| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2580412 = | 107 (1.090) | 11 (0.130) | 7/142 | NT | 11.5% | intergenic (+47/‑561) | yveA/pnbA | Aspartate‑proton symporter/Para‑nitrobenzyl esterase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2580445 = | 74 (0.850) | intergenic (+80/‑528) | yveA/pnbA | Aspartate‑proton symporter/Para‑nitrobenzyl esterase | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
AGATGCGTGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGG > USA300TCH1516_ALE/2580322‑2580502 | aacttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaa < 1:2210863‑M1/1‑1 (MQ=255)aacttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaa < 1:3663856‑M1/1‑1 (MQ=255)aacttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaa < 1:2748225‑M1/1‑1 (MQ=255) acttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaa > 1:674058‑M1/90‑91 (MQ=255) cttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaac < 1:1039926‑M1/3‑1 (MQ=255) cttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaac < 1:1859777‑M1/3‑1 (MQ=255) cttcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaac < 1:3072314‑M1/3‑1 (MQ=255) aTGCGTGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTaac > 1:3704742/1‑91 (MQ=255) aTGCGTGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTaac < 1:1780695/91‑1 (MQ=255) tcgtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaacca > 1:486744‑M1/87‑91 (MQ=255) gCGTGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTaacca > 1:420695/1‑91 (MQ=255) gtagagcatagaacattgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaaccaac > 1:773433‑M1/85‑91 (MQ=255) gTGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTaaccaac < 1:904285/91‑1 (MQ=255) gTGAGTCACTAAATAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTaaccaac < 1:854454/91‑1 (MQ=255) 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aaaTAATGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTc > 1:3814918/1‑91 (MQ=255) taatGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAAc > 1:612364/1‑91 (MQ=255) atGAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACAt < 1:1255625/91‑1 (MQ=255) tgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATc > 1:2759256‑M1/69‑91 (MQ=255) tgatttatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATc > 1:2548585‑M1/69‑91 (MQ=255) gAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCGTATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCt > 1:3595295/1‑91 (MQ=255) gAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCt > 1:3048102/1‑91 (MQ=255) gAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCt > 1:1003577/1‑91 (MQ=255) gAATCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCt > 1:3595386/1‑91 (MQ=255) aaTCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCtt > 1:293107/1‑91 (MQ=255) aTCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttg < 1:1441968/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttgg > 1:3939874/1‑91 (MQ=255) tatgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCttggt > 1:1597389‑M1/64‑91 (MQ=255) atgtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCttggtt > 1:969227‑M1/63‑91 (MQ=255) aaGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttggttg > 1:3405555/1‑91 (MQ=255) aaGTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCttggttg > 1:2784412/1‑91 (MQ=255) gtcccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCttggttgg > 1:2793260‑M1/61‑91 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt < 1:2020340/91‑1 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt < 1:2020154/91‑1 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt < 1:3489091/91‑1 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt < 1:74723/91‑1 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt > 1:2561734/1‑91 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt < 1:74695/91‑1 (MQ=255) gTCATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTtggttggt > 1:2165494/1‑91 (MQ=255) cccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTggttggtt > 1:3827096‑M1/59‑91 (MQ=255) cccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTggttggtt > 1:2164630‑M1/59‑91 (MQ=255) ccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:1143048‑M1/58‑91 (MQ=255) cATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:1968145/1‑91 (MQ=255) cATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:3888494/1‑91 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt > 1:2650196/1‑91 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt > 1:3605406/1‑91 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt < 1:3827782/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |