New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2580412 = | 107 (1.090) | 11 (0.130) | 7/142 | NT | 11.5% | intergenic (+47/‑561) | yveA/pnbA | Aspartate‑proton symporter/Para‑nitrobenzyl esterase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2580445 = | 74 (0.850) | intergenic (+80/‑528) | yveA/pnbA | Aspartate‑proton symporter/Para‑nitrobenzyl esterase |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACATAAATCAATGTTCTATGCTCTACGAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/2580355‑2580535 | ccagcctgatcatcatcttgttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:1143048‑M1/58‑91 (MQ=255) cATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt < 1:2963235/91‑1 (MQ=255) cATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:3825615/1‑91 (MQ=255) cATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:1968145/1‑91 (MQ=255) cATCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGttt > 1:3888494/1‑91 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt < 1:3827782/91‑1 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt > 1:3605406/1‑91 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt < 1:3238639/91‑1 (MQ=255) aTCTCATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttt > 1:2650196/1‑91 (MQ=255) ctcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGtttttt < 1:1696808/91‑1 (MQ=255) tcATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTa > 1:1257522/1‑91 (MQ=255) cATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAt < 1:1988898/91‑1 (MQ=255) cATTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAt > 1:1909274/1‑91 (MQ=255) aTTAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAtt < 1:766963/91‑1 (MQ=255) ttAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAttt < 1:304240/91‑1 (MQ=255) ttAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAttt < 1:1847766/91‑1 (MQ=255) ttAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAttt < 1:303249/91‑1 (MQ=255) tAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAtttt < 1:2176627/91‑1 (MQ=255) tAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAtttt < 1:2395134/91‑1 (MQ=255) tAAATATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTAtttt < 1:3951995/91‑1 (MQ=255) aaaTATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTg < 1:1424505/91‑1 (MQ=255) aaaTATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTg < 1:1554745/91‑1 (MQ=255) aaTATTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGa < 1:1058811/91‑1 (MQ=255) atatTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGaa > 1:296810/1‑91 (MQ=255) atTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGaaaa > 1:2343763/1‑91 (MQ=255) atTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGaaaa > 1:1005573/1‑91 (MQ=255) atTTTAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGaaaa > 1:2343557/1‑91 (MQ=255) tttAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATc > 1:1066838/1‑91 (MQ=255) ttAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCg < 1:3065324/91‑1 (MQ=255) ttAAAATACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCg > 1:4000091/1‑91 (MQ=255) gttatgttagttatttataaccgattttcaaaataaaaaaccaaccaggaggttgaaatcaatggtttgttTCTTATTTTGAAAAtcggat > 1:2652648‑M2/72‑89 (MQ=255) aaaTACAGTGCCATATATGATTTCAACACACCCACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGtt > 1:3430640/1‑91 (MQ=255) tACAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTtata < 1:3510623/91‑1 (MQ=255) aCAGTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTataa > 1:3707625/1‑91 (MQ=255) gTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTataaata > 1:3606650/1‑91 (MQ=255) gTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTataaata < 1:3364432/91‑1 (MQ=255) gTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTataaata > 1:2587725/1‑91 (MQ=255) gTGCCATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTataaata < 1:400834/91‑1 (MQ=255) cATATCTGATTTCAACACACACACACTAACCAACCATTGCTTTCAACATCTTGCTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAAtaacta < 1:3857966/91‑1 (MQ=255) cATATATGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAAtaacta > 1:2889297/1‑91 (MQ=255) atatatGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAAtaactaa > 1:992037/1‑91 (MQ=255) tatatGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAAtaactaac < 1:3344317/91‑1 (MQ=255) tatatGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAAtaactaac < 1:1384176/91‑1 (MQ=255) tatatGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAAtaactaac < 1:1384190/91‑1 (MQ=255) atGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACtaacata < 1:58442/91‑1 (MQ=255) tGATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACtaacataa > 1:3530461/1‑91 (MQ=255) gATTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACtaacataac > 1:1933390/1‑91 (MQ=255) aTTTCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACtaacataaca > 1:1029912/1‑91 (MQ=255) tCAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAga < 1:2763881/91‑1 (MQ=255) cAACACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgat > 1:955100/1‑91 (MQ=255) aaCACACACACATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatg > 1:1342661/1‑91 (MQ=255) acacacacacATTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTAGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatga > 1:3597723/1‑91 (MQ=255) cacacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgat < 1:1918200/91‑1 (MQ=255) acacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatg > 1:434701/1‑91 (MQ=255) acacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatg < 1:1873238/91‑1 (MQ=255) cacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatga > 1:268840/1‑91 (MQ=255) cacacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatga > 1:1686622/1‑91 (MQ=255) acacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatgat < 1:3862988/91‑1 (MQ=255) acacacaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAgatgatgat < 1:1034840/91‑1 (MQ=255) acaTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAgg < 1:442388/91‑1 (MQ=255) caTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGc < 1:1813174/91‑1 (MQ=255) aTTAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCt < 1:3161261/91‑1 (MQ=255) tAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTgg < 1:2982088/91‑1 (MQ=255) tAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTgg < 1:3875371/91‑1 (MQ=255) tAACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTgg < 1:3273052/91‑1 (MQ=255) aaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTggg > 1:3827096‑M2/34‑91 (MQ=255) aaccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTggg > 1:2164630‑M2/34‑91 (MQ=255) AACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTggg > 1:394182‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTggg > 1:1024998‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTggg < 1:3438649‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGa > 1:35108‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCAACCATTGATTTCAACAGCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGa > 1:1327703‑M1/1‑91 (MQ=255) ccaaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGAc > 1:2793260‑M2/32‑91 (MQ=255) CCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGAc < 1:1322478‑M1/91‑1 (MQ=255) CCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGAc < 1:372756‑M1/91‑1 (MQ=255) CCAACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGAc < 1:1516137‑M1/91‑1 (MQ=255) aaccaagatgttgaaatcaatggttggttTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACAt > 1:969227‑M2/30‑91 (MQ=255) AACCATTGATTTCAACATCTTGGTTGGTTTTTTATTTTGAAAATCGGTTATAAATAACTAACATAACAAGATGATGATCAGGCTGGGACAt < 1:3997978‑M1/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |