| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 1 = | 0 (0.000) | 6 (0.020) +AAACTTATAAAAGGGAAAATATAGC |
5/110 | NT | 6.6% | intergenic (–/‑231) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | 26987 = | 249 (0.710) | intergenic (‑140/–) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0033/– | partitioning protein/– | |||||
Only 100 of 450 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTT > CP000731/1‑90 | cctttttatcaagggtttatgaaaggtttatgatatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagttta < 1:2509604‑M1/1‑1 (MQ=255)cctttttatcaagggtttatgaaaggtttatgatatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagttta > 1:1061557‑M1/91‑91 (MQ=255)cctttttatcaagggtttatgaaaggtttatgatatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagttta > 1:3293062‑M1/91‑91 (MQ=255)cctttttatcaagggtttatgaaaggtttatgatatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagttta > 1:3352991‑M1/91‑91 (MQ=255)cctttttatcaagggtttatgaaaggtttatgatatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagttta < 1:3443378‑M1/1‑1 (MQ=255)cctttttatcaagggtttatgaaaggtttatgatatttatcaagggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagttta < 1:2310519‑M1/1‑1 (MQ=255) 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ggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAacta < 1:4014173‑M1/45‑1 (MQ=255) ggtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttACTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAGCCCCAacta < 1:3963696‑M1/45‑1 (MQ=255) gtttataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAactac < 1:1256300‑M1/46‑1 (MQ=255) tataaacccttgctaaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 1:3202035‑M1/49‑1 (MQ=255) tataaacccttgatacagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAACAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 1:3537285‑M1/49‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 1:566850‑M1/49‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 1:1652023‑M1/49‑1 (MQ=255) tataaacccttgataaagctatattttcccttttataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTgg < 1:1903086‑M1/49‑1 (MQ=255) 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aagtttATTTAAAGTGCTATAATAACCTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:3880128‑M1/7‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:1643857‑M1/7‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc < 1:784157‑M1/85‑1 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:3132764‑M1/7‑91 (MQ=255) tttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGt < 1:3745731‑M1/88‑1 (MQ=255) tATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGttt < 1:2526778‑M1/90‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTT > CP000731/1‑90 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |