New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 51234 = | 112 (1.140) | 5 (0.060) | 5/144 | NT | 5.1% | intergenic (‑32/‑107) | USA300HOU_RS00210/USA300HOU_RS00215 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 51274 = | 85 (0.960) | intergenic (‑72/‑67) | USA300HOU_RS00210/USA300HOU_RS00215 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
AAAGATTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATG > USA300TCH1516_ALE/51144‑51323 | aaaGATTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGtc > 1:3824370/1‑91 (MQ=255) aaGATTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGtca > 1:2332682/1‑91 (MQ=255) aaGATTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGtca > 1:213033/1‑91 (MQ=255) aaGATTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGtca > 1:1693821/1‑91 (MQ=255) aaGATTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGtca < 1:1689430/91‑1 (MQ=255) aaGATTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGtca < 1:1689402/91‑1 (MQ=255) ttcttctagcgtaggtatcaatatataccccccctccccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagcaa < 1:3285976‑M1/3‑1 (MQ=255) ttcttctagcgtaggtatcaatatataccccccctccccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagcaa < 1:3286079‑M1/3‑1 (MQ=255) aGATTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGtcaa < 1:2834385/91‑1 (MQ=255) aTTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGtcaatc < 1:487683/91‑1 (MQ=255) ttctagcgtaggtatcaatatataccccccctccccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagcaatca < 1:1110484‑M1/6‑1 (MQ=255) ttAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGtcaatcaa < 1:2891235/91‑1 (MQ=255) tctagcgtaggtatcaatatataccccccctccccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagcaatcaa > 1:2195595‑M1/85‑91 (MQ=255) tctagcgtaggtatcaatatataccccccctccccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagcaatcaa < 1:4005797‑M1/7‑1 (MQ=255) tAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAACATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTcaatcaat > 1:3677334/1‑91 (MQ=255) tAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTcaatcaat < 1:4050676/91‑1 (MQ=255) tAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTcaatcaat < 1:549857/91‑1 (MQ=255) ctagcgtaggtatcaatatataccccccctccccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagcaatcaat > 1:2540841‑M1/84‑91 (MQ=255) aGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAata > 1:1508804/1‑91 (MQ=255) gCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAatat < 1:2173040/91‑1 (MQ=255) gCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAatat > 1:2733321/1‑91 (MQ=255) cAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATc > 1:2524114/1‑91 (MQ=255) cAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATc > 1:2522746/1‑91 (MQ=255) cAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATc > 1:1530758/1‑91 (MQ=255) cAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATc > 1:1530220/1‑91 (MQ=255) cAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATc < 1:2189949/91‑1 (MQ=255) cAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATc > 1:2510695/1‑91 (MQ=255) cAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCGTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATc > 1:3588503/1‑91 (MQ=255) ttataaaattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCata < 1:3155522/91‑1 (MQ=255) ataaaattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCAtata > 1:3789586/1‑91 (MQ=255) ataaaattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCAtata < 1:3814333/91‑1 (MQ=255) aaaattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAgg < 1:3137012/91‑1 (MQ=255) aaaattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAgg > 1:2712382/1‑91 (MQ=255) aaaattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAgg < 1:3525148/91‑1 (MQ=255) aaaattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAgg < 1:1175139/91‑1 (MQ=255) aaattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTGGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGt > 1:1935279/1‑91 (MQ=255) aattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGtt > 1:2028004/1‑91 (MQ=255) aattataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGtt > 1:2027888/1‑91 (MQ=255) attataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTa > 1:2180202/1‑91 (MQ=255) attataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTa > 1:418368/1‑91 (MQ=255) attataaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTa > 1:2771344/1‑91 (MQ=255) aaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTa > 1:926004/1‑91 (MQ=255) aaaGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTa > 1:926024/1‑91 (MQ=255) aGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATc < 1:4056041/91‑1 (MQ=255) aGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATc < 1:1034330/91‑1 (MQ=255) aGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATc < 1:1977714/91‑1 (MQ=255) gCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCt < 1:339568/91‑1 (MQ=255) ttttCTTGCTGATTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTc < 1:3763153/91‑1 (MQ=255) tttCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCa < 1:3670220/91‑1 (MQ=255) ccccctccccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCa > 1:2465402‑M1/60‑91 (MQ=255) ccctccccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAat > 1:2962106‑M1/58‑91 (MQ=255) cTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAatt < 1:3956944/91‑1 (MQ=255) tccccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAattga > 1:2333917‑M1/55‑91 (MQ=255) gctgctTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAattgat > 1:1953353/1‑91 (MQ=255) ccattttttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAattgattg > 1:2577508‑M1/52‑91 (MQ=255) gctTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGc < 1:2493606/91‑1 (MQ=255) gctTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGc < 1:3025619/91‑1 (MQ=255) gctTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGc < 1:1519348/91‑1 (MQ=255) gctTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGc < 1:4126738/91‑1 (MQ=255) tAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCtat < 1:451598/91‑1 (MQ=255) ttgttccgcgtctaatcataatgcttcatttatgcttattatagCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTataat > 1:396343‑M1/45‑91 (MQ=255) aTTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTataat < 1:3986180/91‑1 (MQ=255) tttCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTataata > 1:2717086/1‑91 (MQ=255) tttCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTataata > 1:779498/1‑91 (MQ=255) tttCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTataata < 1:850163/91‑1 (MQ=255) cTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGc < 1:1307029/91‑1 (MQ=255) cTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGc > 1:4107717/1‑91 (MQ=255) ttATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCa > 1:2331778/1‑91 (MQ=255) tCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATaaa > 1:620694/1‑91 (MQ=255) cATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAAt < 1:610904/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATg < 1:1308118/91‑1 (MQ=255) ttttAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGa > 1:751837/1‑91 (MQ=255) ttttAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGa > 1:2808222/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAg < 1:2875125/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCa > 1:3594468/1‑91 (MQ=255) aaTTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCAtt > 1:301760/1‑91 (MQ=255) aTTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTa > 1:3412522/1‑91 (MQ=255) aTTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTa > 1:3546071/1‑91 (MQ=255) ttCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTAt > 1:1622039/1‑91 (MQ=255) tcctccAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATg < 1:1042986/91‑1 (MQ=255) cctccAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGa > 1:820977/1‑91 (MQ=255) ctccAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGAt < 1:495167/91‑1 (MQ=255) cAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAg > 1:1581631/1‑91 (MQ=255) aataatTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGa > 1:2504601/1‑91 (MQ=255) ataatTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGAc < 1:1701704/91‑1 (MQ=255) ataatTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGAc > 1:2623637/1‑91 (MQ=255) tttttAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCgg > 1:1405551/1‑91 (MQ=255) tttttAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCgg > 1:1405453/1‑91 (MQ=255) tttttAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCgg < 1:1689798/91‑1 (MQ=255) ttttAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGa < 1:2646117/91‑1 (MQ=255) ttttAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGa > 1:524232/1‑91 (MQ=255) ttttAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGa > 1:528698/1‑91 (MQ=255) ttttAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGa > 1:2846247/1‑91 (MQ=255) ttAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAAc < 1:1907989/91‑1 (MQ=255) aaGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACaa > 1:348907/1‑91 (MQ=255) aGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACaaa > 1:282331/1‑91 (MQ=255) gTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAAt > 1:2986895/1‑91 (MQ=255) gTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAAt > 1:2986763/1‑91 (MQ=255) gTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAAt > 1:1001670/1‑91 (MQ=255) tcaatcaaTATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATg < 1:2264769/91‑1 (MQ=255) | AAAGATTTAGCAATTATAAAATTATAAAGCTTTTCTTGCTGCTTAGATTTCTTATTCATTTTAAAATTCCTCCAATAATTTTTAAGGAGTCAATCAATATCATATAGGTTAAACTATCTTCAATTGATTGCTATAATAAGCATAAATGAAGCATTATGATTAGACGCGGAACAAAAAATG > USA300TCH1516_ALE/51144‑51323 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |