| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2736823 | 47 (0.480) | 6 (0.070) | 5/138 | NT | 12.6% | intergenic (+27/+59) | USA300HOU_RS14090/aldC_2 | Putative 2‑dehydropantoate 2‑reductase/Alpha‑acetolactate decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2736858 | 43 (0.510) | intergenic (+62/+24) | USA300HOU_RS14090/aldC_2 | Putative 2‑dehydropantoate 2‑reductase/Alpha‑acetolactate decarboxylase | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TTGACACCCCATATCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACAT > USA300TCH1516_ALE/2736735‑2736913 | ttGACACCCCATATCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAAc < 1:3782405/91‑1 (MQ=255) acacCCCATATCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGAt < 1:2589896/91‑1 (MQ=255) acacCCCATATCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGAt > 1:2453929/1‑91 (MQ=255) acCCCATATCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGTGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGc > 1:3503083/1‑91 (MQ=255) ccccATATCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCa > 1:1546703/1‑91 (MQ=255) cccATATCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCAt > 1:329495/1‑91 (MQ=255) ccATATCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCAtt > 1:1506062/1‑91 (MQ=255) tatCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAg < 1:2406560/91‑1 (MQ=255) cTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAac < 1:210943/91‑1 (MQ=255) cTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAac > 1:1949081/1‑91 (MQ=255) tGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAacca > 1:3284470/1‑91 (MQ=255) gATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAaccac < 1:120179/91‑1 (MQ=255) gATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAaccac > 1:2684398/1‑91 (MQ=255) aTACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACCAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAaccacc < 1:3686189/91‑1 (MQ=255) tATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGtt < 1:1910959/91‑1 (MQ=255) tATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGtt < 1:1910802/91‑1 (MQ=255) aTTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTc > 1:842774/1‑91 (MQ=255) tataGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTa < 1:92681/91‑1 (MQ=255) tataGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTa > 1:424356/1‑91 (MQ=255) aGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAata > 1:1741271/1‑91 (MQ=255) aGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAata > 1:785944/1‑91 (MQ=255) gCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAatat > 1:2485462/1‑91 (MQ=255) gCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAatat > 1:2485520/1‑91 (MQ=255) gCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAatat > 1:748366/1‑91 (MQ=255) tttttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATATAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCg > 1:3294191/1‑91 (MQ=255) ttttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGc < 1:2768392/91‑1 (MQ=255) tttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCt > 1:2025365‑M2/1‑90 (MQ=255) tttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCt > 1:2026973‑M2/1‑90 (MQ=255) ttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCta > 1:3038221‑M2/1‑89 (MQ=255) ttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCta > 1:3037250‑M2/1‑89 (MQ=255) tACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaa > 1:1778929‑M2/1‑88 (MQ=255) aCGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaag < 1:989752‑M1/91‑40 (MQ=255) aCGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaag < 1:298236‑M2/91‑5 (MQ=255) aCGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaag < 1:2466636‑M2/91‑5 (MQ=255) aCGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaag < 1:1758325‑M2/91‑5 (MQ=255) gcgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggt > 1:436402‑M2/1‑85 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGGTGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc > 1:1773699‑M2/1‑84 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:2187944‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:2187814‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:3719554‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:1697927‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:3802610‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:713316‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCCGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:859223‑M2/91‑8 (MQ=255) gcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtct < 1:3077994‑M1/91‑44 (MQ=255) gTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtcttt > 1:755107‑M2/1‑81 (MQ=255) gTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtcttt > 1:755231‑M2/1‑81 (MQ=255) tATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtctttt > 1:244397‑M2/1‑80 (MQ=255) aTCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTa < 1:3838996/91‑1 (MQ=255) caacaaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttat < 1:44626‑M1/91‑50 (MQ=255) caacaaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAAt < 1:615018/91‑1 (MQ=255) aacaaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttata < 1:1278795‑M1/91‑51 (MQ=255) aacaaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAAtt > 1:3002770/1‑91 (MQ=255) acaaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatat < 1:397768‑M1/91‑52 (MQ=255) acaaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatat < 1:572926‑M1/91‑52 (MQ=255) aaaaTATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATtata < 1:2229638/91‑1 (MQ=255) aaaaTATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATtata < 1:2229608/91‑1 (MQ=255) atGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTGCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGa > 1:3397510/1‑91 (MQ=255) atGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGa > 1:3391591/1‑91 (MQ=255) atGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGa < 1:1735259/91‑1 (MQ=255) tGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGAc > 1:1553727/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGAc > 1:3802349/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGAc > 1:3801393/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGAc > 1:3801358/1‑91 (MQ=255) caTATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGc < 1:3493583/91‑1 (MQ=255) atataatataAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTtc > 1:1453086/1‑91 (MQ=255) ataatataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTtctc < 1:793948/91‑1 (MQ=255) ataatataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTtctc < 1:1272368/91‑1 (MQ=255) taatataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTctct < 1:342928/91‑1 (MQ=255) aatacaaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCACTa > 1:3276147/1‑91 (MQ=255) 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gACCTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcaccgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcg > 1:1773699‑M1/1‑7 (MQ=255) aCCTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgc > 1:436402‑M1/1‑6 (MQ=255) cTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgt < 1:1758325‑M1/91‑88 (MQ=255) cTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgt < 1:2466636‑M1/91‑88 (MQ=255) cTTAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgt < 1:298236‑M1/91‑88 (MQ=255) cTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgt < 1:989752‑M2/91‑53 (MQ=255) ttAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgta > 1:1778929‑M1/1‑3 (MQ=255) ttAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCcac < 1:359391/91‑1 (MQ=255) ttAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCcac > 1:3143054/1‑91 (MQ=255) ttAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCcac < 1:1796236/91‑1 (MQ=255) tAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgtaa > 1:3038221‑M1/1‑2 (MQ=255) tAgcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgtaa > 1:3037250‑M1/1‑2 (MQ=255) agcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgtaaa > 1:2026973‑M1/1‑1 (MQ=255) agcgatattaggaacaggtggttctaaatgcatcgttaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgtaaa > 1:2025365‑M1/1‑1 (MQ=255) | TTGACACCCCATATCTTGATACTATTTATAGCTTTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACAT > USA300TCH1516_ALE/2736735‑2736913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |