| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2699622 = | 66 (0.670) | 7 (0.080) | 5/140 | NT | 11.9% | intergenic (+29/+61) | copZ/ldhD_2 | Copper chaperone CopZ/D‑lactate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2699690 = | 46 (0.530) | coding (992/999 nt) | ldhD_2 | D‑lactate dehydrogenase | |||||
TAAAGTTGCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAG > USA300TCH1516_ALE/2699533‑2699711 | tatactgaagctgcagttaaaaatctaattgtcgatgcattagatgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtaa < 1:3486443‑M1/2‑1 (MQ=255) atactgaagctgcagttaaaaatctaattgtcgatgcattagatgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtaaa < 1:2522086‑M1/3‑1 (MQ=255) tactgaagctgcagttaaaaatctaattgtcgatgcattagatgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAAt < 1:2314849‑M1/4‑1 (MQ=255) tactgaagctgcagttaaaaatctaattgtcgatgcattagatgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAAt > 1:2643407‑M1/88‑91 (MQ=255) aaGTTGCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAAt < 1:542041/91‑1 (MQ=255) aaGTTGCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAAt < 1:3244924/91‑1 (MQ=255) actgaagctgcagttaaaaatctaattgtcgatgcattagatgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAAtt < 1:857681‑M1/5‑1 (MQ=255) actgaagctgcagttaaaaatctaattgtcgatgcattagatgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAAtt < 1:3109747‑M1/5‑1 (MQ=255) gTTGCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTa < 1:3439873/91‑1 (MQ=255) ttGCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTaa < 1:1805790/91‑1 (MQ=255) ttGCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTaa < 1:1732912/91‑1 (MQ=255) ttGCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTaa < 1:2982201/91‑1 (MQ=255) ttGCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTaa < 1:2829677/91‑1 (MQ=255) gaagctgcagttaaaaatctaattgtcgatgcattagatgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAATTaaa > 1:2592445‑M1/84‑91 (MQ=255) gCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTaaaa > 1:815835/1‑91 (MQ=255) gCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTaaaa > 1:816049/1‑91 (MQ=255) cTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTaaaaa > 1:1135574/1‑91 (MQ=255) tGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTaaaaaa < 1:4003980/91‑1 (MQ=255) aTCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTTGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCg > 1:1988316/1‑91 (MQ=255) aTCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAACGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAACATTCAACGTCATCAACACCAAATTACAAAATCg > 1:3682144/1‑91 (MQ=255) ctcAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGaa > 1:2155750/1‑91 (MQ=255) ctcAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGaa < 1:3447002/91‑1 (MQ=255) cAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACt > 1:3781648/1‑91 (MQ=255) aggAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACtgat < 1:2406045/89‑1 (MQ=255) aTGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACtgat < 1:536457/91‑1 (MQ=255) gAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACtgatga < 1:2296067/91‑1 (MQ=255) gAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACtgatga < 1:2299071/91‑1 (MQ=255) gAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACtgatga < 1:2335419/91‑1 (MQ=255) aaaGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATgag < 1:1600034/91‑1 (MQ=255) aaaGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATgag < 1:1599927/91‑1 (MQ=255) aaGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATgaga > 1:3695436/1‑91 (MQ=255) aGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGaa > 1:1341091/1‑91 (MQ=255) aGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGaa > 1:1178160/1‑91 (MQ=255) aGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGaa > 1:1640528/1‑91 (MQ=255) aGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGaa > 1:510826/1‑91 (MQ=255) gCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATccc > 1:3822216/1‑91 (MQ=255) gCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATccc > 1:207825/1‑91 (MQ=255) cAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCca < 1:3992752/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCcaac < 1:875528/91‑1 (MQ=255) ttGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCcaaca > 1:2846507/1‑91 (MQ=255) ttGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCcaaca > 1:3141202/1‑91 (MQ=255) aGATTAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATcc < 1:3449053/91‑1 (MQ=255) gATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCa > 1:1224935/1‑91 (MQ=255) attagatgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAA‑TCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCaaa > 1:2703560‑M1/52‑91 (MQ=255) tCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCaaa < 1:3649135/91‑1 (MQ=255) tCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCaaa > 1:3121076/1‑91 (MQ=255) aaGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAAtt > 1:2621418/1‑91 (MQ=255) aGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTa > 1:3401527/1‑91 (MQ=255) atgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAA‑TCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtc > 1:121847‑M1/47‑91 (MQ=255) tgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtc > 1:2825801‑M1/46‑91 (MQ=255) tgcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAA‑TCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtct > 1:3263167‑M1/46‑91 (MQ=255) gTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtc < 1:1978401/91‑1 (MQ=255) gTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtc < 1:2808231/91‑1 (MQ=255) ttACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtct > 1:53397/1‑91 (MQ=255) gcaacattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtct > 1:1563177‑M1/45‑91 (MQ=255) tACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTAtctc > 1:2025645/1‑91 (MQ=255) aCGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCtca > 1:1280566/1‑91 (MQ=255) aCGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCtca < 1:427314/91‑1 (MQ=255) cattagatgtattgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCtcatc > 1:335390‑M1/41‑91 (MQ=255) gTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGt < 1:1215274/91‑1 (MQ=255) gTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGt < 1:3443239/91‑1 (MQ=255) tttAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGa < 1:2348177/91‑1 (MQ=255) tAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGAtt < 1:761737/91‑1 (MQ=255) ttgcagactggagatactaggttacgagtAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGAtttt > 1:1706918‑M1/30‑91 (MQ=255) aTTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGAtttt < 1:369136/91‑1 (MQ=255) tAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTa > 1:1583344/1‑91 (MQ=255) gCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAAtt > 1:1086971/1‑91 (MQ=255) gCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAAtt > 1:2052881/1‑91 (MQ=255) gCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAAtt > 1:3670958/1‑91 (MQ=255) cAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAAttt < 1:599038/91‑1 (MQ=255) tatTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACt < 1:2727062/91‑1 (MQ=255) cAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTa > 1:2372571/1‑91 (MQ=255) cGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAAcc < 1:3512394/91‑1 (MQ=255) cGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAAcc < 1:3512438/91‑1 (MQ=255) cGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAAcc < 1:3513235/91‑1 (MQ=255) tcatcaACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTa < 1:3702897/91‑1 (MQ=255) tcatcaACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTa < 1:2130706/91‑1 (MQ=255) tcaACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTa > 1:3893938/1‑91 (MQ=255) aaCACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtc < 1:1740737/91‑1 (MQ=255) aaCACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtc < 1:3160205/91‑1 (MQ=255) aaCACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtc < 1:3159538/91‑1 (MQ=255) aaCACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtc < 1:1738689/91‑1 (MQ=255) acacCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtct < 1:654950/91‑1 (MQ=255) acCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTcc < 1:1664634/91‑1 (MQ=255) cAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAg > 1:452346/1‑91 (MQ=255) | TAAAGTTGCTGTATCTCAAATGAAAGACGCAATTGAAGATCAAGGTTACGATGTCGTTTAATTAGGCAATATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAG > USA300TCH1516_ALE/2699533‑2699711 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |