| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2736823 | 47 (0.480) | 6 (0.070) | 5/138 | NT | 12.6% | intergenic (+27/+59) | USA300HOU_RS14090/aldC_2 | Putative 2‑dehydropantoate 2‑reductase/Alpha‑acetolactate decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2736858 | 43 (0.510) | intergenic (+62/+24) | USA300HOU_RS14090/aldC_2 | Putative 2‑dehydropantoate 2‑reductase/Alpha‑acetolactate decarboxylase | |||||
TTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAACGTCTCG > USA300TCH1516_ALE/2736768‑2736948 | ttttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGc < 1:2768392/91‑1 (MQ=255) tttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCt > 1:2026973‑M2/1‑90 (MQ=255) tttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCt > 1:2025365‑M2/1‑90 (MQ=255) ttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCta > 1:3038221‑M2/1‑89 (MQ=255) ttACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCta > 1:3037250‑M2/1‑89 (MQ=255) tACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaa > 1:1778929‑M2/1‑88 (MQ=255) aCGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaag < 1:298236‑M2/91‑5 (MQ=255) aCGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaag < 1:1758325‑M2/91‑5 (MQ=255) aCGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaag < 1:2466636‑M2/91‑5 (MQ=255) gcgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggt > 1:436402‑M2/1‑85 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGGTGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc > 1:1773699‑M2/1‑84 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:2187814‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:2187944‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:1697927‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:713316‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:3719554‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:3802610‑M2/91‑8 (MQ=255) cgcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCCGTTCCTAATATCGCtaaggtc < 1:859223‑M2/91‑8 (MQ=255) gcgTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtct > 1:4053846‑M2/1‑83 (MQ=255) gTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtcttt > 1:755231‑M2/1‑81 (MQ=255) gTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtcttt > 1:755107‑M2/1‑81 (MQ=255) gTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtcttt < 1:3192060‑M2/91‑11 (MQ=255) tATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtctttt > 1:244397‑M2/1‑80 (MQ=255) aTCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTa < 1:3838996/91‑1 (MQ=255) caacaaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAAt < 1:615018/91‑1 (MQ=255) caacaaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAAt < 1:997255/91‑1 (MQ=255) aacaaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAAtt > 1:3002770/1‑91 (MQ=255) caaAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATtat > 1:2390282/1‑91 (MQ=255) aaaaTATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATtata < 1:2229608/91‑1 (MQ=255) aaaaTATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATtata < 1:2229638/91‑1 (MQ=255) atGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTGCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGa > 1:3397510/1‑91 (MQ=255) atGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGa < 1:1735259/91‑1 (MQ=255) atGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGa > 1:3391591/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGAc > 1:3802349/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGAc > 1:1553727/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGAc > 1:3801358/1‑91 (MQ=255) tGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGAc > 1:3801393/1‑91 (MQ=255) gCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTc > 1:2784178/1‑91 (MQ=255) caTATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGc < 1:3493583/91‑1 (MQ=255) atataatataAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTtc > 1:1453086/1‑91 (MQ=255) ataatataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTtctc < 1:793948/91‑1 (MQ=255) ataatataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTtctc < 1:1272368/91‑1 (MQ=255) taatataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTctct < 1:342928/91‑1 (MQ=255) aatacaaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCACTa > 1:3276147/1‑91 (MQ=255) atataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgt < 1:397768‑M2/91‑41 (MQ=255) atataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgt < 1:572926‑M2/91‑41 (MQ=255) atataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTaa < 1:1511456/91‑1 (MQ=255) tataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgtt < 1:1278795‑M2/91‑42 (MQ=255) ataaAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttg < 1:44626‑M2/91‑43 (MQ=255) aGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgc < 1:3077994‑M2/91‑49 (MQ=255) cTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCtaaggtctttttatattatatatgtgcttacatattttgttgatacgcgcgt < 1:989752‑M2/91‑53 (MQ=255) ttAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCcac < 1:359391/91‑1 (MQ=255) ttAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCcac > 1:3143054/1‑91 (MQ=255) ttAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCcac < 1:1796236/91‑1 (MQ=255) 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tAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCt > 1:3561799/1‑91 (MQ=255) tAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCt > 1:3562135/1‑91 (MQ=255) accaccTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTAttt > 1:3056491/1‑91 (MQ=255) ccTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGc < 1:864319/91‑1 (MQ=255) cTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCt > 1:2956452/1‑91 (MQ=255) gTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCttt < 1:3838/91‑1 (MQ=255) gTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCttt < 1:3872/91‑1 (MQ=255) ttCCTGATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCGGCCACATCTGTATAGTCTATTTTCGCTGTa < 1:3621882/91‑1 (MQ=38) tCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTaa < 1:1116254/91‑1 (MQ=255) tCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTaa > 1:1314268/1‑91 (MQ=255) tCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTaa < 1:2843677/91‑1 (MQ=255) cTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTTGTCAGCTTCACTGATTTCTTCTGCCACAGCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACa < 1:1647498/91‑1 (MQ=255) atatCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAAc > 1:827734/1‑91 (MQ=255) tatCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAACg < 1:3068449/91‑1 (MQ=255) atCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAACGt < 1:285816/91‑1 (MQ=255) atCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAACGt < 1:3419487/91‑1 (MQ=255) gCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAACGtctc > 1:204191/1‑91 (MQ=255) gCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAACGtctc > 1:2009747/1‑91 (MQ=255) cTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAACGTCTCg < 1:3510359/91‑1 (MQ=255) cTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAACGTCTCg > 1:3897757/1‑91 (MQ=255) cTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCACTTTAACAAACGTCTCg > 1:3550755/1‑91 (MQ=255) | TTTTACGCGCGTATCAACAAAATATGTAAGCACATATATAATATAAAAAGACCTTAACGATGCATTTAGAACCACCTGTTCCTAATATCGCTAAGGTCTTTTAATTATATTAGACTATTCAGCTTCTCTAATTTCTTCTGCCACATCTTTATAGTCTATTTTCGCTTTAACAAACGTCTCG > USA300TCH1516_ALE/2736768‑2736948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |