New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2605654 | 99 (1.010) | 8 (0.090) | 10/146 | NT | 7.6% | intergenic (‑448/+4) | ahpD/USA300HOU_RS13415 | Alkyl hydroperoxide reductase AhpD/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2605665 | 103 (1.150) | coding (413/420 nt) | USA300HOU_RS13415 | hypothetical protein |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GAAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTA > USA300TCH1516_ALE/2605575‑2605755 | gaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGc < 1:3205889/91‑1 (MQ=255) gaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGc > 1:1829345/1‑91 (MQ=255) gaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGc > 1:1934193/1‑91 (MQ=255) gaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGc < 1:4085057/91‑1 (MQ=255) gaAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGc > 1:4019988/1‑91 (MQ=255) aaGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCc > 1:620362‑M2/1‑90 (MQ=255) aaGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCc > 1:2420970‑M2/1‑90 (MQ=255) aGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCct < 1:3009688‑M2/91‑3 (MQ=255) aGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCct > 1:2005567‑M2/1‑89 (MQ=255) aGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCct > 1:2004168‑M2/1‑89 (MQ=255) tGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCcttc > 1:3568838‑M2/1‑87 (MQ=255) tGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCcttc > 1:2517772‑M2/1‑87 (MQ=255) tttATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCcttcttt < 1:1810046‑M2/91‑8 (MQ=255) tttATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCcttcttt > 1:2055821‑M2/1‑84 (MQ=255) tataTTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGGCCACTAG‑GGTcttctttat > 1:732669‑M2/1‑82 (MQ=255) tataTTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCttttt < 1:4646/91‑1 (MQ=255) tataTTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCttttt > 1:793616/1‑91 (MQ=255) tatTAATTGCGAAACACCTTCGATATCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTa < 1:3870628/91‑1 (MQ=255) tatTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGGCCACTAG‑GGTcttctttattt > 1:863962‑M2/1‑80 (MQ=255) tatTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTa > 1:3276713/1‑91 (MQ=255) tatTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTa > 1:2704820/1‑91 (MQ=255) atTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTAt > 1:3606218/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGGCCACTAG‑GGTcttctttattttt > 1:26612‑M2/1‑78 (MQ=255) tAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCt > 1:2760181/1‑91 (MQ=255) aaTTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTa > 1:2942321/1‑91 (MQ=255) aaTTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTa > 1:3669685/1‑91 (MQ=255) aaTTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTa < 1:2394425/91‑1 (MQ=255) ttGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAt > 1:3363864/1‑91 (MQ=255) gCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAttc > 1:2053144/1‑91 (MQ=255) gAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAttctt > 1:2631481/1‑91 (MQ=255) gAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAAttctt < 1:1195603/91‑1 (MQ=255) aaCACCTGCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATtcttct < 1:2073195/91‑1 (MQ=255) acacCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTcttctt < 1:4098129/91‑1 (MQ=255) cacCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCttt > 1:1055627/1‑91 (MQ=255) cacCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCttt > 1:1937394/1‑91 (MQ=255) acCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTg > 1:1648989/1‑91 (MQ=255) cTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAt > 1:4131501/1‑91 (MQ=255) tCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAACGAAGACC‑CTAGCGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTCTGAttt > 1:1645992/1‑91 (MQ=255) cGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAtttt > 1:562895/1‑91 (MQ=255) gATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAttttt < 1:1859940/91‑1 (MQ=255) aTAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGAtttttt < 1:24348/91‑1 (MQ=255) tAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTc < 1:786191/91‑1 (MQ=255) gCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTg < 1:3334845/91‑1 (MQ=255) cAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTgg < 1:232651/91‑1 (MQ=255) cAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTgg < 1:2091338/91‑1 (MQ=255) aaTGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGt > 1:2396819/1‑91 (MQ=255) aTGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTg < 1:2859834/91‑1 (MQ=255) aCATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGAtt < 1:2238781/91‑1 (MQ=255) cATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGAttt < 1:3922045/91‑1 (MQ=255) aTAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGAtttt > 1:1433369/1‑91 (MQ=255) tAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAGGGCCACTAG‑GGTcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgct > 1:3403719‑M2/1‑46 (MQ=255) gATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATtttctt > 1:1680048/1‑91 (MQ=255) ttGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtg < 1:1657268/91‑1 (MQ=255) ttGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtg < 1:1638358/91‑1 (MQ=255) tGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtgt > 1:1202760/1‑91 (MQ=255) ggAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCAtgtg > 1:2180842/1‑91 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATGTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc < 1:1249785/91‑1 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc > 1:1743801/1‑91 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc > 1:3182159/1‑91 (MQ=255) gAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGc > 1:1476476/1‑91 (MQ=255) aaGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCt > 1:1852310/1‑91 (MQ=255) aaGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCt > 1:3521927/1‑91 (MQ=255) aGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGCTTTTCTTTCATGTGCTg > 1:1894070/1‑91 (MQ=255) tAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGttt < 1:1659686/91‑1 (MQ=255) aaaTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGtttt > 1:4152596/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaa > 1:3700921/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaa > 1:736768/1‑91 (MQ=255) tCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaat > 1:1994954/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAAGAGGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaataa < 1:3758088/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaataa > 1:2014205/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTtaataa < 1:2166328/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAAtt < 1:347788/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAAtt < 1:3455370/91‑1 (MQ=255) tAAAGAAGACC‑CTAGTGGCcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataa < 1:3706067‑M2/91‑73 (MQ=255) tAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTAt < 1:1015767/91‑1 (MQ=255) gaagaCC‑CTAGTGGCcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatca < 1:498712‑M2/91‑77 (MQ=255) aagaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACt > 1:1702837/1‑91 (MQ=255) agaCC‑CTAGTGGCcttctttatttttgatttaatcttccaataatctatgtcattgctatcgaaggtgtttcgcaattaatataaatcact < 1:3758382‑M2/91‑79 (MQ=255) agaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc < 1:3193859/91‑1 (MQ=255) agaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc > 1:2891685/1‑91 (MQ=255) agaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc > 1:2891745/1‑91 (MQ=255) agaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc < 1:3639559/91‑1 (MQ=255) agaCC‑CTAGTGGCCTTCTATTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTc > 1:390726/1‑91 (MQ=255) gaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTcc < 1:768652/91‑1 (MQ=255) gaCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGACTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTcc > 1:265991/1‑91 (MQ=255) aCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCt < 1:2588558/91‑1 (MQ=255) aCC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCt > 1:1338617/1‑91 (MQ=255) c‑cTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTc < 1:3912789/91‑1 (MQ=255) c‑cTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTc < 1:2569033/91‑1 (MQ=255) tAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTTATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCAc < 1:3532937/91‑1 (MQ=255) tAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCAc < 1:1395797/91‑1 (MQ=255) tAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCAc < 1:1396031/91‑1 (MQ=255) tAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCAc < 1:771750/91‑1 (MQ=255) tAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCAc > 1:326621/1‑91 (MQ=255) gTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACtt < 1:1915297/91‑1 (MQ=255) gTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACtt > 1:932394/1‑91 (MQ=255) ggCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACtttt < 1:471221/91‑1 (MQ=255) ggCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACtttt < 1:3223075/91‑1 (MQ=255) ggCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACtttt < 1:2309035/91‑1 (MQ=255) ccTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTa > 1:1114959/1‑91 (MQ=255) | GAAGTGATTTATATTAATTGCGAAACACCTTCGATAGCAATGACATAGATTATTGGAAGATTAAATCAAAAATAAAGAAGACC‑CTAGTGGCCTTCTTTTTTATCTAATTCTTCTTTGATTTTTTCTGGTGATTTTCTTTCATGTGCTGGTTTTAATAATTTATCTACTCCTTCACTTTTTA > USA300TCH1516_ALE/2605575‑2605755 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |