| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2761242 = | 78 (0.790) | 5 (0.060) | 4/144 | NT | 7.3% | intergenic (‑244/+249) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2761289 = | 57 (0.640) | intergenic (‑291/+202) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTT > USA300TCH1516_ALE/2761152‑2761332 | taagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattga < 1:1124619‑M1/1‑1 (MQ=255)taagcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattga > 1:3834921‑M1/91‑91 (MQ=255) agcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgaaa < 1:2037046‑M1/3‑1 (MQ=255) agcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgaaa < 1:4031261‑M1/3‑1 (MQ=255) gcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt < 1:3660982‑M1/4‑1 (MQ=255) gcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt > 1:906785‑M1/88‑91 (MQ=255) gcgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAAt < 1:3660468‑M1/4‑1 (MQ=255) cgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATc < 1:2150283‑M1/5‑1 (MQ=255) cgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATc > 1:1846718‑M1/87‑91 (MQ=255) cgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATc < 1:134850‑M1/5‑1 (MQ=255) cgataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATc < 1:134036‑M1/5‑1 (MQ=255) aTAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATC < 1:168707‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCT < 1:648835‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCT < 1:494314‑M1/91‑1 (MQ=255) gataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCt < 1:796966‑M1/6‑1 (MQ=255) ataatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTg < 1:2593884‑M1/7‑1 (MQ=255) taatgatatgcgttttaaatatgaatattacaatagagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTgg > 1:4146208‑M1/84‑91 (MQ=255) aCATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGG < 1:1877756‑M1/91‑1 (MQ=255) aCATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGG > 1:412404‑M1/1‑91 (MQ=255) aCATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGG < 1:3972613‑M1/91‑1 (MQ=255) cATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGc < 1:123911/91‑1 (MQ=255) cATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGc > 1:4022764/1‑91 (MQ=255) tGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCCTTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTa > 1:1652639/1‑91 (MQ=255) tGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAATAAATCTGGCTa > 1:3757090/1‑91 (MQ=255) tGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTa < 1:741188/91‑1 (MQ=255) ggCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaa < 1:617649/91‑1 (MQ=255) gCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaaa > 1:3082836/1‑91 (MQ=255) gCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaaa > 1:193688/1‑91 (MQ=255) tAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCCCAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCt > 1:1180605/1‑91 (MQ=255) tAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCt > 1:1182981/1‑91 (MQ=255) aTCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTAt < 1:238472/91‑1 (MQ=255) aTCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTAt > 1:952127/1‑91 (MQ=255) ccTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGa > 1:92124/1‑91 (MQ=255) cTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGAt < 1:2596543/91‑1 (MQ=255) ttGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATa < 1:2308010/91‑1 (MQ=255) ttGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATa > 1:2109317/1‑91 (MQ=255) ttGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATa < 1:2540753/91‑1 (MQ=255) tataTCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTa > 1:2104968/1‑91 (MQ=255) tataTCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTa < 1:2463513/91‑1 (MQ=255) tatCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAAc > 1:1304983/1‑91 (MQ=255) tatCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAAc < 1:1299626/91‑1 (MQ=255) atCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcga < 1:2389578‑M1/91‑25 (MQ=255) atCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGctaaaggtcgttactatcatagcg < 1:3056421‑M1/91‑25 (MQ=255) tcctgtcctgTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGa < 1:3261675/91‑1 (MQ=255) tcctgtcctgTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGa > 1:3457318/1‑91 (MQ=255) tcctgtcctgTATTTCATTTTGAGCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGa < 1:263790/91‑1 (MQ=255) tgtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACtt > 1:2685619/1‑91 (MQ=255) tgtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACtt > 1:2685717/1‑91 (MQ=255) tgtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACtt > 1:2687581/1‑91 (MQ=255) gtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcgaccttt < 1:2451644‑M1/91‑30 (MQ=255) gtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTc > 1:2792315/1‑91 (MQ=255) ctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcgacctttagc < 1:3360640‑M1/91‑33 (MQ=255) tgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcgacctttagcc < 1:3620145‑M1/91‑34 (MQ=255) tgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcgacctttagcc < 1:3620128‑M1/91‑34 (MQ=255) 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cacaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTa > 1:2610829/1‑91 (MQ=255) acaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTAt > 1:794776/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCttt > 1:2798179/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCttt > 1:2793771/1‑91 (MQ=255) aaaTCTGGttgaagtcgttactatcatagcgacctttagccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatga > 1:3127576‑M1/1‑8 (MQ=255) AAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCtttt < 1:1071581‑M1/91‑1 (MQ=255) | CTTGATAACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTT > USA300TCH1516_ALE/2761152‑2761332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |