| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2661788 = | 66 (0.670) | 16 (0.200) | 12/128 | NT | 22.3% | intergenic (‑181/‑140) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2661832 = | 59 (0.750) | intergenic (‑225/‑96) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TCACATTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATA > USA300TCH1516_ALE/2661698‑2661878 | aactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagta < 1:2800374‑M1/1‑1 (MQ=255)aactcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagta > 1:1330137‑M1/91‑91 (MQ=255) cacaTTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAAT > 1:1522313‑M1/1‑91 (MQ=255) actcctatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtat < 1:853719‑M1/2‑1 (MQ=255) acaTTTTGAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATA < 1:2790399‑M1/91‑1 (MQ=255) tatgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATcac > 1:714168‑M1/85‑91 (MQ=255) tgtataaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCacac > 1:2735750‑M1/83‑91 (MQ=255) tGAGATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACAC < 1:3265646‑M1/91‑1 (MQ=255) gAAATTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACT > 1:2025550‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTAT < 1:622775‑M1/91‑1 (MQ=255) taaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACtata < 1:3231194‑M1/13‑1 (MQ=255) taaagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACtata > 1:2111163‑M1/79‑91 (MQ=255) aTTGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATA < 1:2602005‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATAT < 1:2272541‑M1/91‑1 (MQ=255) tGCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATT < 1:980014‑M1/91‑1 (MQ=255) aagggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATAtt < 1:375329‑M1/15‑1 (MQ=255) gCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTT < 1:3643439‑M1/91‑1 (MQ=255) agggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtacagatgttataaattagtATATCACACTATAttt < 1:3400425‑M1/16‑1 (MQ=255) cTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTa > 1:1016767/1‑91 (MQ=255) cTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTa > 1:1016797/1‑91 (MQ=255) ttCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATc > 1:1741712/1‑91 (MQ=255) tCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCa < 1:2537365/91‑1 (MQ=255) 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gatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAat > 1:372859‑M1/60‑91 (MQ=255) aaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTtgtctaaatgataaat < 1:257994‑M1/91‑17 (MQ=255) aaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaat > 1:2079290‑M2/1‑87 (MQ=255) atatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAata > 1:3999592‑M1/59‑91 (MQ=255) atatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAata > 1:4042183‑M1/59‑91 (MQ=255) atatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAata > 1:3998824‑M1/59‑91 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 1:2186309‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata > 1:3584940‑M2/1‑86 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 1:212934‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata > 1:1392090‑M2/1‑86 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 1:69411‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 1:3885092‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 1:1402505‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 1:1634871‑M2/91‑6 (MQ=255) tatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAatat > 1:292625‑M1/58‑91 (MQ=255) aTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagt < 1:3156243‑M2/91‑10 (MQ=255) aTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagt < 1:141463‑M2/91‑10 (MQ=255) aTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagt < 1:2097719‑M2/91‑10 (MQ=255) ttACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTtgtctaaatgataaatatagtg < 1:2420113‑M1/91‑23 (MQ=255) tACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgt < 1:3998130‑M2/91‑12 (MQ=255) acacTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTtgtctaaatgataaatatagtgtg < 1:4146145‑M1/91‑25 (MQ=255) acacTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgtg < 1:1447740‑M2/91‑13 (MQ=255) gtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGata > 1:499692‑M1/49‑91 (MQ=255) tGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgtgatat > 1:320522‑M2/1‑75 (MQ=255) 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tataGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTtgtctaaatgataaatatagtgtgatattttt > 1:2633062‑M1/1‑59 (MQ=255) tataGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTa > 1:1791823/1‑91 (MQ=255) tataGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTa > 1:1791795/1‑91 (MQ=255) ataGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTaa > 1:1810105/1‑91 (MQ=255) aaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAtt > 1:649396‑M1/41‑91 (MQ=255) aGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAtt < 1:1180124/91‑1 (MQ=255) gCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAttt > 1:1145718/1‑91 (MQ=255) gCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAttt > 1:3384411/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |