New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2761249 | 68 (0.690) | 8 (0.090) | 5/144 | NT | 11.9% | intergenic (‑251/+242) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2761280 | 57 (0.640) | intergenic (‑282/+211) | citN/sirC | Citrate transporter/Precorrin‑2 dehydrogenase |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATT > USA300TCH1516_ALE/2761192‑2761370 | tGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAcc > 1:3132990‑M2/1‑89 (MQ=255) tGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAcc > 1:670353‑M2/1‑89 (MQ=255) tGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAcc > 1:3132949‑M2/1‑89 (MQ=255) gTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAcca > 1:3027049‑M2/1‑88 (MQ=255) agataaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCa > 1:3347696‑M1/50‑91 (MQ=255) agagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCa > 1:1808625‑M1/50‑91 (MQ=255) tATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAATGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccag < 1:3320081‑M2/91‑5 (MQ=255) tATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAACGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccag < 1:3320096‑M2/91‑5 (MQ=255) tATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAACGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccag < 1:3322250‑M2/91‑5 (MQ=255) gagaaaaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAg > 1:728333‑M1/49‑91 (MQ=255) tCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccagattt > 1:3127576‑M2/1‑83 (MQ=255) aaagatacgtagaacaaacttaataaaataggtggataaattgAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTc > 1:1374768‑M1/44‑91 (MQ=255) aTTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCa < 1:1233591/91‑1 (MQ=255) ttttGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCaa < 1:649261/91‑1 (MQ=255) tGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAAttt < 1:3802620/91‑1 (MQ=255) gATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTa > 1:1465444/1‑91 (MQ=255) cTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATcc < 1:2585915/91‑1 (MQ=255) tATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCa > 1:3513842/1‑91 (MQ=255) tATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCa > 1:636030/1‑91 (MQ=255) tATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCa > 1:3513939/1‑91 (MQ=255) tATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCa > 1:1137665/1‑91 (MQ=255) aTCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCAc > 1:169584/1‑91 (MQ=255) aTCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCAc < 1:2431366/91‑1 (MQ=255) aTCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCAc < 1:3601897/91‑1 (MQ=255) aTTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTa > 1:1409181/1‑91 (MQ=255) ttttATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTAtt < 1:3816166/91‑1 (MQ=255) ttttATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTAtt < 1:344526/91‑1 (MQ=255) ttattaTTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTAtttt < 1:1314601/91‑1 (MQ=255) tattatTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTtta > 1:1845677/1‑91 (MQ=255) tattatTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTtta > 1:3935978/1‑91 (MQ=255) attattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttat > 1:54650/1‑91 (MQ=255) attattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttat > 1:3354370/1‑91 (MQ=255) ttattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttatt > 1:3435587/1‑91 (MQ=255) tattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttatta < 1:2878649/91‑1 (MQ=255) tattGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTttatta < 1:3372330/91‑1 (MQ=255) attGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTaa < 1:3716211/91‑1 (MQ=255) ttGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAg < 1:151896/91‑1 (MQ=255) tGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGt < 1:1206327/91‑1 (MQ=255) ttCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGt < 1:1946769/91‑1 (MQ=255) ttCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGt < 1:1946556/91‑1 (MQ=255) ttCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGt < 1:523306/91‑1 (MQ=255) aTTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTa < 1:535045/91‑1 (MQ=255) aTTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTa < 1:1641332/91‑1 (MQ=255) ttGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTAc < 1:1069490/91‑1 (MQ=255) tGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACg < 1:1118940/91‑1 (MQ=255) gCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTTTCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGt < 1:379136/91‑1 (MQ=255) gCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGt > 1:830458/1‑91 (MQ=255) gCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGt < 1:379147/91‑1 (MQ=255) gCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGt < 1:379195/91‑1 (MQ=255) cacaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTa > 1:2610965/1‑91 (MQ=255) cacaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTa > 1:2610829/1‑91 (MQ=255) cacaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTa < 1:1835564/91‑1 (MQ=255) acaAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTAt > 1:794776/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCttt > 1:2798179/1‑91 (MQ=255) aaaaTCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCttt > 1:2793771/1‑91 (MQ=255) AAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCtttt < 1:1071581‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCtttt > 1:3061379‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTtct < 1:2430633‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTtct < 1:4100232‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTtct > 1:2913280‑M1/1‑91 (MQ=255) cTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaata < 1:548907‑M2/91‑57 (MQ=255) TGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTctct < 1:387934‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTctct < 1:1588124‑M1/91‑1 (MQ=255) ggCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaataca < 1:3620145‑M2/91‑59 (MQ=255) ggCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaataca < 1:640165‑M2/91‑59 (MQ=255) ggCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaataca < 1:3620128‑M2/91‑59 (MQ=255) GGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTa < 1:1028936‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTa < 1:146694‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTa < 1:312203‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTa < 1:2410562‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTCCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTa < 1:267476‑M1/91‑1 (MQ=255) gCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaatacag < 1:3360640‑M2/91‑60 (MQ=255) GCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTAt < 1:3437380‑M1/91‑1 (MQ=255) GCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTAt < 1:2966695‑M1/91‑1 (MQ=255) cTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTAtt > 1:1692189/1‑91 (MQ=255) tAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTg < 1:3938615/91‑1 (MQ=255) aaaGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAAccagattttttgtgcaatagaaagcaataataaaaatgatagatcaaaatgaaatacaggac < 1:2451644‑M2/91‑63 (MQ=255) aaaGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGt > 1:2607955/1‑91 (MQ=255) 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cAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCa < 1:199346/91‑1 (MQ=255) cAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCa > 1:1620704/1‑91 (MQ=255) aaCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCAt < 1:1783801/91‑1 (MQ=255) aaCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCAt < 1:1074520/91‑1 (MQ=255) aaCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCAt > 1:362446/1‑91 (MQ=255) aCCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTTTCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCAtt > 1:3315962/1‑91 (MQ=255) | TGTATTTCATTTTGATCTATCATTTTTATTATTGCTTTCTATTGCACAAAAAATCTGGCTAAAGGTCGCTATGATAGTAACGAC‑TTCAACCAGATTTCAATTTATCCACCTATTTTATTAAGTTTGTTCTACGTATCTTTTTCTCTATTGTAATATTCATATTTAAAACGCATATCATT > USA300TCH1516_ALE/2761192‑2761370 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |