| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 11093 = | 374 (1.070) | 58 (0.180) | 13/146 | NT | 15.9% | intergenic (+98/‑166) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase |
| ? | CP000731 | 11129 = | 270 (0.840) | intergenic (+134/‑130) | blaI/USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 | beta‑lactamase regulator BlaI/recombinase | |||||
Only 100 of 503 total aligned reads displayed.
TATGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCAAAAACCCAA > CP000731/11003‑11183 | tATGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATga < 1:3786805/91‑1 (MQ=255)tATGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATAGTATTAAAGATga < 1:3202949/91‑1 (MQ=255) gattacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaag < 1:2928712‑M1/2‑1 (MQ=255) gattacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaag < 1:751447‑M1/2‑1 (MQ=255) aTGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATgag > 1:1037454/1‑91 (MQ=255) tGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATgaga > 1:835552/1‑91 (MQ=255) tGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATgaga < 1:3079214/91‑1 (MQ=255) attacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaaga < 1:3237735‑M1/3‑1 (MQ=255) attacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaaga < 1:2441812‑M1/3‑1 (MQ=255) ttacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaagag < 1:3519187‑M1/4‑1 (MQ=255) ttacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaagag < 1:1865973‑M1/4‑1 (MQ=255) ttacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaagag > 1:1746325‑M1/88‑91 (MQ=255) gTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGagag < 1:670000/91‑1 (MQ=255) tacgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgt < 1:2044954‑M1/5‑1 (MQ=255) ttCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAgtg < 1:948563/91‑1 (MQ=255) ttCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAgtg < 1:2768094/91‑1 (MQ=255) tgaaaCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAgtgt > 1:315850/3‑91 (MQ=255) tCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAgtgt < 1:1083302/91‑1 (MQ=255) tCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAgtgt < 1:1558261/91‑1 (MQ=255) tCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAgtgc < 1:2411760/91‑2 (MQ=255) cgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgtgt < 1:973876‑M1/7‑1 (MQ=255) cgaggtcttttgtgaacatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAgtgt < 1:1135584‑M1/7‑1 (MQ=255) aaCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCa > 1:3611790/1‑91 (MQ=255) aCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAg < 1:2010863/91‑1 (MQ=255) aCATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGACCAg > 1:3463094/1‑91 (MQ=255) taataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGaaa > 1:69808/1‑91 (MQ=255) taataCATATGTAAACCACACTTGACACTTATTAAATTAGTTTTATTAACGACATCTAAAATATATTATCAAAGATGAGAGTGTCCAGaaa > 1:1664427/1‑91 (MQ=255) aataCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGaaaa > 1:719142/1‑91 (MQ=255) aCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATaa > 1:562375/1‑91 (MQ=255) aCATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATaa > 1:3696703/1‑91 (MQ=255) cATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAAc > 1:1262096/1‑91 (MQ=255) cATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAAc < 1:1925564/91‑1 (MQ=255) tatGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCa < 1:2549368/91‑1 (MQ=255) tatGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCa < 1:1358239/91‑1 (MQ=255) acatagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCAt > 1:1291581‑M1/70‑91 (MQ=255) tGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtt < 1:1902666/91‑1 (MQ=255) catagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtt > 1:2900701‑M1/69‑91 (MQ=255) catagattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtt > 1:3026826‑M1/69‑91 (MQ=255) tAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtttt < 1:1005147/91‑1 (MQ=255) tAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCAtttt < 1:1213024/91‑1 (MQ=255) gattttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCt > 1:445653‑M1/65‑91 (MQ=255) tttttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTACAGAAAATAACCATTTTCTg > 1:1534346‑M1/64‑91 (MQ=255) attttttgttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTg > 1:2379167‑M1/64‑91 (MQ=255) aCCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGATAATGACATTTAGAATATATTCTTATAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTg < 1:3310422/91‑1 (MQ=255) ccATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGt > 1:2746151/1‑91 (MQ=255) aTACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTac > 1:1489004/1‑91 (MQ=255) aTACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTac > 1:3884014/1‑91 (MQ=255) tACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTaca > 1:2258757/1‑91 (MQ=255) tACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGaca < 1:788970/91‑1 (MQ=37) cTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACAct > 1:3656277/1‑91 (MQ=255) cTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACAct > 1:2493086/1‑91 (MQ=255) ttGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc < 1:810479/91‑1 (MQ=255) gttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc > 1:1768159‑M1/57‑91 (MQ=255) gttgggtttttgaacacataattctatgtaatacttacttatttagacaaaaaacaAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActc > 1:1427888‑M1/57‑91 (MQ=255) tGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACActct < 1:2196312/91‑1 (MQ=255) gACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGACActctc < 1:2870768/91‑2 (MQ=21) aCTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTg > 1:2649989/1‑91 (MQ=255) aCTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGACActctca < 1:1689181/91‑3 (MQ=21) ctctTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGt < 1:4065049/91‑1 (MQ=255) ttaAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTg < 1:479740/91‑1 (MQ=255) ttaAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTg < 1:3902567/91‑1 (MQ=255) aaTTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCt > 1:2733113/1‑91 (MQ=255) aTTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTa > 1:1958314/1‑91 (MQ=255) ttAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTaa < 1:2845512/91‑1 (MQ=255) tAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTaaa < 1:3055045/91‑1 (MQ=255) tAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTaaa > 1:639607/1‑91 (MQ=255) tAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTaaa > 1:1170463/1‑91 (MQ=255) ttttGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAAtaa < 1:1279223/91‑1 (MQ=255) ttttGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAAtaa < 1:2592223/91‑1 (MQ=255) ttGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAAtaagt < 1:22990/91‑1 (MQ=255) ttGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAAtaagt < 1:3930893/91‑1 (MQ=255) tGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAAtaagta < 1:3092925/91‑1 (MQ=255) gTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAAtaagtaa > 1:1809583/1‑91 (MQ=255) gTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAAtaagtaa > 1:2788491/1‑91 (MQ=255) tAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATaagtaagt < 1:862018/91‑1 (MQ=255) tGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTAtt > 1:3120228/1‑91 (MQ=255) gACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTa > 1:1737288/1‑91 (MQ=255) aCATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTAc > 1:3725840/1‑91 (MQ=255) aCATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTAc > 1:146320/1‑91 (MQ=255) cATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACa > 1:2123485/1‑91 (MQ=255) aTTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACAt < 1:894783/91‑1 (MQ=255) tttAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATa > 1:3809191/1‑91 (MQ=255) ttAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAg < 1:3046386/91‑1 (MQ=255) ttAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAg < 1:2460172/91‑1 (MQ=255) taataaTATATT‑TTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGa > 1:2328611/5‑91 (MQ=255) tAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGa < 1:3571217/91‑1 (MQ=255) aaaaTATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGaa < 1:1617570/91‑1 (MQ=255) aaaTATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAAt < 1:3952689/91‑1 (MQ=255) aaTATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAAtt < 1:3361141/91‑1 (MQ=255) atatTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTAtg < 1:3278917/91‑1 (MQ=255) tattatTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTAtgt > 1:2815203/1‑91 (MQ=255) tattatTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTAtgt < 1:511727/91‑1 (MQ=255) tattatTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTAtgt > 1:3410329/1‑91 (MQ=255) tattatTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTAtgt > 1:4035390/1‑91 (MQ=255) attattAAAGATGAGAGTGTCCAGACAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTCTTACATAGAATTAtgtg < 1:2702372/91‑1 (MQ=255) ttattaAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATgtgt < 1:2153306/91‑1 (MQ=255) caaaaaacaAGAGTGTACAGAAAATGGTTATTTTCTGGACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCa < 1:2991346‑M1/82‑1 (MQ=255) tGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCAAAAAccc > 1:3837268/1‑91 (MQ=255) tGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCAAAAAccc < 1:1116962/91‑1 (MQ=255) caagagTGTACAGAAAAGGGTTATTTACTGGACACTCTTGTTTTTCGTCGAAAAAAGAAAGTATTACATAGAAGTATGTGTTCAAAAAccc > 1:223632/3‑91 (MQ=12) | TATGTTTCAAACATAATACATATGTAAACCATACTTGACTCTTATTAAATTAGTTTTGTTAATGACATTTAAAATATATTATTAAAGATGAGAGTGTCCAGAAAATAACCATTTTCTGTACACTCTTGTTTTTTGTCTAAATAAGTAAGTATTACATAGAATTATGTGTTCAAAAACCCAA > CP000731/11003‑11183 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |