| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2161 | 76 (0.770) | 19 (0.200) | 12/152 | NT | 19.5% | intergenic (+256/‑22) | dnaA/dnaN | Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2172 | 85 (0.910) | intergenic (+267/‑11) | dnaA/dnaN | Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
GCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2072‑2251 | gCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACg > 1:44486/1‑91 (MQ=255)gCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACg > 1:2956713/1‑91 (MQ=255) cAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGAc > 1:2350220/1‑91 (MQ=255) aaTCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtcctt < 1:1798211‑M1/91‑6 (MQ=255) aTCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTgg < 1:2879054/91‑1 (MQ=255) tCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttcc < 1:1568252‑M1/91‑8 (MQ=255) tATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccag < 1:754747‑M1/91‑10 (MQ=255) tATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAg < 1:676940/91‑1 (MQ=255) tATGATTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAg < 1:3456270/91‑1 (MQ=255) aTGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagt < 1:1084033‑M1/91‑11 (MQ=255) aTGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAgg < 1:3828557/91‑1 (MQ=255) aTGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAgg < 1:2920776/91‑1 (MQ=255) aTGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAgg < 1:1097203/91‑1 (MQ=255) aTGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAgg < 1:3828350/91‑1 (MQ=255) tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtc < 1:50441‑M1/91‑12 (MQ=255) tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtc < 1:2270297‑M1/91‑12 (MQ=255) tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGa > 1:788315/1‑91 (MQ=255) tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGa > 1:1033631/1‑91 (MQ=255) tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGAACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtc < 1:2370008‑M1/91‑12 (MQ=255) gTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcg < 1:208658‑M1/91‑13 (MQ=255) tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt < 1:2405709‑M2/91‑3 (MQ=255) tttttAAGACTCATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgt < 1:3763767‑M1/91‑14 (MQ=255) tttgtAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccaatcgt < 1:3272563‑M1/91‑14 (MQ=255) tttatAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgt < 1:3272537‑M1/91‑14 (MQ=255) ttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtt < 1:661829‑M1/91‑15 (MQ=255) aaGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaa > 1:3577414/1‑91 (MQ=255) aaGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaa > 1:1525839/1‑91 (MQ=255) cTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatata < 1:2721389‑M1/91‑23 (MQ=255) ttATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatataa < 1:3680846‑M1/91‑24 (MQ=255) aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatga < 1:2459886/91‑1 (MQ=255) aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatga > 1:1337368/1‑91 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatgat < 1:43542/91‑1 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatgat < 1:43600/91‑1 (MQ=255) accaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGa > 1:2676196/1‑91 (MQ=255) ccaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatataattatata < 1:1414805‑M1/91‑31 (MQ=255) aTCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTc > 1:1348910/1‑91 (MQ=255) aTCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTc < 1:2814964/91‑1 (MQ=255) ccACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCAc < 1:1306288/91‑1 (MQ=255) ccACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCAc < 1:1306271/91‑1 (MQ=255) ccACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCAc < 1:1411752/91‑1 (MQ=255) cacaGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACt < 1:4135041/91‑1 (MQ=255) cacaGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACt > 1:1867886/1‑91 (MQ=255) acaGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTa < 1:1285451/91‑1 (MQ=255) caGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTAt > 1:4109811/1‑91 (MQ=255) gCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACTCCTTCCAGTCgtttatatataattatataggttttaagt > 1:2857320‑M2/1‑62 (MQ=255) gCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTa > 1:3561432/1‑91 (MQ=255) gCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTa > 1:207323/1‑91 (MQ=255) aCCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaa < 1:644798/91‑1 (MQ=255) ccTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaaa < 1:3613564/91‑1 (MQ=255) ccTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaaa < 1:1760177/91‑1 (MQ=255) ctactactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAag < 1:2482671/91‑1 (MQ=255) actacaaTTACTAAGAACTTAAAACCTACATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGGTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAagag > 1:2205430/1‑91 (MQ=255) ctactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAgaga < 1:62991/91‑1 (MQ=255) actaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGatt < 1:3981214/91‑1 (MQ=255) ctaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGatta > 1:3647852/1‑91 (MQ=255) cTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGAttatcttat < 1:3278118/91‑1 (MQ=255) aGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTac > 1:2941997/1‑91 (MQ=255) gAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTaca < 1:250855/91‑1 (MQ=255) gAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTaca > 1:4014306/1‑91 (MQ=255) aaCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATCTTATTacac > 1:3971450/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACgactggaaggagtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgc > 1:2857320‑M1/1‑29 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca > 1:3018885/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca > 1:2015812/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca < 1:3664401/91‑1 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATACACGACCGGACGGAGGTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGCTTATTTTATTACACAAt > 1:3950594/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAt > 1:3528806/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAt > 1:1913280/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAt > 1:1913025/1‑91 (MQ=255) tAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAGGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAtt > 1:2410089/1‑91 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa > 1:1397021/1‑91 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa > 1:1290730/1‑91 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa > 1:1290498/1‑91 (MQ=255) aCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAAt > 1:227214/1‑91 (MQ=255) tatataATTATATATAAACGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattgg < 1:1414805‑M2/91‑62 (MQ=255) atataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGaca > 1:3413156/1‑91 (MQ=255) atataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGaca > 1:1036397/1‑91 (MQ=255) atataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGaca > 1:3955194/1‑91 (MQ=255) ataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGAcaca < 1:1327708/91‑1 (MQ=255) aaTTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACAtt < 1:861507/91‑1 (MQ=255) aaTTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACAtt > 1:3510722/1‑91 (MQ=255) ttATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaa > 1:1571341/1‑91 (MQ=255) tatatataAACGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataag < 1:2721389‑M2/91‑70 (MQ=255) tatatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaaa > 1:3615490/1‑91 (MQ=255) atatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaaaa > 1:429598/1‑91 (MQ=255) atatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaaaa < 1:1611153/91‑1 (MQ=255) ataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTa < 1:1072506/91‑1 (MQ=255) taAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAt < 1:760094/91‑1 (MQ=255) aaaCGACTGGAAGGAgtttatatataattatatgggtcttaagttcctagtaatagtaggaggtgctgtggattggtggataagtcttaaa < 1:3312764‑M2/91‑77 (MQ=255) aaaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAtt < 1:4052039/91‑1 (MQ=255) aaaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAtt > 1:1357832/1‑91 (MQ=255) aaCGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaa < 1:661829‑M2/91‑78 (MQ=255) aaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAttt > 1:3358364/1‑91 (MQ=255) aaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAttt > 1:1814693/1‑91 (MQ=255) aCGATTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttacaaa < 1:3272563‑M2/91‑79 (MQ=255) aCGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggatgagtcttaaaaa < 1:3763767‑M2/91‑79 (MQ=255) aCGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttataaa < 1:3272537‑M2/91‑79 (MQ=255) aCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTc > 1:2420555/1‑91 (MQ=255) aCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTc > 1:3878669/1‑91 (MQ=255) cGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaac < 1:208658‑M2/91‑80 (MQ=255) cGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaac < 1:2918030‑M2/91‑80 (MQ=255) | GCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2072‑2251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |