New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 61689 | 128 (1.300) | 8 (0.090) | 3/146 | NT | 6.0% | intergenic (‑536/+35) | USA300HOU_RS00260/USA300TCH1516_00053 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 61720 | 136 (1.520) | intergenic (‑567/+4) | USA300HOU_RS00260/USA300TCH1516_00053 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
TTTGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTAGCCTAGTTTTTGTTGAATTCGATTATTATTATAGTTTTTAATGTATTTTCGACAATATCTATTACAATATGATTAGAGTTATTAAGCTG > USA300TCH1516_ALE/61630‑61810 | tttGTTAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGt < 1:565005/91‑1 (MQ=255) ttAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagcc > 1:2714201‑M2/1‑87 (MQ=255) tAGAGGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagcct > 1:2732700‑M2/1‑86 (MQ=255) agagGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagccta < 1:3137676‑M2/91‑7 (MQ=255) agagGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagccta > 1:2961981‑M2/1‑85 (MQ=255) agagGCACTGAACCCTTAAAATGGGAACTTAATAAAAACACTATGTTCTAGGCTGCTAATTCTCTGTATTTTACAGGGGATAAGTagccta > 1:2314586‑M2/1‑85 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |