| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2610898 | 96 (0.980) | 5 (0.060) | 4/144 | NT | 5.4% | intergenic (‑373/+163) | USA300HOU_RS13455/USA300HOU_RS13460 | putative lipoprotein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2610913 | 90 (1.020) | intergenic (‑388/+148) | USA300HOU_RS13455/USA300HOU_RS13460 | putative lipoprotein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TATAGTTCAAGAAACATCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCTTAACTTCCATTATTGAATTCATTAGTCCGATTTGACATAGATCCCGAAAAATAATGGCTAATAGCCACTTATAG > USA300TCH1516_ALE/2610808‑2610988 | tataGTTCAAGAAACATCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAA < 1:826942‑M1/91‑1 (MQ=255)tataGTTCAAGAAACATCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAA < 1:827180‑M1/91‑1 (MQ=255) ataGTTCAAGAAACATCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTaaa < 1:2064199/91‑1 (MQ=255) ataGTTCAAGAAACATCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTaaa > 1:1332888/1‑91 (MQ=255) ataGTTCAAGAAACATCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTaaa < 1:3269476/91‑1 (MQ=255) aGTTCAAGAAACATCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACa < 1:1353817/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |