| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2161 | 76 (0.770) | 19 (0.200) | 12/152 | NT | 19.5% | intergenic (+256/‑22) | dnaA/dnaN | Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2172 | 85 (0.910) | intergenic (+267/‑11) | dnaA/dnaN | Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAAC > USA300TCH1516_ALE/2082‑2262 | tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGa > 1:1033631/1‑91 (MQ=255)tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGa > 1:788315/1‑91 (MQ=255) tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt < 1:2405709‑M2/91‑3 (MQ=255) aaGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaa > 1:1525839/1‑91 (MQ=255) aaGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaa > 1:3577414/1‑91 (MQ=255) aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatga < 1:2460343/91‑1 (MQ=255) aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatga > 1:1337368/1‑91 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatgat < 1:43542/91‑1 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatgat < 1:43600/91‑1 (MQ=255) aTCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTc < 1:2814964/91‑1 (MQ=255) aTCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTc > 1:1348910/1‑91 (MQ=255) aTCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTc < 1:2814598/91‑1 (MQ=255) ccACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCAc < 1:1306288/91‑1 (MQ=255) ccACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCAc < 1:1306271/91‑1 (MQ=255) ccACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCAc < 1:1411752/91‑1 (MQ=255) cacaGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACt < 1:4135041/91‑1 (MQ=255) cacaGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACt > 1:1867886/1‑91 (MQ=255) acaGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTa < 1:1285451/91‑1 (MQ=255) caGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTAt > 1:4109811/1‑91 (MQ=255) gCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACTCCTTCCAGTCgtttatatataattatataggttttaagt > 1:2857320‑M2/1‑62 (MQ=255) gCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTa > 1:207323/1‑91 (MQ=255) aCCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaa < 1:644798/91‑1 (MQ=255) ccTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaaa < 1:3613564/91‑1 (MQ=255) ccTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaaa < 1:1760177/91‑1 (MQ=255) ctactactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAag < 1:2482671/91‑1 (MQ=255) actactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAagag > 1:2205329/1‑91 (MQ=255) ctactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAgaga < 1:62991/91‑1 (MQ=255) cTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGAttatcttat < 1:3278118/91‑1 (MQ=255) aaGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTttatta < 1:3940162/91‑1 (MQ=255) gAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTaca < 1:250855/91‑1 (MQ=255) gAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTaca > 1:4014306/1‑91 (MQ=255) aaCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATCTTATTacac > 1:3971450/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca > 1:2015812/1‑91 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca < 1:3664401/91‑1 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca > 1:3018885/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATACACGACCGGACGGAGGTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGCTTATTTTATTACACAAt > 1:3950594/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAt > 1:1913280/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAt > 1:1913025/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAt > 1:3528806/1‑91 (MQ=255) tAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAGGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAtt > 1:2410089/1‑91 (MQ=255) aaaaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTa > 1:1951273/1‑91 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa > 1:1290498/1‑91 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa > 1:1397021/1‑91 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa > 1:1290730/1‑91 (MQ=255) aCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAAt > 1:227214/1‑91 (MQ=255) cTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGa < 1:3985555/91‑1 (MQ=255) tatataATTATATATAAACGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattgg < 1:1414805‑M2/91‑62 (MQ=255) atataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGaca > 1:3955194/1‑91 (MQ=255) atataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGaca > 1:3413156/1‑91 (MQ=255) atataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGaca > 1:1036397/1‑91 (MQ=255) ataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGAcaca < 1:1327708/91‑1 (MQ=255) aaTTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACAtt > 1:3510722/1‑91 (MQ=255) aaTTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACAtt < 1:861507/91‑1 (MQ=255) ttATATATAAACGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataa < 1:3680846‑M2/91‑69 (MQ=255) ttATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaa > 1:1571341/1‑91 (MQ=255) tatatataAACGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataag < 1:2721389‑M2/91‑70 (MQ=255) tatatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaaa > 1:3613664/1‑91 (MQ=255) tatatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaaa > 1:3615490/1‑91 (MQ=255) atatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaaaa < 1:1611153/91‑1 (MQ=255) atatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaaaa > 1:429645/1‑91 (MQ=255) ataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTa < 1:1072506/91‑1 (MQ=255) taAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAt < 1:760094/91‑1 (MQ=255) aaaggACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAtt < 1:3736114/87‑1 (MQ=255) aaaCGACTGGAAGGAgtttatatataattatatgggtcttaagttcctagtaatagtaggaggtgctgtggattggtggataagtcttaaa < 1:3312764‑M2/91‑77 (MQ=255) aaaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAtt < 1:4052039/91‑1 (MQ=255) aaaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAtt > 1:1357832/1‑91 (MQ=255) aaCGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaa < 1:661829‑M2/91‑78 (MQ=255) aaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAttt > 1:3358364/1‑91 (MQ=255) aaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAttt > 1:1814693/1‑91 (MQ=255) aaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAttt > 1:1107287/1‑91 (MQ=255) aCGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggatgagtcttaaaaa < 1:3763767‑M2/91‑79 (MQ=255) aCGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttataaa < 1:3272537‑M2/91‑79 (MQ=255) aCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTc > 1:2420555/1‑91 (MQ=255) cGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaac < 1:2918030‑M2/91‑80 (MQ=255) cGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaac < 1:208658‑M2/91‑80 (MQ=255) gACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttacgttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaaca < 1:3497261‑M2/91‑81 (MQ=255) gACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggttctgtggattggtggataagtcttaaaaaca < 1:2370008‑M2/91‑81 (MQ=255) gACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaaca < 1:2270297‑M2/91‑81 (MQ=255) gACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaaca < 1:3162648‑M2/91‑81 (MQ=255) gACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaaca < 1:50441‑M2/91‑81 (MQ=255) aCTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaacat < 1:1084033‑M2/91‑82 (MQ=255) cTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCa > 1:174537/1‑91 (MQ=255) cTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCa > 1:174478/1‑91 (MQ=255) tGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCaa > 1:2295492/1‑91 (MQ=255) tGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCaa > 1:7844/1‑91 (MQ=255) tGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCaa > 1:255456/1‑91 (MQ=255) tGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCaa > 1:2293243/1‑91 (MQ=255) ggAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaacataga < 1:1568252‑M2/91‑85 (MQ=255) ggAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAg > 1:1769827/1‑91 (MQ=255) ggAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAg > 1:735206/1‑91 (MQ=255) aaGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaacatagatt < 1:1795739‑M2/91‑87 (MQ=255) aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac < 1:3877710/91‑1 (MQ=255) aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac < 1:754335/91‑1 (MQ=255) aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac < 1:159462/91‑1 (MQ=255) aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac < 1:3389178/91‑1 (MQ=255) ggAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaaca < 1:3474930/91‑1 (MQ=255) gAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaacaa > 1:225623/1‑91 (MQ=255) aGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTGACCAAGaacaac < 1:3200771/91‑1 (MQ=255) aGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaacaac > 1:1467837/1‑91 (MQ=255) aGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaacaac < 1:3200862/91‑1 (MQ=255) | TGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAAC > USA300TCH1516_ALE/2082‑2262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |