| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2833267 = | 81 (0.820) | 8 (0.090) | 5/148 | NT | 9.5% | intergenic (‑603/+487) | lipA_2/hisI | Lipase 1/Phosphoribosyl‑AMP cyclohydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2833307 = | 78 (0.860) | intergenic (‑643/+447) | lipA_2/hisI | Lipase 1/Phosphoribosyl‑AMP cyclohydrolase | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TAAGTATCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACATCCCATAAAGTTAGTTTTTTAGTCTAACTTTCGGGATGCATATCTTAGTTCTAATGGAGATTGTCTTTTAAATAGGCTATGACATTTCT > USA300TCH1516_ALE/2833177‑2833357 | gtatttatactataaatacaaatatatctagcctgaaatagaaatgtcatagcctatttaaaagacaatctccattagaactaagatatgc > 1:1297589‑M1/91‑91 (MQ=255)gtatttatactataaatacaaatatatctagcctgaaatagaaatgtcatagcctatttaaaagacaatctccattagaactaagatatgc > 1:730576‑M1/91‑91 (MQ=255) aagtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACa < 1:2708224/91‑1 (MQ=255) aagtaTCCTACTATTTTTAATTTATTGTTTAATTACTCTTGAACTACCTTTAACTTAATCTCGAATTTATGATGATTAGCATAAAAATACa > 1:440061/1‑91 (MQ=255) atttatagtataaatacaaatatatctagcctgaaatagaaatgtcatagcctatttaaaagacaatctccattagaactaagatatgCAt < 1:685773‑M1/3‑1 (MQ=255) atttatactataaatacaaatatatctagcctgaaatagaaatgtcatagcctatttaaaagacaatctccattagaactaagatatgCAt < 1:1079872‑M1/3‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |