| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 12708 = | 103 (1.050) | 20 (0.220) | 17/146 | NT | 18.1% | intergenic (+274/‑105) | hutH/serS_1 | Histidine ammonia‑lyase/Serine‑‑tRNA ligase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 12737 = | 87 (0.970) | intergenic (+303/‑76) | hutH/serS_1 | Histidine ammonia‑lyase/Serine‑‑tRNA ligase | |||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
ACAATCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGG > USA300TCH1516_ALE/12618‑12797 | ctaatgtctaacattaaccttcatcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaa < 1:2410005‑M1/1‑1 (MQ=255)ctaatgtctaacattaaccttcatcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaa > 1:1574166‑M1/91‑91 (MQ=255)aCAATCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTa > 1:2749855/1‑91 (MQ=255) aatgtctaacattaaccttcatcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGa < 1:2997094‑M1/3‑1 (MQ=255) atgtctaacattaaccttcatcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGAc < 1:1587886‑M1/4‑1 (MQ=255) aTCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGAc > 1:1291097/1‑91 (MQ=255) aTCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGAc > 1:407501/1‑91 (MQ=255) tCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGAcc > 1:61971/1‑91 (MQ=255) tCGGTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGAcc < 1:2552798/91‑1 (MQ=255) gtctaacattaaccttcatcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttcttttttagaaaataaaaaaAGACCa < 1:3853803‑M1/6‑1 (MQ=255) gtctaacattaaccttcatcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGACCa > 1:1400186‑M1/86‑91 (MQ=255) gTGGTAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACg < 1:3735715/91‑1 (MQ=255) gTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACg > 1:225788/1‑91 (MQ=255) gTGATAACCGTTATTTTAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACg > 1:876269/1‑91 (MQ=255) 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cttcatcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGACCACGTCCCTTGTAgg > 1:3093120‑M1/73‑91 (MQ=255) ttcatcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGACCACGTCCCTTGTAggg > 1:1067128‑M1/72‑91 (MQ=255) tttAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGAt > 1:1593100/1‑91 (MQ=255) catcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGACCACGTCCCTTGTAGGGAt > 1:1695229‑M1/70‑91 (MQ=255) atcctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGACCACGTCCCTTGTAGGGAtg > 1:4121946‑M1/69‑91 (MQ=255) tAGTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTATGGAtgt < 1:3230968/91‑1 (MQ=255) cctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGACCACGTCCCTTGTAGGGAtgtg > 1:1103327‑M1/67‑91 (MQ=255) cctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGACCACGTCCCTTGTAGGGAtgtg > 1:3460399‑M1/67‑91 (MQ=255) gTGAAGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGTTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTgg < 1:3501810/91‑1 (MQ=255) ctttcccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTgg > 1:1145343‑M1/66‑91 (MQ=255) aaGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑t > 1:765586/1‑91 (MQ=255) aGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑tt > 1:381880/1‑91 (MQ=255) gTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑ttt > 1:537116/1‑91 (MQ=255) aTTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTa < 1:3125374/91‑1 (MQ=255) aTTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTa > 1:350490/1‑91 (MQ=255) aTTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTa < 1:3125336/91‑1 (MQ=255) ttAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTAtt < 1:2994985/91‑1 (MQ=255) aGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTAtttt < 1:1788565/91‑1 (MQ=255) tttAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTa < 1:1679842/91‑1 (MQ=255) ttAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTaa > 1:3610376/1‑91 (MQ=255) aGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTaaaa > 1:2867031/1‑91 (MQ=255) tgtATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTTTagaaaa < 1:2692144/91‑1 (MQ=255) aTCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaa > 1:1760977/1‑91 (MQ=255) aTCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaa < 1:2156761/91‑1 (MQ=255) aTCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaa < 1:2155971/91‑1 (MQ=255) tCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaaa > 1:4026424/1‑91 (MQ=255) tCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaaa < 1:1964671/91‑1 (MQ=255) tCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaaa > 1:2700650/1‑91 (MQ=255) cTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAg > 1:2052604/1‑91 (MQ=255) ttATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGac > 1:3586485/1‑91 (MQ=255) aaCTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACAACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacgtac > 1:763091/1‑91 (MQ=255) aCTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacgtacg < 1:3073706/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |