New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 68692 = | 106 (1.080) | 7 (0.080) | 5/144 | NT | 7.1% | coding (808/852 nt) | USA300TCH1516_00061 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 68737 = | 89 (1.010) | intergenic (+1/+99) | USA300TCH1516_00061/arcC1_1 | hypothetical protein/Carbamate kinase 1 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GCTTAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAGAACATGGTGTTTTTATTAAGTTCCCGTTTTAAGGGTTCAGTGCCCT > USA300TCH1516_ALE/68601‑68782 | ttAATCACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACt < 1:3095615/91‑1 (MQ=255) ctttagttcaattacctttataaacaaaagagcctataatcctagggcactgaacccttaaaacgggaacttaataaaaacaccatgttCt < 1:2545032‑M1/2‑1 (MQ=255) ttagttcaattacctttataaacaaaagagcctataatcctagggcactgaacccttaaaacgggaacttaataaaaacaccatgttCTAg > 1:2487096‑M1/88‑91 (MQ=255) cACTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTGCATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCt > 1:2391256/1‑91 (MQ=255) gttcaattacctttataaacaaaagagcctataatcctagggcactgaacccttaaaacgggaacttaataaaaacaccatgttCTAGGCt > 1:821673‑M1/85‑91 (MQ=255) aCTCTAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTa < 1:2605555/91‑1 (MQ=255) tAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTa < 1:1954012/91‑1 (MQ=255) tAATCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTa > 1:1732382/1‑91 (MQ=255) aaTCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTAt > 1:3030528/1‑91 (MQ=255) aTCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATc < 1:699905/91‑1 (MQ=255) aTCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATc < 1:699637/91‑1 (MQ=255) tCACATTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATcc < 1:956682/91‑1 (MQ=255) caTTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATGATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCt < 1:3596028/91‑1 (MQ=255) aTTGTAATAGATATTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTg < 1:2913069/91‑1 (MQ=255) 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tatTGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACaga < 1:3248178/91‑1 (MQ=255) ttGTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAgaga > 1:1251014/1‑91 (MQ=255) gTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAAt > 1:1901270/1‑91 (MQ=255) gTCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAAt > 1:554766/1‑91 (MQ=255) tCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAAtt < 1:1852637/91‑1 (MQ=255) tCGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAAtt < 1:1195919/91‑1 (MQ=255) ctataatcctagggcactgaacccttaaaacgggaacttaataagaacaccatgttCTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAAtt > 1:723812‑M1/57‑91 (MQ=255) cGAAAAGTACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTa > 1:213341/1‑91 (MQ=255) 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tcctagggcactgaacccttaaaacgggaacttaataaaaacaccatgttCTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGc > 1:1044211‑M1/51‑91 (MQ=255) tACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCt < 1:3278263/91‑1 (MQ=255) tACATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCt < 1:3281229/91‑1 (MQ=255) aCATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTa > 1:3904396/1‑91 (MQ=255) aCATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTa < 1:1154281/91‑1 (MQ=255) cATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAg > 1:1424776/1‑91 (MQ=255) cATTAAAAACAATAATAATAATAATAATAATCGAATTCAAC‑AAAAACTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAATTAATAGCCTAg > 1:1776205/1‑91 (MQ=255) agggcactgaacccttaaaacgggaacttaataaaaacaccatgttCTAGGCTACTTATCCCCTGTAAAATACAGAGAGTTAATAGCCTAg > 1:3190074‑M1/47‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |