| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 12708 = | 103 (1.050) | 20 (0.220) | 17/146 | NT | 18.1% | intergenic (+274/‑105) | hutH/serS_1 | Histidine ammonia‑lyase/Serine‑‑tRNA ligase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 12737 = | 87 (0.970) | intergenic (+303/‑76) | hutH/serS_1 | Histidine ammonia‑lyase/Serine‑‑tRNA ligase | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
AGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAGGTTAATGTTAGACATTAG > USA300TCH1516_ALE/12647‑12826 | aGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑tt > 1:381880/1‑91 (MQ=255)aGTGCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑tt < 1:3723069/91‑1 (MQ=255) ccaaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaagaccacgtcccttgtagggatgtggtcttt < 1:767867‑M2/2‑1 (MQ=255) gCAATTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTGAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑ttttt < 1:1118718/91‑1 (MQ=255) caaataattatcatttgttatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaagaccacgtcccttgtagggatgtggtctttt < 1:4052259‑M2/3‑1 (MQ=255) aaataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaagaccacgtcccttgtagggatgtggtcttttt < 1:2638941‑M2/4‑1 (MQ=255) aataattatcatttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaagaccacgtcccttgtagggatgtggtctttttt < 1:2235323‑M2/5‑1 (MQ=255) aTTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTa < 1:3125336/91‑1 (MQ=255) aTTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTa < 1:3125374/91‑1 (MQ=255) aTTTAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTa > 1:350490/1‑91 (MQ=255) ttAGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTAtt < 1:2994985/91‑1 (MQ=255) aGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTAtttt < 1:1788565/91‑1 (MQ=255) aGGTTTAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTAtttt < 1:1790365/91‑1 (MQ=255) tttAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTa < 1:1679842/91‑1 (MQ=255) ttAGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTaa > 1:3610376/1‑91 (MQ=255) catttattatggaatgacgtacgtctttattttttagaaaataaaaaaagaccacgtcccttgtagggatgtggtctTTTTTTATTTTCTa < 1:3797437‑M2/14‑1 (MQ=255) aGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTaaaa > 1:2867031/1‑91 (MQ=255) aGTGTATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTaaaa > 1:441678/1‑91 (MQ=255) tgtATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTTTagaaaa < 1:2692144/91‑1 (MQ=255) gtATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTTTAGAAAAt < 1:282230/91‑1 (MQ=255) gtATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTTTAGAAAAt < 1:1821717/91‑1 (MQ=255) tATCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTTTAGAAAATa < 1:1915901/91‑1 (MQ=255) aTCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaa < 1:2155971/91‑1 (MQ=255) aTCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaa < 1:2156761/91‑1 (MQ=255) aTCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaa > 1:1760977/1‑91 (MQ=255) tCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaaa < 1:1964671/91‑1 (MQ=255) tCTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATaaa > 1:2700701/1‑91 (MQ=255) cTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAg > 1:2052604/1‑91 (MQ=255) cTTTATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAg > 1:4056983/1‑91 (MQ=255) ttATAACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGac > 1:3586485/1‑91 (MQ=255) tataACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacg < 1:3647097/91‑1 (MQ=255) tataACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacg > 1:1481471/1‑91 (MQ=255) ataACTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacgt < 1:3696459/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacgtac > 1:763166/1‑91 (MQ=255) aaCTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACAACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacgtac > 1:763091/1‑91 (MQ=255) aCTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacgtacg > 1:2584731/1‑91 (MQ=255) aCTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacgtacg > 1:2359203/1‑91 (MQ=255) aCTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacgtacg > 1:542528/1‑91 (MQ=255) aCTTAAATTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGacgtacg < 1:3073706/91‑1 (MQ=255) tacgtctttattttttagaaaataaaaaaagaccacgtcccttgtagggatgtggtctTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTc < 1:291738‑M2/33‑1 (MQ=255) aaaTTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCAt > 1:2828141/1‑91 (MQ=255) aTTGTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTc < 1:2200718/91‑1 (MQ=255) gTTAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGCAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCat > 1:2686117/1‑91 (MQ=255) tAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCataa < 1:915658/91‑1 (MQ=255) tAAATAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCataa > 1:2379628/1‑91 (MQ=255) aaTAGGGTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTCTTTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCataat > 1:2535200/1‑91 (MQ=255) ggTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGa < 1:2846084/91‑1 (MQ=255) ggTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGa < 1:2024658/91‑1 (MQ=255) gTGGCGACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGAt < 1:1034154/91‑1 (MQ=255) gTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGAt > 1:2946053/1‑91 (MQ=255) gTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGAt > 1:3200614/1‑91 (MQ=255) gTGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGAt > 1:1145771/1‑91 (MQ=255) tGGCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATa < 1:1113373/91‑1 (MQ=255) gCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAat < 1:2912229/91‑1 (MQ=255) gCAACGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAat < 1:2912481/91‑1 (MQ=255) aCGCGTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAattat > 1:1196933/1‑91 (MQ=255) aaaaaAGACCACATCCCTACAAGGGACGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAattatt < 1:2235323‑M1/86‑1 (MQ=255) aaaaAGACCACATCCCTACAAGGGACGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTAttt < 1:2638941‑M1/87‑1 (MQ=255) cgTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTg > 1:3651606/1‑91 (MQ=255) cgTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTg > 1:1611509/1‑91 (MQ=255) cgTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTg > 1:2522635/1‑91 (MQ=255) aaaAGACCACATCCCTACAAGGGACGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAACAAATGATAATTATTTg < 1:4052259‑M1/88‑1 (MQ=255) gTAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTgg > 1:4114987/1‑91 (MQ=255) tAGACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑GTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTggg < 1:3332204/91‑1 (MQ=255) GACCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGaa > 1:1382850‑M1/1‑91 (MQ=255) CCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAg < 1:2865336‑M1/91‑1 (MQ=255) CCACGTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAg > 1:1832799‑M1/1‑91 (MQ=255) ccacatccctacaagggacgtggtctTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAg > 1:3940509‑M2/27‑91 (MQ=255) cacatccctacaagggacgtggtctTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAgg > 1:3460399‑M2/26‑91 (MQ=255) gTCCCTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATg < 1:1093206/91‑1 (MQ=255) atccctacaagggacgtggtctTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATg > 1:1695229‑M2/23‑91 (MQ=255) tccctacaagggacgtggtctTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGa > 1:521517‑M2/22‑91 (MQ=255) ccctacaagggacgtggtctTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGaa > 1:1067128‑M2/21‑91 (MQ=255) cctacaagggacgtggtctTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAg > 1:3093120‑M2/20‑91 (MQ=255) cctacaagggacgtggtctTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAg > 1:3835222‑M2/20‑91 (MQ=255) cTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAgg < 1:3013682/91‑1 (MQ=255) cTTGTAGGGATGTGGTC‑TTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAgg < 1:2726745/91‑1 (MQ=255) ctacaagggacgtggtctTTTTTTATTTTCTAAAAAATAAAGACGTACGTCATTCCATAATAAATGATAATTATTTGGGAAAGGATGAAgg > 1:2445873‑M2/19‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |