 (MQ=255) cGCTTTTTATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGatta > 1:581237/1‑91 (MQ=255) tttttATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTAttt < 1:1347619/91‑1 (MQ=255) ttttATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTg < 1:424091/91‑1 (MQ=255) ttttATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTg < 1:564342/91‑1 (MQ=255) ttttATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTg < 1:272549/91‑1 (MQ=255) tttATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGa < 1:2895657/91‑1 (MQ=255) tttATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGa < 1:2895641/91‑1 (MQ=255) ttATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAg > 1:2185935/1‑91 (MQ=255) ttATCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAg < 1:1452379/91‑1 (MQ=255) aTCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGcc > 1:3145259/1‑90 (MQ=255) aTCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCt < 1:1426352/91‑1 (MQ=255) aTCCAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCt < 1:3944432/91‑1 (MQ=255) ttaatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTcc > 1:2906850‑M1/65‑91 (MQ=255) ccAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTcc < 1:131591/91‑1 (MQ=255) ccAAAAACTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTcc < 1:2620527/91‑1 (MQ=255) aatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCtt > 1:1625208‑M1/63‑91 (MQ=255) aatatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCtt > 1:1464746‑M1/63‑91 (MQ=255) aaaaaCTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCtt > 1:456090/1‑91 (MQ=255) atatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTg > 1:2732913‑M1/62‑91 (MQ=255) atatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTg > 1:2733037‑M1/62‑91 (MQ=255) atatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTg > 1:3557084‑M1/62‑91 (MQ=255) atatgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTg > 1:1288955‑M1/62‑91 (MQ=255) aaaaCTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTg > 1:1613493/1‑91 (MQ=255) aaaaCTTTCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTg > 1:2062470/1‑91 (MQ=255) tgtaatagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGt > 1:1189100‑M1/59‑91 (MQ=255) ttCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTTAGTAGc < 1:3224885/91‑1 (MQ=255) ttCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGc < 1:2366173/91‑1 (MQ=255) tCATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGcc > 1:2212403/1‑91 (MQ=255) tagtagaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaaatgAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCt > 1:416923‑M1/54‑91 (MQ=255) cATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCt > 1:3213051/1‑91 (MQ=255) cATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCt > 1:3213316/1‑91 (MQ=255) cATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCt < 1:3282702/91‑1 (MQ=255) cATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCt > 1:414309/1‑91 (MQ=255) cATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCt > 1:414717/1‑91 (MQ=255) cATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCt > 1:2399687/1‑91 (MQ=255) cATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCt < 1:2149619/91‑1 (MQ=255) cATGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCt > 1:1949973/1‑91 (MQ=255) aTGATAATAATTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAAGCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTc < 1:4152620/91‑1 (MQ=255) 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ataatTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCAttttt < 1:524206/91‑1 (MQ=255) taatTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCAtttttt < 1:3414619/91‑1 (MQ=255) gaagatgtttataatttagcgatttcgtttcatgatttataaaaa‑GGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTta > 1:881925‑M1/46‑91 (MQ=255) atTGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTtat < 1:2036166/91‑1 (MQ=255) tGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATaa > 1:2578923/1‑91 (MQ=255) tGCTATTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAACCTATAAAAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATaa < 1:3242859/91‑1 (MQ=255) tGCTAGTTTAGTGTAAACGCATACATACACAACCTATAAGAAGGCTACTCAAAGATTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATaa < 1:3859391/91‑1 (MQ=255) gcgaTTTTAGTGTAAACGCATACAAACACAGCCTATAAAAAGGCTACTCAAAGCTTATTTGAGCTCCTTGAGTAGCCTCATTTTTTATaaa < 1:873766/88‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |