| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2761249 | 68 (0.690) | 8 (0.090) | 5/144 | NT | 11.9% | intergenic (‑251/+242) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2761280 | 57 (0.640) | intergenic (‑282/+211) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTAT > USA300TCH1516_ALE/2761159‑2761339 | aCATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGG > 1:412404‑M1/1‑91 (MQ=255)aCATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGG < 1:1877756‑M1/91‑1 (MQ=255)aCATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGG < 1:3972613‑M1/91‑1 (MQ=255) cATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGc < 1:123911/91‑1 (MQ=255) tGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCCTTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTa > 1:1652639/1‑91 (MQ=255) tGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAATAAATCTGGCTa > 1:3757090/1‑91 (MQ=255) tGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTa > 1:3758447/1‑91 (MQ=255) tGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTa > 1:1650755/1‑91 (MQ=255) tGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTa < 1:1403970/91‑1 (MQ=255) tGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTa < 1:741188/91‑1 (MQ=255) ggCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaa < 1:617649/91‑1 (MQ=255) gCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaaa > 1:3082836/1‑91 (MQ=255) gCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTaaa > 1:193688/1‑91 (MQ=255) gCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAAACTGGCTaaa > 1:3971431/1‑91 (MQ=255) tAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCCCAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCt > 1:1180605/1‑91 (MQ=255) tAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCt > 1:1182981/1‑91 (MQ=255) aTCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTAt < 1:238472/91‑1 (MQ=255) ccTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGa > 1:92124/1‑91 (MQ=255) ccTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGa < 1:2232155/91‑1 (MQ=255) cTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGAt < 1:1331342/91‑1 (MQ=255) cTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGAt < 1:2596543/91‑1 (MQ=255) cTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGAt < 1:4080635/91‑1 (MQ=255) ttGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATa > 1:2109317/1‑91 (MQ=255) ttGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATa < 1:2540753/91‑1 (MQ=255) tataTCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTa > 1:2104968/1‑91 (MQ=255) tatCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAAc < 1:1299626/91‑1 (MQ=255) atCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcga < 1:2389578‑M1/91‑25 (MQ=255) tcctgtcctgTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGa > 1:3457318/1‑91 (MQ=255) tcctgtcctgTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGa < 1:3261675/91‑1 (MQ=255) tcctgtcctgTATTTCATTTTGAGCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGa < 1:263790/91‑1 (MQ=255) tgtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACtt > 1:2685995/1‑91 (MQ=255) tgtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACtt > 1:2685717/1‑91 (MQ=255) tgtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACtt > 1:2685619/1‑91 (MQ=255) gtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcgaccttt < 1:2451644‑M1/91‑30 (MQ=255) gtcctgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTc > 1:2792315/1‑91 (MQ=255) tgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcgacctttagcc < 1:640165‑M1/91‑34 (MQ=255) tgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcgacctttagcc < 1:3620128‑M1/91‑34 (MQ=255) tgtATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGttgaagtcgttactatcatagcgacctttagcc < 1:3620145‑M1/91‑34 (MQ=255) tGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAcc > 1:670353‑M2/1‑89 (MQ=255) tGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAcc > 1:3132949‑M2/1‑89 (MQ=255) tGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAcc > 1:3132990‑M2/1‑89 (MQ=255) gTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAcca > 1:3027049‑M2/1‑88 (MQ=255) agataaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCa > 1:3347696‑M1/50‑91 (MQ=255) agagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCa > 1:1808625‑M1/50‑91 (MQ=255) tATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAATGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAccag < 1:3320081‑M2/91‑5 (MQ=255) tATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAACGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAccag < 1:3322250‑M2/91‑5 (MQ=255) tATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAACGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAccag < 1:3320096‑M2/91‑5 (MQ=255) gagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAg > 1:728333‑M1/49‑91 (MQ=255) ttCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAccagatt > 1:3864217‑M2/1‑84 (MQ=255) tCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAccagattt > 1:3127576‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCa < 1:1233591/91‑1 (MQ=255) ttttGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCaa < 1:649261/91‑1 (MQ=255) tGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAAttt < 1:3802620/91‑1 (MQ=255) gATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTa > 1:1465444/1‑91 (MQ=255) cTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATcc < 1:2585915/91‑1 (MQ=255) tATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCa > 1:1137665/1‑91 (MQ=255) tATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCa > 1:3513939/1‑91 (MQ=255) aTCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCAc < 1:2431366/91‑1 (MQ=255) aTCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCAc < 1:3601897/91‑1 (MQ=255) aTTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTa > 1:1409181/1‑91 (MQ=255) ttttATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTAtt < 1:344526/91‑1 (MQ=255) ttattaTTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTAtttt < 1:1314601/91‑1 (MQ=255) tattatTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTtta > 1:1845677/1‑91 (MQ=255) attattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttat > 1:54650/1‑91 (MQ=255) attattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttat > 1:3354370/1‑91 (MQ=255) tattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttatta < 1:3372330/91‑1 (MQ=255) tattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttatta < 1:2878649/91‑1 (MQ=255) attGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTaa < 1:3716211/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAg < 1:151896/91‑1 (MQ=255) ttCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGt < 1:1946556/91‑1 (MQ=255) ttCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGt < 1:523306/91‑1 (MQ=255) aTTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTa < 1:535045/91‑1 (MQ=255) ttGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTAc < 1:1069490/91‑1 (MQ=255) gCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGt > 1:830458/1‑91 (MQ=255) gCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGt < 1:379195/91‑1 (MQ=255) gCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGt < 1:379147/91‑1 (MQ=255) cacaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTa < 1:1835564/91‑1 (MQ=255) cacaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTa > 1:2610965/1‑91 (MQ=255) 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cTGGttgaagtcgttactatcatagcgacgtttagccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaata < 1:3320096‑M1/91‑88 (MQ=255) cTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaata < 1:548907‑M2/91‑57 (MQ=255) tGGttgaagtcgttactatcatagcgacctttagccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaatac > 1:3027049‑M1/1‑3 (MQ=255) TGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTctct < 1:1588124‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTctct < 1:387934‑M1/91‑1 (MQ=255) ggttgaagtcgttactatcatagcgacctttagccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaataca > 1:3132949‑M1/1‑2 (MQ=255) ggCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaataca < 1:3620145‑M2/91‑59 (MQ=255) ggCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaataca < 1:640165‑M2/91‑59 (MQ=255) GGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTa < 1:312203‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTa < 1:146795‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTa < 1:1028936‑M1/91‑1 (MQ=255) gCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaatacag < 1:3360640‑M2/91‑60 (MQ=255) GCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTAt < 1:2966695‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTAt < 1:3437380‑M1/91‑1 (MQ=255) | ACATGGCATGACTAATCCTTGTATATCCTGTCCTGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGACTTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTAT > USA300TCH1516_ALE/2761159‑2761339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |