| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 21325 | 275 (0.780) | 14 (0.050) | 8/138 | NT | 5.1% | intergenic (‑255/‑219) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027/USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | IS431mec transposase/macrolide transporter |
| ? | CP000731 | = 21339 | 279 (0.920) | intergenic (‑269/‑205) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027/USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | IS431mec transposase/macrolide transporter | |||||
Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
TATTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAATTCAAAAAGGCTTGTCCGCAATACACACTCATAGGATGACTTATGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAATAATAAACGCTTTCAAATAC > CP000731/21249‑21429 | tatTAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAaatta < 1:1850636/91‑1 (MQ=255) ttAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAat > 1:3003953‑M2/1‑89 (MQ=255) ttAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAat > 1:1492942‑M2/1‑89 (MQ=255) tAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAatt > 1:3814608‑M2/1‑88 (MQ=255) tAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAatt > 1:1280287‑M2/1‑88 (MQ=255) tAACATTACTATTTTATCGATGAAGGAGGATTAAAATGACAGCTTCTATGAGACTCAAATAAACCTTTTTGAATACAAAACTAAATTAatt > 1:2948032‑M2/1‑88 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |