New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693379 | 85 (0.860) | 14 (0.170) | 8/136 | NT | 16.0% | intergenic (+50/+306) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2693404 | 75 (0.900) | intergenic (+75/+281) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
ATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACT > USA300TCH1516_ALE/2693289‑2693469 | aTAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGT < 1:789441‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAgtg < 1:3471439/91‑1 (MQ=255) aCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACAAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTa < 1:452838/91‑1 (MQ=255) aTTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTaca > 1:3153877/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTaca > 1:1382391/1‑91 (MQ=255) tCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGtt < 1:3564633/91‑1 (MQ=255) 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tAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTagtacacgaattcattaacgtgtacact < 1:2160886‑M1/91‑29 (MQ=255) tAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTact > 1:1346174‑M2/1‑88 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTacta > 1:1396983‑M2/1‑87 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTacta > 1:1954440‑M2/1‑87 (MQ=255) gATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTagtacacgaattcattaacgtgtacactatc < 1:1675325‑M1/91‑32 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAACGATAGTagtacacgaattcattaacgtgtacactatc < 1:2777698‑M1/91‑32 (MQ=255) ttAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAACGATAGTagtacacgaattcattaacgtgtacactatcg < 1:1553260‑M1/91‑33 (MQ=255) ttAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgt > 1:892074‑M2/1‑83 (MQ=255) 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tagtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGtttttt > 1:4097942/1‑91 (MQ=255) agtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTttttta < 1:2838890/91‑1 (MQ=255) agATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattt < 1:1240056/91‑1 (MQ=255) agATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattt > 1:3445480/1‑91 (MQ=255) gATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttatttt < 1:3744200/91‑1 (MQ=255) tGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattttta > 1:2746823/1‑91 (MQ=255) gagaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTttttatttttat > 1:2622249/1‑91 (MQ=255) gaAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCg < 1:1886590/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |