New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2610898 | 96 (0.980) | 5 (0.060) | 4/144 | NT | 5.4% | intergenic (‑373/+163) | USA300HOU_RS13455/USA300HOU_RS13460 | putative lipoprotein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2610913 | 90 (1.020) | intergenic (‑388/+148) | USA300HOU_RS13455/USA300HOU_RS13460 | putative lipoprotein/hypothetical protein |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCTTAACTTCCATTATTGAATTCATTAGTCCGATTTGACATAGATCCCGAAAAATAATGGCTAATAGCCACTTATAGTCGAAATTATG > USA300TCH1516_ALE/2610823‑2610999 | aTCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGc < 1:2688563/91‑1 (MQ=255) aTCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGc > 1:2761228/1‑91 (MQ=255) aTCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGc > 1:912805/1‑91 (MQ=255) tCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCt < 1:2567589‑M2/91‑2 (MQ=255) tCAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGCTGCt < 1:3453485‑M2/91‑2 (MQ=255) cAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCtt < 1:1516593‑M2/91‑3 (MQ=255) cAAAATTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCtt < 1:985208‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaaTTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCtta > 1:392879‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaTTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCtta > 1:392677‑M2/1‑88 (MQ=255) aTTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCttaact > 1:3974018‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCttaact > 1:1435538‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCttaact > 1:566598‑M2/1‑85 (MQ=255) ttCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCttaactt > 1:807706‑M2/1‑84 (MQ=255) tCGTTAAAACATAATCAAATTTTATTATGTTCAAAACTTTATTTTCCAAAAAATAAAAAAGAAGTTAAACAAAGATTGGTTGCttaacttc > 1:2663252‑M2/1‑83 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |