| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661803 | 67 (0.680) | 7 (0.090) | 6/128 | NT | 11.1% | intergenic (‑196/‑125) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2661815 | 59 (0.750) | intergenic (‑208/‑113) | ybiV/yydI | Sugar phosphatase YbiV/putative peptide export ATP‑binding protein YydI | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
GCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTTATAACATCTATACATAATGTGAAAGAATTTTTAAAAATACAATTAAATATCGGTGTAATAAATCCC > USA300TCH1516_ALE/2661725‑2661905 | gCAAAACACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACa > 1:1090435/1‑91 (MQ=255)caccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACa > 1:1350509‑M1/64‑91 (MQ=255) ccgatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACaaa > 1:120439‑M1/62‑91 (MQ=255) aaaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaa > 1:464830‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaa < 1:470470‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaa < 1:2467647‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaa < 1:2467806‑M2/91‑4 (MQ=255) gatatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAat > 1:372859‑M1/60‑91 (MQ=255) aaCACATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaat < 1:3938337‑M2/91‑5 (MQ=255) atatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAata > 1:3998824‑M1/59‑91 (MQ=255) atatttaattgtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAata > 1:4042183‑M1/59‑91 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 1:3885092‑M2/91‑6 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata > 1:1240716‑M2/1‑86 (MQ=255) acacATTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaata < 1:69411‑M2/91‑6 (MQ=255) 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caTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATCTAGACAaaatatag > 1:1806032‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagt < 1:3156243‑M2/91‑10 (MQ=255) tACACTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgt < 1:3998130‑M2/91‑12 (MQ=255) acacTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgtg > 1:1036693‑M2/1‑79 (MQ=255) acacTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgtg < 1:1447597‑M2/91‑13 (MQ=255) cacTGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgtga > 1:1292120‑M2/1‑78 (MQ=255) gtatttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGata > 1:499692‑M1/49‑91 (MQ=255) tGGATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAaaatatagtgtgatat > 1:320522‑M2/1‑75 (MQ=255) ggATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGAtata < 1:1247973/91‑1 (MQ=255) ggATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGAtata < 1:1420912/91‑1 (MQ=255) atttttaaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGAtata > 1:2208573‑M1/47‑91 (MQ=255) gATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATAc < 1:3924265/91‑1 (MQ=255) gATATAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATAc < 1:3924084/91‑1 (MQ=255) atatAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACt < 1:3031960/91‑1 (MQ=255) atatAGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACt < 1:3727492/91‑1 (MQ=255) tttgaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTa > 1:3273576‑M1/44‑91 (MQ=255) tataGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTa > 1:1791795/1‑91 (MQ=255) ataGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTaa > 1:1810105/1‑91 (MQ=255) taGCATTCAGAGGCGAATATAAATTTCAGAATTTTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATGGTGTGATATACTAAt < 1:3545067/91‑1 (MQ=255) taGCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAt < 1:2315240/91‑1 (MQ=255) aaaaattctttcacattatgtatagatgttataaattagtATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAtt > 1:649396‑M1/41‑91 (MQ=255) gCATTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAAttt > 1:1145718/1‑91 (MQ=255) aTTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTtat < 1:3950015/91‑1 (MQ=255) aTTCAGAGGCGAACATAAATTTCAGAATATTGTAAAAATATCACACTATATTTATCATTTAGACAAAATATAGTGTGATATACTAATTtat < 1:2581914/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |