| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2595468 = | 97 (0.990) | 9 (0.100) | 6/150 | NT | 9.3% | coding (423/936 nt) | nikB_3 | Nickel transport system permease protein NikB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2595506 = | 85 (0.920) | coding (385/936 nt) | nikB_3 | Nickel transport system permease protein NikB | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TAATCCAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGATGTAATCATCACCA > USA300TCH1516_ALE/2595378‑2595556 | ttatgaatacattgaaattaacaataatttcaagtgttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagg < 1:3885480‑M1/1‑1 (MQ=255)ttatgaatacattgaaattaacaataatttcaagtgttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagg > 1:2480053‑M1/91‑91 (MQ=255)ttatgaatacattgaaattaacaataatttcaagtgttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagg > 1:1910108‑M1/91‑91 (MQ=255) aaTCCAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTagaaaga < 1:3696885/91‑1 (MQ=255) aTCCAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTagaaagaa > 1:938917/1‑91 (MQ=255) aTCCAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTagaaagaa > 1:4040182/1‑91 (MQ=255) tCCAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAgaaagaaa > 1:2317927/1‑91 (MQ=255) tCCAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAgaaagaaa > 1:2317808/1‑91 (MQ=255) gaatacattgaaattaacaataatttcaagtgttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagGAAAg < 1:2724233‑M1/5‑1 (MQ=255) ccAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGaaagaaag > 1:1055111/1‑91 (MQ=255) ccAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGaaagaaag < 1:2470590/91‑1 (MQ=255) cAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGc > 1:632223/1‑91 (MQ=255) cAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGc > 1:1374065/1‑91 (MQ=255) gTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTg > 1:3356823/1‑91 (MQ=255) tCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGa > 1:444812/1‑91 (MQ=255) tCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGa > 1:444543/1‑91 (MQ=255) tCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGa > 1:3830496/1‑91 (MQ=255) tCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGa < 1:3358521/91‑1 (MQ=255) gCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACg > 1:508598/1‑91 (MQ=255) gCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACg > 1:508368/1‑91 (MQ=255) aaTATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTa < 1:3658785/91‑1 (MQ=255) tatGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATc < 1:2595974/91‑1 (MQ=255) tttAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCAc > 1:1265333/1‑91 (MQ=255) tttAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCAc > 1:2419712/1‑91 (MQ=255) tttAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCAc > 1:2228025/1‑91 (MQ=255) ttAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTTAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CATTGAACGTATCGCACg < 1:3536857/91‑1 (MQ=255) ataatttcaagtgttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagGAAAGTTCACTGAACGTATCGCAc > 1:3138254‑M1/68‑91 (MQ=255) tAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGa > 1:3897794/1‑91 (MQ=255) tAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGa > 1:3009325/1‑91 (MQ=255) aCTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATc < 1:2267278/91‑1 (MQ=255) tttcaagtgttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagGAAAGTTCACTGAACGTATCGCACGATc > 1:2308873‑M1/64‑91 (MQ=255) ttCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAg < 1:3382556/91‑1 (MQ=255) tCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGt > 1:2733584/1‑91 (MQ=255) cACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTg > 1:3910296/1‑91 (MQ=255) cACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTg > 1:2574039/1‑91 (MQ=255) cACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTg > 1:1757035/1‑91 (MQ=255) aagtgttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGa > 1:3808108‑M1/60‑91 (MQ=255) aagtgttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGa > 1:191382‑M1/60‑91 (MQ=255) cTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGaa < 1:2435187/91‑1 (MQ=255) agtgttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagGAAAGTTCACTGAACGTATCGCACGATCAGTGa > 1:3699953‑M1/59‑91 (MQ=255) gttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACtt > 1:3356426‑M1/56‑91 (MQ=255) aagcGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACtt < 1:2255131/88‑1 (MQ=255) aaaCGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACtt < 1:3198898/91‑1 (MQ=255) aaaCGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACtt < 1:2811877/91‑1 (MQ=255) ttatggtgatgattacatcaattattttaggtgtagttagtgcattaaaaagagGAAAGTTCACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACtt > 1:787493‑M1/55‑91 (MQ=255) aaCGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACttt < 1:204536/91‑1 (MQ=255) aCGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTc > 1:1247052/1‑91 (MQ=255) aCGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTc > 1:2913011/1‑91 (MQ=255) cGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTcc < 1:1226765/91‑1 (MQ=255) cGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTcc < 1:3888497/91‑1 (MQ=255) gTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCct < 1:425480/91‑1 (MQ=255) aataatAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCtt > 1:2656257/1‑91 (MQ=255) aataatAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCtt < 1:2005439/91‑1 (MQ=255) aataatAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCtt > 1:2656137/1‑91 (MQ=255) aataatAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCtt > 1:2832051/1‑91 (MQ=255) aataatAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCtt < 1:1229093/91‑1 (MQ=255) ataataAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCttt < 1:1502191/91‑1 (MQ=255) taataaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCtttt > 1:8942/1‑91 (MQ=255) taataaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCtttt < 1:1382066/91‑1 (MQ=255) taataaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCtttt > 1:3586003/1‑91 (MQ=255) ataaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTa > 1:4089986/1‑91 (MQ=255) ataaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTa > 1:3514281/1‑91 (MQ=255) ataaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGATAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTa > 1:3511822/1‑91 (MQ=255) taaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTaa < 1:377429/91‑1 (MQ=255) taaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTaa < 1:377162/91‑1 (MQ=255) taaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTaa < 1:1679812/91‑1 (MQ=255) taaGTATTGAAGCTATCCAATATCATTGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTaa < 1:1346688/91‑1 (MQ=255) aaGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAAt > 1:2350148/1‑91 (MQ=255) aGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATg < 1:3613242/91‑1 (MQ=255) gTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGc < 1:662908/91‑1 (MQ=255) gTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGc > 1:3405288/1‑91 (MQ=255) gTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGc < 1:662909/91‑1 (MQ=255) gTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGc < 1:663546/91‑1 (MQ=255) gTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGc > 1:4077485/1‑91 (MQ=255) tATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCa < 1:2184487/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCac > 1:2307212/1‑91 (MQ=255) ttGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCact > 1:218623/1‑91 (MQ=255) tGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCacta < 1:1974128/91‑1 (MQ=255) 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atatGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTaaa > 1:2564972/1‑91 (MQ=255) gatgGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAaataa > 1:2700003/1‑91 (MQ=255) atgGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGT‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAaataat < 1:2194441/91‑1 (MQ=255) atgGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAaataat > 1:2916927/1‑91 (MQ=255) atgGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAaataat > 1:3215887/1‑91 (MQ=255) atgGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAaataat > 1:1075432/1‑91 (MQ=255) tAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGAt < 1:1758282/91‑1 (MQ=255) tAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGAt < 1:1758649/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGATGTAatcat > 1:3092089/1‑91 (MQ=255) tAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGATGTAatcatc > 1:2576094/1‑91 (MQ=255) tAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGATGTAatcatc > 1:4123403/1‑91 (MQ=255) aaagaaagC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGATGTAATCATCAcc > 1:2117131/1‑91 (MQ=255) aagaaagC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGATGTAATCATCACCa > 1:1244489/1‑91 (MQ=255) aagaaagC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGATGTAATCATCACCa < 1:1791064/91‑1 (MQ=255) | TAATCCAGAAGTCGGCAATATGTTTAACTTCACTGAAACGTAAATAATAAGTATTGAAGCTATCCAATATGATGGTAATGCAGTTAGAAAGAAAGC‑CACTGAACGTATCGCACGATCAGTGAACTTTCCTCTTTTTAATGCACTAACTACACCTAAAATAATTGATGTAATCATCACCA > USA300TCH1516_ALE/2595378‑2595556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |