| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 25306 = | 167 (0.480) | 29 (0.100) | 11/138 | NT | 17.5% | intergenic (+204/‑42) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 25340 = | 130 (0.430) | intergenic (+238/‑8) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 510 total aligned reads displayed.
TTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGA > CP000731/25216‑25396 | tttctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacc > 1:581667‑M1/91‑91 (MQ=255)tttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTacac > 1:839324/1‑91 (MQ=255)tttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTacac < 1:3489710/91‑1 (MQ=255) ttctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCt > 1:3128617‑M1/90‑91 (MQ=255) ttctgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCt < 1:411897‑M1/2‑1 (MQ=255) ttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACt < 1:2890631/91‑1 (MQ=255) ttCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACt < 1:515647/91‑1 (MQ=255) ctgaaggaaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCa > 1:2081944‑M1/88‑91 (MQ=255) tgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCAt > 1:139707‑M1/87‑91 (MQ=255) tgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCAt < 1:3618269‑M1/5‑1 (MQ=255) tgaaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCAt < 1:1565554‑M1/5‑1 (MQ=255) atataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATa > 1:3113863‑M2/1‑90 (MQ=255) tataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaa < 1:2120005‑M2/91‑3 (MQ=255) tataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaa < 1:3280366‑M2/91‑3 (MQ=255) aaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATaa < 1:1997468‑M1/7‑1 (MQ=255) aaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATaa > 1:2140957‑M1/85‑91 (MQ=255) aaggtaaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATaa > 1:2633748‑M1/85‑91 (MQ=255) ataGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaa < 1:2697143‑M2/91‑4 (MQ=255) taGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaat < 1:4081401‑M2/91‑5 (MQ=255) taGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaat < 1:4052399‑M2/91‑5 (MQ=255) taGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaat > 1:2835253‑M2/1‑87 (MQ=255) taaatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGt > 1:120036‑M1/81‑91 (MQ=255) gTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgt > 1:2542952‑M2/1‑85 (MQ=255) tAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtc < 1:451711‑M2/91‑8 (MQ=255) aatatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCa > 1:1005664‑M1/79‑91 (MQ=255) aaTTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtca > 1:619487‑M2/1‑83 (MQ=255) tatttgttagttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCaaa < 1:3342175‑M1/15‑1 (MQ=255) aataaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCaaa > 1:231479‑M1/36‑91 (MQ=255) tGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaat < 1:3092437‑M2/91‑12 (MQ=255) gTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaata > 1:66044‑M2/1‑79 (MQ=255) aaaaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATAc > 1:379149‑M1/33‑91 (MQ=255) ttACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactt > 1:1452439‑M2/1‑76 (MQ=255) aaggaattaaattcattataacacctcataAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACtt > 1:883107‑M1/31‑91 (MQ=255) gttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTTa > 1:2403279‑M1/68‑91 (MQ=255) gttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTTa > 1:4106217‑M1/68‑91 (MQ=255) gttatagccgtccataaacaagaaaaaattaaaataataataaaaggaattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTTa > 1:2371996‑M1/68‑91 (MQ=255) aataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttac < 1:1905982‑M2/91‑21 (MQ=255) aataaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttac > 1:711867‑M2/1‑71 (MQ=255) taaGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttacat > 1:1841634‑M2/1‑69 (MQ=255) aGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACAttt > 1:1695921/1‑91 (MQ=255) aGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACAttt < 1:2938391/91‑1 (MQ=255) aGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACAttt < 1:1272637/91‑1 (MQ=255) aGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACAttt > 1:2059837/1‑91 (MQ=255) gtgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTAt > 1:353084/1‑91 (MQ=255) gtgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTAt > 1:494664/1‑91 (MQ=255) tgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATg > 1:392343/1‑91 (MQ=255) tgtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATg > 1:2956653/1‑91 (MQ=255) gtTTTAAAATATATTATAATGTAAACAGTATTTGACATTCGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGa < 1:3853351/91‑1 (MQ=255) gtTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGa < 1:2185544/91‑1 (MQ=255) ttAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGgt < 1:963601/91‑1 (MQ=255) aaaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGgtgt < 1:3692943/91‑1 (MQ=255) aaaaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGgtgt > 1:753524/1‑91 (MQ=255) aaTATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTta > 1:929821/1‑91 (MQ=255) aaTATATTAGAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTta < 1:3967943/91‑1 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaa > 1:2991603/1‑91 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaa > 1:1790323/1‑91 (MQ=255) atatTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaa < 1:3954856/91‑1 (MQ=255) tattatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAAt > 1:1089251/1‑91 (MQ=255) attatAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATaaat > 1:2273722/1‑89 (MQ=255) tataATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGaa < 1:698526/91‑1 (MQ=255) ataATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAt > 1:1015909/1‑91 (MQ=255) ataATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAt > 1:3816467/1‑91 (MQ=255) ataATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAt < 1:273393/91‑1 (MQ=255) ataATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAAt > 1:173258/1‑91 (MQ=255) AAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTc < 1:355699‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTcc < 1:2451868‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTcc < 1:2416257‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCt > 1:3038288‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttat < 1:2806384‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttat < 1:2296279‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttatt < 1:3415303‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttatt < 1:3228407‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATATCAAATACCTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttatt < 1:3307884‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttatta > 1:3643986‑M1/1‑91 (MQ=255) TTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttatta < 1:1633030‑M1/91‑1 (MQ=255) tGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaatgtcaaatactttttacattataatatattttaaaacaccttattagtaaaacaatt < 1:3166508‑M2/91‑61 (MQ=255) TGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTCTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTACTTCCTTttattat < 1:4146907‑M1/91‑1 (MQ=255) GACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttattatt > 1:3068019‑M1/1‑91 (MQ=255) ACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTttattatta < 1:1509572‑M1/91‑1 (MQ=255) aattaaattcattataacacCTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTAtttt > 1:1437137‑M1/21‑91 (MQ=255) TGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTa < 1:1390720‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTa < 1:15928‑M1/91‑1 (MQ=255) gTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTaa > 1:1304054/1‑91 (MQ=255) gTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTaa > 1:2749411/1‑91 (MQ=255) tATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAAt > 1:1055774/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAAtt < 1:817636/91‑1 (MQ=255) aTCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAAtt > 1:19673/1‑91 (MQ=255) aTCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAAtt > 1:2798361/1‑91 (MQ=255) cAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAAtttt < 1:1340430/91‑1 (MQ=255) aaaaTATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAAtttttt > 1:2496845/1‑91 (MQ=255) aaaTATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTc > 1:1119271/1‑91 (MQ=255) tatTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTg > 1:2678099/1‑91 (MQ=255) tttACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGtt < 1:3383984/91‑1 (MQ=255) ttACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGttt < 1:3996685/91‑1 (MQ=255) ttACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGttt > 1:690872/1‑91 (MQ=255) tACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTa > 1:791783/1‑91 (MQ=255) acacTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTAt > 1:117535/1‑91 (MQ=255) acacTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTAt > 1:373537/1‑91 (MQ=255) acacTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTCTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTAt > 1:266432/1‑91 (MQ=255) CTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGa < 1:2232356‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTACATTTATGAGGTGTTATAATGAATTTAATTCCTTTTATTATTATTTTAATTTTTTCTTGTTTATGGA > CP000731/25216‑25396 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |