| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2778362 = | 78 (0.790) | 6 (0.070) | 5/142 | NT | 7.5% | coding (918/942 nt) | arcC2 | Carbamate kinase 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2778404 = | 79 (0.910) | coding (876/942 nt) | arcC2 | Carbamate kinase 2 | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GCAGACAACTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCTTCT > USA300TCH1516_ALE/2778273‑2778452 | cacaaggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttgtcAt > 1:3281653‑M1/90‑91 (MQ=255)cacaaggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcAt > 1:3687423‑M1/90‑91 (MQ=255)cacaaggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcAt > 1:3687734‑M1/90‑91 (MQ=255) acaaggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcAtt > 1:3249030‑M1/89‑91 (MQ=255) aaaggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTa > 1:566218‑M1/88‑91 (MQ=255) aaggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTAc < 1:2746113‑M1/5‑1 (MQ=255) aaggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTAc > 1:1781444‑M1/87‑91 (MQ=255) aaggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTAc > 1:2786846‑M1/87‑91 (MQ=255) aggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTAcc > 1:2320346‑M1/86‑91 (MQ=255) ggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTACCa < 1:706430‑M1/7‑1 (MQ=255) ggtaagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTACCa > 1:232771‑M1/85‑91 (MQ=255) taagtttgtggaaggatcgatgttgccaaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTACCAAt > 1:729279‑M1/83‑91 (MQ=255) aCTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAAt < 1:2989370/91‑1 (MQ=255) aCTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAAt < 1:909548/91‑1 (MQ=255) aCTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAAt < 1:942036/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATc > 1:1312258/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATc < 1:1475340/91‑1 (MQ=255) cTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATc > 1:4002553/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATc > 1:128845/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATc > 1:3469434/1‑91 (MQ=255) tttttCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCa < 1:2459772/91‑1 (MQ=255) ttttCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCaa > 1:1919558/1‑91 (MQ=255) ttttCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCaa < 1:2889610/91‑1 (MQ=255) ttttCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCaa > 1:2729841/1‑91 (MQ=255) tCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGc < 1:798802/91‑1 (MQ=255) tttGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTc < 1:2048018/91‑1 (MQ=255) tGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGt > 1:2687249/1‑91 (MQ=255) gAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTa < 1:3604992/91‑1 (MQ=255) aaTCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTAt < 1:1971479/91‑1 (MQ=255) aCGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTg > 1:3376822/1‑91 (MQ=255) aCGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTg > 1:4023638/1‑91 (MQ=255) cGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGc < 1:4131795/91‑1 (MQ=255) cGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGc < 1:4132008/91‑1 (MQ=255) gagaAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGctc > 1:803272/1‑91 (MQ=255) gagaAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGctc < 1:1017432/91‑1 (MQ=255) aaaCATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTaa < 1:3255543/91‑1 (MQ=255) aaaCATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTaa < 1:1347380/91‑1 (MQ=255) ccaaatatagaagctgcgatacgatctgttgaaagtgggtaaaacaaaaaagtcatcATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTaaa > 1:3858864‑M1/58‑91 (MQ=255) cATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAAtt > 1:1307831/1‑91 (MQ=255) cATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATATGAATGTGTGTACATTTATTACCAATCGAAGCTTCGTATGCCTGCTCCAAAtt > 1:3855975/1‑91 (MQ=255) cATATTTAATGTTTGGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAGTGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAAtg < 1:1648251/91‑2 (MQ=255) aaaaatagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAAtt > 1:3114466‑M1/56‑91 (MQ=255) atTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGt < 1:1943403/91‑1 (MQ=255) atagaagctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTa > 1:875300‑M1/52‑91 (MQ=255) tAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAAt > 1:878410/1‑91 (MQ=255) tAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAAt > 1:3811507/1‑91 (MQ=255) tAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAAt > 1:1403425/1‑91 (MQ=255) aTGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGa > 1:153713/1‑91 (MQ=255) aTGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGa < 1:455196/91‑1 (MQ=255) aTGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGa > 1:1914961/1‑91 (MQ=255) tGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGAt < 1:608600/91‑1 (MQ=255) tGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGAt < 1:263099/91‑1 (MQ=255) agctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGAt > 1:3415052‑M1/47‑91 (MQ=255) agctgcgatacgatttgttgaaagtggggaaaacaaaaaagttatcATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCCGCTCTAAATTGGTAATGAt > 1:3414971‑M1/47‑91 (MQ=255) ttGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACt > 1:372456/1‑91 (MQ=255) tGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACtt > 1:196596/1‑91 (MQ=255) gTCGCGTGATAGAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACttt < 1:1629410/91‑1 (MQ=255) gTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTAGCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACttt < 1:3292431/91‑1 (MQ=255) tCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACtttt < 1:453623/91‑1 (MQ=255) tCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACtttt < 1:211321/91‑1 (MQ=255) cgcgTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACttttt < 1:2782981/91‑1 (MQ=255) cgcgTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTATATTACCAATCATGGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACttttt < 1:1717574/91‑1 (MQ=255) cgTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTg < 1:3921196/91‑1 (MQ=255) gTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATGACTTTTTTGt < 1:3681821/91‑1 (MQ=255) gTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGt < 1:3257997/91‑1 (MQ=255) tGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGtt > 1:1661789/1‑91 (MQ=255) tGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGtt > 1:144049/1‑91 (MQ=255) aaaGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTcc > 1:2889575/1‑91 (MQ=255) aaaGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTcc < 1:2179479/91‑1 (MQ=255) aaGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTccc < 1:1004098/91‑1 (MQ=255) 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ccTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAg < 1:112357/91‑1 (MQ=255) tttATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCt < 1:1639425/91‑1 (MQ=255) tttATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCt < 1:707605/91‑1 (MQ=255) tttATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCt < 1:150643/91‑1 (MQ=255) tttATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCt < 1:3830257/91‑1 (MQ=255) ttattaCCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCtt < 1:1434394/91‑1 (MQ=255) ttattaCCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCtt < 1:1888711/91‑1 (MQ=255) ttattaCCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCtt < 1:1131741/91‑1 (MQ=255) ttattaCCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCtt < 1:2711818/91‑1 (MQ=255) ttattaCCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCtt < 1:2711781/91‑1 (MQ=255) ttattaCCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCtt > 1:243436/1‑91 (MQ=255) tattaCCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCTTc > 1:749027/1‑91 (MQ=255) tattaCCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCTTc < 1:3380152/91‑1 (MQ=255) ATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCTTCt > 1:4114875‑M1/1‑91 (MQ=255) | GCAGACAACTTTTTCATTTGAATCAACGGAGAAACATATTTAATGTTTTGTCGCGTGATAAAGTGCTACATGTGAATGTGTGTACCTTTATTACCAATCAAAGCTTCGTATGCCTGCTCTAAATTGGTAATGATAACTTTTTTGTTTTCCCCACTTTCAACAAATCGTATCGCAGCTTCT > USA300TCH1516_ALE/2778273‑2778452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |