| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661803 | 67 (0.680) | 7 (0.090) | 6/128 | NT | 11.1% | intergenic (‑196/‑125) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661815 | 59 (0.750) | intergenic (‑208/‑113) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GCTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGT > USA300TCH1516_ALE/2661713‑2661893 | agggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATAttt < 1:3400448‑M1/16‑1 (MQ=255)agggatttattacaccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATAttt > 1:223801‑M1/76‑91 (MQ=255) cTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTa > 1:1016797/1‑91 (MQ=255) cTTTCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTa > 1:1016767/1‑91 (MQ=255) tCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCa < 1:2537365/91‑1 (MQ=255) tCATATATGCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTAAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCa > 1:3501127/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |