New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 153874 | 111 (1.130) | 6 (0.070) | 5/150 | NT | 5.4% | intergenic (+46/‑222) | rfbX/sodM | Putative O‑antigen transporter/Superoxide dismutase [Mn/Fe] 2 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 153903 | 106 (1.150) | intergenic (+75/‑193) | rfbX/sodM | Putative O‑antigen transporter/Superoxide dismutase [Mn/Fe] 2 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ACGTATGGCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCTTTTTGCATTCAAT > USA300TCH1516_ALE/153785‑153964 | aCGTATGGCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGTAAATTAAGATTAAGAAGAAAAgg > 1:1037455/1‑91 (MQ=255) cGTATGGCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGc < 1:929111/91‑1 (MQ=255) cGTATGGCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGc < 1:1631818/91‑1 (MQ=255) tATGGCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCaa > 1:299051/1‑91 (MQ=255) tATGGCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCaa > 1:3617388/1‑91 (MQ=255) ggCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAAttt > 1:271780/1‑91 (MQ=255) ggCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAAttt > 1:3245526/1‑91 (MQ=255) gCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTc > 1:2879931/1‑91 (MQ=255) gCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTc > 1:1765030/1‑91 (MQ=255) aaaTATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCtt > 1:2283795/1‑91 (MQ=255) atatTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTAt > 1:3272439/1‑91 (MQ=255) tatTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTAtt < 1:1352724/91‑1 (MQ=255) tatTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTAtt < 1:1352631/91‑1 (MQ=255) tatTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTAtt > 1:428230/1‑91 (MQ=255) atTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTg < 1:3705426/91‑1 (MQ=255) tGAGGTATCTTCGACATAAAACAATGTAAGTACCGGTAAGGCTATACTTTAGATAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGaa < 1:3861583/91‑1 (MQ=255) gAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGaaa > 1:1260048/1‑91 (MQ=255) gAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGaaa > 1:1259956/1‑91 (MQ=255) gAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTCTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAGTTTCTTATTGaaa > 1:4152980/1‑91 (MQ=255) aGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGaaaa < 1:3654771/91‑1 (MQ=255) ggCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGaaaaa > 1:898909/1‑91 (MQ=255) ggCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGaaaaa > 1:808929/1‑91 (MQ=255) tCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGa > 1:3375728/1‑91 (MQ=255) tCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGa > 1:1784892/1‑91 (MQ=255) ttCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAg > 1:3561661/1‑91 (MQ=255) cGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGtt > 1:770300/1‑91 (MQ=255) aCATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGacaacttccatttttcaataagaaattgc < 1:2443621‑M1/91‑30 (MQ=255) aCATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGt > 1:3145121/1‑91 (MQ=255) aaaCAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTctttt < 1:529435‑M2/91‑6 (MQ=255) aaaCAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTctttt < 1:1171005‑M2/91‑6 (MQ=255) aaCAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGacaacttccatttttcaataagaaattgccttttc < 1:1012801‑M1/91‑36 (MQ=255) aaCAATTTAAGTACCCGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCCATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCttttt > 1:3536146/1‑91 (MQ=255) aCAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCtttttt < 1:2143248/91‑1 (MQ=255) cAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAGAAATGGAAGTTGTCTTTTTTa > 1:2448818/1‑91 (MQ=255) cAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTa > 1:1009795/1‑91 (MQ=255) cAATTTAAGCACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTa > 1:2088567/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTaa > 1:1804084/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTaa > 1:2259898/1‑91 (MQ=255) aTTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAAt > 1:1206163/1‑91 (MQ=255) aTTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAAt < 1:2385763/91‑1 (MQ=255) tttAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAAtt < 1:805288/91‑1 (MQ=255) tttAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAAtt > 1:1729107/1‑91 (MQ=255) tAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATtct > 1:3177734/1‑91 (MQ=255) aaGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATtctc > 1:2865890/1‑91 (MQ=255) aGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGacaacttccatttttcaataagaaattgccttttcttcttaatc < 1:1973197‑M1/91‑45 (MQ=255) aGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTctct < 1:1769644/91‑1 (MQ=255) gTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCtt > 1:2159153/1‑91 (MQ=255) gTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCtt > 1:2158838/1‑91 (MQ=255) aCCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTa < 1:220906/91‑1 (MQ=255) aCCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTa < 1:220487/91‑1 (MQ=255) aCCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTa > 1:1629923/1‑91 (MQ=255) aCCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTa > 1:1978110/1‑91 (MQ=255) aCCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTa < 1:2028242/91‑1 (MQ=255) aCCGGTAATGCTATACTTTAGAAAAGTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTa < 1:1540739/91‑1 (MQ=255) ccGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTaa > 1:2845801/1‑91 (MQ=255) ggTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTaaaa > 1:3956145/1‑91 (MQ=255) aaTGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCg > 1:3628432/1‑91 (MQ=255) aaTGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCg < 1:2699447/91‑1 (MQ=255) tGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCggg < 1:3259866/91‑1 (MQ=255) tGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCggg > 1:1006000/1‑91 (MQ=255) cTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGaa > 1:1411965/1‑91 (MQ=255) taCTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACa < 1:3929883/91‑1 (MQ=255) taCTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACa < 1:1600402/91‑1 (MQ=255) cTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGATAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACaaa < 1:3858856/91‑1 (MQ=255) cTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACaaa > 1:2569733/1‑91 (MQ=255) tttAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACaaaa > 1:379540/1‑91 (MQ=255) tttAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACaaaa < 1:1117925/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAg < 1:4083718/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAg < 1:2915583/91‑1 (MQ=255) tAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGc > 1:2658515/1‑91 (MQ=255) aGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCa > 1:1015540/1‑91 (MQ=255) aGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCa > 1:1015442/1‑91 (MQ=255) aGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCa > 1:1287805/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTa < 1:2001185/91‑1 (MQ=255) ttaagattaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTaaa > 1:886052/1‑91 (MQ=255) taagattaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAAt < 1:3910654/91‑1 (MQ=255) taagattaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAAt < 1:1897084/91‑1 (MQ=255) aagattaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATg > 1:757311/1‑91 (MQ=255) aagattaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATg > 1:1983766/1‑91 (MQ=255) agattaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGc < 1:2808086/91‑1 (MQ=255) gattaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGcc > 1:248611/1‑91 (MQ=255) attaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCt < 1:3090342/91‑1 (MQ=255) attaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCt < 1:3749399/91‑1 (MQ=255) attaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCt > 1:1180542/1‑91 (MQ=255) attaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCt > 1:254315/1‑91 (MQ=255) attaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCt > 1:3597473/1‑91 (MQ=255) ttaagaAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCtt < 1:1853540/91‑1 (MQ=255) ttaagaAGAAAAGGCAATTTCTGATTGAAAAATGGAAGTGGGCTTTTTTAATTCTCTTTAAAATCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCtt > 1:3298114/1‑91 (MQ=255) agaagaAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTcttttcttcttaatcttaattttctaaagtatagcattaccggtacttaaat < 1:1196284‑M2/91‑53 (MQ=255) agaagaAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCttttt < 1:1950580/91‑1 (MQ=255) agaagaAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCttttt < 1:1743430/91‑1 (MQ=255) agaaAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCTTTTTGCa < 1:1563868/91‑1 (MQ=255) aaaaGacaacttccatttttcaataagaaattgccttttcttcttaatcttaattttctaaagtatagcattaccggtacttaaattgttt < 1:1171005‑M1/91‑87 (MQ=255) aaaaGacaacttccatttttcaataagaaattgccttttcttcttaatcttaattttctaaagtatagcattaccggtacttaaattgttt < 1:529435‑M1/91‑87 (MQ=255) aaaaGacaacttccatttttcaataagaaattgccttttcttcttaatcttaattttctaaagtatagcattaccggtacttaaattgttt > 1:1156650‑M1/1‑5 (MQ=255) aaaGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCTTTTTGCATTc < 1:4087992/91‑1 (MQ=255) aaaGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCTTTTTGCATTc < 1:4092453/91‑1 (MQ=255) aaaGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCTTTTTGCATTc > 1:451317/1‑91 (MQ=255) aaaGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCTTTTCGCATTc < 1:3229933/91‑1 (MQ=255) ggCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTcttttcttcttaatcttaattttctaaagtatagcattaccggtacttaaattgttttatg < 1:359744‑M2/91‑62 (MQ=255) | ACGTATGGCAAATATTGAGGCATCTTCGACATAAAACAATTTAAGTACCGGTAATGCTATACTTTAGAAAATTAAGATTAAGAAGAAAAGGCAATTTCTTATTGAAAAATGGAAGTTGTCTTTTTTAATTCTCTTTAAAAGCGGGAAACAAAAGCAGTTAAATGCCTTTTTGCATTCAAT > USA300TCH1516_ALE/153785‑153964 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |