| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2699622 = | 66 (0.670) | 7 (0.080) | 5/140 | NT | 11.9% | intergenic (+29/+61) | copZ/ldhD_2 | Copper chaperone CopZ/D‑lactate dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2699690 = | 46 (0.530) | coding (992/999 nt) | ldhD_2 | D‑lactate dehydrogenase | |||||
TATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGTATAAA > USA300TCH1516_ALE/2699602‑2699780 | tatTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACt < 1:2727062/91‑1 (MQ=255) cAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTa > 1:2372571/1‑91 (MQ=255) cGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAAcc < 1:3513235/91‑1 (MQ=255) cGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAAcc < 1:3512438/91‑1 (MQ=255) cGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAAcc < 1:3512394/91‑1 (MQ=255) tcatcaACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTa < 1:2130706/91‑1 (MQ=255) tcatcaACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTa < 1:3702897/91‑1 (MQ=255) tcaACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTa > 1:3893938/1‑91 (MQ=255) aaCACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtc < 1:3160205/91‑1 (MQ=255) aaCACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtc < 1:1740737/91‑1 (MQ=255) aaCACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtc < 1:1738689/91‑1 (MQ=255) aaCACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtc < 1:3159538/91‑1 (MQ=255) acacCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTAtct < 1:654950/91‑1 (MQ=255) acCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTcc < 1:1664634/91‑1 (MQ=255) cAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAg > 1:452346/1‑91 (MQ=255) TAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACGATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGc > 1:3328168‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaatcgaactgatgagataatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCaa > 1:1706918‑M2/63‑91 (MQ=255) AAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATa < 1:1465403‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATa < 1:1465138‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATa < 1:1358182‑M1/91‑1 (MQ=255) AATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATAc > 1:1411214‑M1/1‑91 (MQ=255) gatgagataatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATg > 1:335390‑M2/52‑91 (MQ=255) gatgaGAATCCCGACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGt > 1:3183738/1‑91 (MQ=255) gatgaGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGt < 1:1702810/91‑1 (MQ=255) gatgaGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGt < 1:1103283/91‑1 (MQ=255) tgaGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTg > 1:454414/1‑91 (MQ=255) agataatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGc > 1:1563177‑M2/48‑91 (MQ=255) gataatttggattgttgggattctcatcagttcgattttttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCa > 1:2825801‑M2/47‑91 (MQ=255) agataatttggattgttgggattctcatcagttcgatttttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCa > 1:3263167‑M2/47‑91 (MQ=255) gataatttggattgttgggattctcatcagttcgatttttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCAt > 1:121847‑M2/46‑91 (MQ=255) aTCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCt > 1:3129487/1‑91 (MQ=255) tCCTAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTa < 1:3216436/91‑1 (MQ=255) tCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTa < 1:589619/91‑1 (MQ=255) tCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTa > 1:691595/1‑91 (MQ=255) tCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTa > 1:691743/1‑91 (MQ=255) tttggattgttgggattctcatcagttcgatttttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAAt > 1:2703560‑M2/41‑91 (MQ=255) ccAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAAt > 1:989634/1‑91 (MQ=255) ccAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAAt > 1:989771/1‑91 (MQ=255) ccAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAAt > 1:1504419/1‑91 (MQ=255) aacaaTCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGc < 1:3748126/91‑1 (MQ=255) aacaaTCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGc > 1:3253015/1‑91 (MQ=255) aacaaTCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGc < 1:811793/91‑1 (MQ=255) caaTCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCAt < 1:543023/91‑1 (MQ=255) cAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACa > 1:3831882/1‑91 (MQ=255) aaTTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAAt > 1:851318/1‑91 (MQ=255) aaTTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAAt > 1:2569016/1‑91 (MQ=255) aaTTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAAt > 1:188038/1‑91 (MQ=255) aTTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAAtt < 1:316526/91‑1 (MQ=255) ttATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTa < 1:511641/91‑1 (MQ=255) ctcATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGAtt > 1:2624285/1‑91 (MQ=255) tcatcaGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACCATTAGAttt > 1:3671818/1‑91 (MQ=255) catcaGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGAtttt < 1:1200089/91‑1 (MQ=255) catcaGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGAtttt > 1:23519/1‑91 (MQ=255) catcaGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGAtttt < 1:3967197/91‑1 (MQ=255) catcaGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGAtttt < 1:560157/91‑1 (MQ=255) atcaGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGAttttt > 1:2104517/1‑91 (MQ=255) gTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACt < 1:3038497/91‑1 (MQ=255) gTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACt < 1:1783275/91‑1 (MQ=255) gTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACt < 1:1783258/91‑1 (MQ=255) cGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCa < 1:4064958/91‑1 (MQ=255) cGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCa > 1:551132/1‑91 (MQ=255) gATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAg < 1:3996374/91‑1 (MQ=255) gATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAg < 1:3996512/91‑1 (MQ=255) gATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAg < 1:3995648/91‑1 (MQ=255) aTTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGc < 1:3016308/91‑1 (MQ=255) tttaatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTc > 1:2592445‑M2/9‑91 (MQ=255) aatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGt < 1:857681‑M2/86‑1 (MQ=255) aatttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGt < 1:3109747‑M2/86‑1 (MQ=255) atttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGta < 1:2314849‑M2/87‑1 (MQ=255) atttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGta > 1:2643407‑M2/5‑91 (MQ=255) tttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGtat < 1:2522086‑M2/88‑1 (MQ=255) ttACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGtata < 1:3486443‑M2/89‑1 (MQ=255) aCTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGTATaaa < 1:1976270/91‑1 (MQ=255) | TATTCAACGTCATCAACACCAAATTAAAAAATCGAACTGATGAGAATCCCAACAATCCAAATTATCTCATCAGTTCGATTTTTAATTTACTCGTAACCTAGTATCTCCAGTCTGCAATACATCTAATGTTGCATCTAATGCATCGACAATTAGATTTTTAACTGCAGCTTCAGTATAAA > USA300TCH1516_ALE/2699602‑2699780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |