| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 61689 | 128 (1.300) | 8 (0.090) | 3/146 | NT | 6.0% | intergenic (‑536/+35) | USA300HOU_RS00260/USA300TCH1516_00053 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 61720 | 136 (1.520) | intergenic (‑567/+4) | USA300HOU_RS00260/USA300TCH1516_00053 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GAGATATTATTTTCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGAATTCGATTATTATTATAGTTTTTAATGTATTTTCGACAATAT > USA300TCH1516_ALE/61599‑61779 | gagaTATTATTTTCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCT < 1:1444467‑M1/91‑1 (MQ=255) tattatTTTCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTa > 1:2592543/1‑91 (MQ=255) tattatTTTCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTa > 1:1423411/1‑91 (MQ=255) tattTTCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAAtt > 1:537742/1‑91 (MQ=255) tattTTCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTAAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAAtt > 1:3285094/1‑91 (MQ=255) ttttCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATtct < 1:4089845/91‑1 (MQ=255) tttCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATtctc < 1:3615319/91‑1 (MQ=255) tttCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATtctc > 1:703207/1‑91 (MQ=255) tttCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATtctc > 1:672679/1‑91 (MQ=255) ttCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTctct < 1:3415236/91‑1 (MQ=255) tCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTg < 1:452890/91‑1 (MQ=255) tCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTg < 1:452970/91‑1 (MQ=255) tCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTg > 1:2913510/1‑91 (MQ=255) tCACAAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTg > 1:1574986/1‑91 (MQ=255) acaAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTa > 1:3037818/1‑91 (MQ=255) caAAAAAAGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTAt > 1:1325885/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTAttt > 1:2441179/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTAttt < 1:13315/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTAtttt > 1:2157210/1‑91 (MQ=255) aaGGATGCTTTTTGCTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACa < 1:3741842/91‑1 (MQ=255) aaGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACa < 1:3905061/91‑1 (MQ=255) aaGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACa > 1:1601919/1‑91 (MQ=255) aGAATGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAg < 1:1848472/91‑1 (MQ=255) aTGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAgggg > 1:1493213/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGa > 1:3009533/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGa > 1:2963340/1‑91 (MQ=255) tGCTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGa > 1:1162322/1‑91 (MQ=255) cTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTacttatcccctgtaaaatacagagaatt < 1:51569‑M1/91‑29 (MQ=255) cTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTacttatcccctgtaaaatacagagaatt < 1:3278125‑M1/91‑29 (MQ=255) cTTTTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATa < 1:1775274/91‑1 (MQ=255) tttttGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATaa > 1:2776481/1‑91 (MQ=255) tttGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTacttatcccctgtaaaatacagagaattagc < 1:2021417‑M1/91‑32 (MQ=255) tttGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTacttatcccctgtaaaatacagagaattagc < 1:3907677‑M1/91‑32 (MQ=255) tAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagcct > 1:2732700‑M2/1‑86 (MQ=255) tAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagcct < 1:2450221‑M2/91‑6 (MQ=255) agagGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTacttatcccctgtaaaatacagagaattagcagccta < 1:4023675‑M1/91‑38 (MQ=255) agagGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagccta > 1:2314586‑M2/1‑85 (MQ=255) agagGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagccta > 1:2961981‑M2/1‑85 (MQ=255) agagGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagccta < 1:3137676‑M2/91‑7 (MQ=255) agagGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagccta < 1:3138232‑M2/91‑7 (MQ=255) gagGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagcctag < 1:3693453‑M2/91‑8 (MQ=255) cACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGtttt < 1:4096299/91‑1 (MQ=255) cTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTttg > 1:3967430/1‑91 (MQ=255) cTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTttg > 1:1702647/1‑91 (MQ=255) gAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTACTTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTttgtt < 1:3602925/91‑1 (MQ=255) aaCCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTttgttg > 1:2803734/1‑91 (MQ=255) aCCCTTGAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGa > 1:3222848/1‑91 (MQ=255) aCCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGa > 1:404506/1‑91 (MQ=255) aCCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGa > 1:1218980/1‑91 (MQ=255) aCCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGa > 1:155740/1‑91 (MQ=255) aCCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGa < 1:567345/91‑1 (MQ=255) aCCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGa > 1:48546/1‑91 (MQ=255) cccTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGaa < 1:711318/91‑1 (MQ=255) ccTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGAAt > 1:1481766/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |