| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 21325 | 275 (0.780) | 14 (0.050) | 8/138 | NT | 5.1% | intergenic (‑255/‑219) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027/USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | IS431mec transposase/macrolide transporter |
| ? | CP000731 | = 21339 | 279 (0.920) | intergenic (‑269/‑205) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027/USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | IS431mec transposase/macrolide transporter | |||||
Only 100 of 440 total aligned reads displayed.
CCAACAAAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTCCGCAATACACACTCATAGGATGACTTATGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAATAATAA > CP000731/21235‑21415 | caacaaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATa > 1:3613640/1‑91 (MQ=255) caacaaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATa > 1:350036/1‑91 (MQ=255) caacaaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATa < 1:2205799/91‑1 (MQ=255) aacaaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATAc > 1:1907475/1‑91 (MQ=255) acaaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACa > 1:3360316/1‑91 (MQ=255) acaaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACa > 1:1644562/1‑91 (MQ=255) acaaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACa < 1:840758/91‑1 (MQ=255) acaaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACa < 1:2930287/91‑1 (MQ=255) acaaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACa > 1:890161/1‑91 (MQ=255) caaAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACaa > 1:2559366/1‑91 (MQ=255) aaaaTGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACaaa < 1:442116/91‑1 (MQ=255) aaTGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAAc < 1:2316160/91‑1 (MQ=255) tataTTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAaat < 1:3068729/91‑1 (MQ=255) atatTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAaatt > 1:3192246/1‑91 (MQ=255) tatTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATtaatttagttttgt < 1:213050‑M1/91‑15 (MQ=255) ttATCATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAat > 1:3730232‑M2/1‑89 (MQ=255) ttAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAat > 1:3003953‑M2/1‑89 (MQ=255) tAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAGCCTTTTTGAATtaatttagttttgtatt < 1:1008056‑M1/91‑18 (MQ=255) tAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAatt > 1:815676‑M2/1‑88 (MQ=255) cATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAattcaa < 1:591333‑M2/91‑7 (MQ=255) aCTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAattcaaaaag > 1:1274252‑M2/1‑81 (MQ=255) aCTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAattcaaaaag > 1:1274454‑M2/1‑81 (MQ=255) cTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAattcaaaaagg < 1:2438290‑M2/91‑12 (MQ=255) aTTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCt < 1:1492798/91‑1 (MQ=255) aTTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCt > 1:1533190/1‑91 (MQ=255) ttttATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCtt < 1:2871357/91‑1 (MQ=255) ttATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGt > 1:950005/1‑91 (MQ=255) tATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTc < 1:1854536/91‑1 (MQ=255) tATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTc < 1:1722397/91‑1 (MQ=255) tATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTc < 1:1180766/91‑1 (MQ=255) 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attaatttagttttgtattcaaaaaggtttatttgagtctcatagaagctgtcattttaatcctccttcatcgataaaatagtaatgttaa > 1:2331381‑M1/1‑2 (MQ=255) aTACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTCCGCAATACACACTCATAGGATGACTTATGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAataata > 1:1426690/1‑91 (MQ=255) aTACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTCCGCAATACACACTCATAGGATGACTTATGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAataata < 1:264501/91‑1 (MQ=255) aTACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTCCGCAATACACACTCATAGGATGACTTATGTCACTTTTTATCCTTCGATAGGAataata > 1:3847135/1‑91 (MQ=255) ttaatttagttttgtattcaaaaaggtttatttgagtctcatagaagctgtcattttaatcctccttcatcgataaaatagtaatgttaat > 1:3899544‑M1/1‑1 (MQ=255) tACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTCCGCAATACACACTCATAGGATGACTTATGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAAtaataa > 1:1946270/1‑91 (MQ=255) | CCAACAAAATGTTATATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTCCGCAATACACACTCATAGGATGACTTATGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAATAATAA > CP000731/21235‑21415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |