New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2605654 | 99 (1.010) | 8 (0.090) | 10/146 | NT | 7.6% | intergenic (‑448/+4) | ahpD/USA300HOU_RS13415 | Alkyl hydroperoxide reductase AhpD/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2605665 | 103 (1.150) | coding (413/420 nt) | USA300HOU_RS13415 | hypothetical protein |
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TTGGTGATGATGAAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCC > USA300TCH1516_ALE/2605564‑2605744 | ttGGTGATGATGAAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAG < 1:1108394‑M1/91‑1 (MQ=255) ggTGATGATGAAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGAc < 1:3574841/91‑1 (MQ=255) gTGATGATGAAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGAcc > 1:3252474/1‑91 (MQ=255) atgatgaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTa > 1:1610806/1‑91 (MQ=255) gatgaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGt > 1:1937838/1‑91 (MQ=255) tgaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTgg < 1:133088/91‑1 (MQ=255) gaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGc > 1:1829345/1‑91 (MQ=255) gaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGc < 1:3205889/91‑1 (MQ=255) gaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGc < 1:4085057/91‑1 (MQ=255) gaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGc > 1:1934193/1‑91 (MQ=255) aaGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCc > 1:2420970‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGgccactagggtct < 1:3758382‑M1/91‑14 (MQ=255) tGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGgccactagggtcttc < 1:498712‑M1/91‑16 (MQ=255) gATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGgccactagggtcttct < 1:456172‑M1/91‑17 (MQ=255) tttATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCcttcttt > 1:2055821‑M2/1‑84 (MQ=255) tttATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCcttcttt < 1:1810046‑M2/91‑8 (MQ=255) tataTTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGGCCACTAG‑GGTcttctttat > 1:732669‑M2/1‑82 (MQ=255) tataTTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCttttt < 1:4646/91‑1 (MQ=255) tataTTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCttttt > 1:3892241/1‑91 (MQ=255) tataTTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCttttt > 1:793616/1‑91 (MQ=255) atatTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTATTGGCCTTCtttttt > 1:1164734/1‑91 (MQ=255) atatTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCtttttt > 1:221714/1‑91 (MQ=255) tatTAATTGCGAAACACCTTCGATATCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTa < 1:3870628/91‑1 (MQ=255) tatTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGGCCACTAG‑GGTcttctttattt > 1:863962‑M2/1‑80 (MQ=255) tatTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTa > 1:2704820/1‑91 (MQ=255) tatTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTa > 1:3276713/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGGCCACTAG‑GGTcttctttattttt > 1:26612‑M2/1‑78 (MQ=255) tAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGGCCACTAG‑GGTcttctttatttttg > 1:1367157‑M2/1‑77 (MQ=255) tAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCt > 1:2760181/1‑91 (MQ=255) aaTTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTa < 1:1593345/91‑1 (MQ=255) aaTTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTa > 1:3669765/1‑91 (MQ=255) aaTTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTa < 1:2394425/91‑1 (MQ=255) aTTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTaa < 1:816896/91‑1 (MQ=255) ttGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAt > 1:3363864/1‑91 (MQ=255) tGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAtt > 1:2326595/1‑91 (MQ=255) gAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAttctt < 1:1195603/91‑1 (MQ=255) gAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAttctt > 1:2631481/1‑91 (MQ=255) aaCACCTGCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATtcttct < 1:2073195/91‑1 (MQ=255) cacCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCttt > 1:1980983/1‑91 (MQ=255) cacCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCttt > 1:1055627/1‑91 (MQ=255) cacCTTCGATAGCAATGACAGAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCttt > 1:1904381/1‑91 (MQ=255) acCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTg > 1:622064/1‑91 (MQ=255) acCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTg > 1:1648989/1‑91 (MQ=255) acCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTg < 1:1678300/91‑1 (MQ=255) ccTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGa < 1:2508265/91‑1 (MQ=255) ccTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGa < 1:2018185/91‑1 (MQ=255) cTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAt < 1:4053122/91‑1 (MQ=255) cGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAtttt > 1:562895/1‑91 (MQ=255) gATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAttttt < 1:1859940/91‑1 (MQ=255) tAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTc < 1:785666/91‑1 (MQ=255) gCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTg < 1:3334845/91‑1 (MQ=255) cAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTgg > 1:3609895/1‑91 (MQ=255) aTGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTg < 1:2859834/91‑1 (MQ=255) tGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGa < 1:293428/91‑1 (MQ=255) aCATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGAtt > 1:1856840/1‑91 (MQ=255) aCATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGAtt < 1:2238781/91‑1 (MQ=255) cATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGAttt < 1:3920888/91‑1 (MQ=255) cATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGAttt < 1:3922045/91‑1 (MQ=255) tAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAGGGCCACTAG‑GGTcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgct > 1:3403719‑M2/1‑46 (MQ=255) gATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATtttctt > 1:1680048/1‑91 (MQ=255) ttGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtg < 1:1657249/91‑1 (MQ=255) ttGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtg < 1:1638358/91‑1 (MQ=255) tGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtgt > 1:1202760/1‑91 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATGTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc < 1:1249785/91‑1 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc > 1:1476476/1‑91 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc > 1:1741311/1‑91 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc > 1:3182159/1‑91 (MQ=255) aaGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCt > 1:3521927/1‑91 (MQ=255) ttAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGtt > 1:303274/1‑91 (MQ=255) tAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGttt < 1:1659686/91‑1 (MQ=255) aaaTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGtttt > 1:4152596/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaa > 1:736768/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaa > 1:3700921/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAAGAGGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaataa < 1:3758088/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaataa < 1:2166328/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaataa > 1:2014205/1‑91 (MQ=255) aaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAAtt < 1:347788/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAAtt < 1:3455370/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAAtt < 1:4128905/91‑1 (MQ=255) tAAAGAAGACC‑CTAGTGGCcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataa < 1:3706067‑M2/91‑73 (MQ=255) tAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTAt > 1:214124/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTAt < 1:2004458/91‑1 (MQ=255) tAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTAt < 1:1015767/91‑1 (MQ=255) aaaGAAGgccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaa < 1:1810046‑M1/91‑85 (MQ=255) aaaGAAGgccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaa > 1:2055821‑M1/1‑7 (MQ=255) gaaggccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatca > 1:3568838‑M1/1‑4 (MQ=255) gaaggccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatca > 1:2517772‑M1/1‑4 (MQ=255) aagaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACt > 1:1702837/1‑91 (MQ=255) aggccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatcact > 1:3448312‑M1/1‑2 (MQ=255) aggccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatcact > 1:2005567‑M1/1‑2 (MQ=255) aggccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatcact > 1:2004168‑M1/1‑2 (MQ=255) aggccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatcact < 1:3009688‑M1/91‑90 (MQ=255) agaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc > 1:2891361/1‑91 (MQ=255) agaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc > 1:2891745/1‑91 (MQ=255) agaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc < 1:3639559/91‑1 (MQ=255) ggccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatcactt > 1:2420896‑M1/1‑1 (MQ=255) ggccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatcactt > 1:620362‑M1/1‑1 (MQ=255) ggccactagggtcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatcactt > 1:2420970‑M1/1‑1 (MQ=255) gaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTcc < 1:768652/91‑1 (MQ=255) gaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGACTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTcc > 1:265991/1‑91 (MQ=255) | TTGGTGATGATGAAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCC > USA300TCH1516_ALE/2605564‑2605744 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |