| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693379 | 85 (0.860) | 14 (0.170) | 8/136 | NT | 16.0% | intergenic (+50/+306) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693404 | 75 (0.900) | intergenic (+75/+281) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACACATAAACTATGAAGAAAAAAATAAATCCGCTAT > USA300TCH1516_ALE/2693314‑2693494 | tatTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAGCGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtact > 1:3537582/1‑91 (MQ=255)tatTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtact < 1:277984/91‑1 (MQ=255)tatTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtact < 1:282798/91‑1 (MQ=255) tAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTact > 1:223827‑M2/1‑88 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTacta > 1:1954440‑M2/1‑87 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTacta > 1:1396983‑M2/1‑87 (MQ=255) ttAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgt > 1:892074‑M2/1‑83 (MQ=255) ttAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgt < 1:1622380‑M2/91‑9 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt > 1:176249‑M2/1‑81 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt < 1:397128‑M2/91‑11 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt > 1:2331620‑M2/1‑81 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt > 1:2551733‑M2/1‑81 (MQ=255) aaaTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttt > 1:2552089‑M2/1‑81 (MQ=255) aTAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTactatcgttttt > 1:3274374‑M2/1‑79 (MQ=255) 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cATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTa > 1:1061981/1‑91 (MQ=255) aTGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATGGTGCACACGTTAATGAATTCGTGTACTCCTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTAt > 1:3319499/1‑91 (MQ=255) tGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATc > 1:1704186/1‑91 (MQ=255) gAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCg < 1:2651676/91‑1 (MQ=255) gAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCg < 1:680895/91‑1 (MQ=255) gCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCt > 1:1211744/1‑91 (MQ=255) cGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTa < 1:1861157/91‑1 (MQ=255) gTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAt < 1:135795/91‑1 (MQ=255) ttACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAtt > 1:1333465/1‑91 (MQ=255) ttACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAtt < 1:3760559/91‑1 (MQ=255) ttACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTAtt < 1:2730364/91‑1 (MQ=255) aCCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTaa > 1:3749841/1‑91 (MQ=255) cAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTaaaa > 1:2379989/1‑91 (MQ=255) cAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTaaaa > 1:3389735/1‑91 (MQ=255) cAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTaaaa > 1:3786582/1‑91 (MQ=255) cAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTACCGCTATTaaaa > 1:3766199/1‑91 (MQ=255) aaCATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaac > 1:1097341/1‑91 (MQ=255) aCATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTATATCGTGCTTATCGCTATTAAaaca > 1:3847465/1‑91 (MQ=255) cATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaacaa < 1:100930/91‑1 (MQ=255) cATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaacaa < 1:2807806/91‑1 (MQ=255) aTTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAaacaac > 1:170583/1‑91 (MQ=255) ttCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACt > 1:2192875/1‑91 (MQ=255) tCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTg < 1:3503690/91‑1 (MQ=255) tCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTg < 1:927284/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |