| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 298078 | 76 (0.770) | 5 (0.060) | 5/140 | NT | 7.5% | intergenic (+217/‑211) | tarK/tarF_1 | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 298114 | 57 (0.660) | intergenic (+253/‑175) | tarK/tarF_1 | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase | |||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGA > USA300TCH1516_ALE/297988‑298168 | ataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATc < 1:472083‑M1/10‑1 (MQ=255)ataaaatacatttaaccattacacttgtcgttaattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATc < 1:2948534‑M1/10‑1 (MQ=255) ttttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCt > 1:1628730/1‑91 (MQ=255) tttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTa > 1:1966567/1‑91 (MQ=255) ttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTaa < 1:2623916/91‑1 (MQ=255) ttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTaa < 1:3405801/91‑1 (MQ=255) ttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTaa > 1:3643467/1‑91 (MQ=255) tCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAAt > 1:1308276/1‑91 (MQ=255) tCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAAt > 1:2822200/1‑91 (MQ=255) cATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAAtt < 1:259079/91‑1 (MQ=255) tGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCa < 1:1422190/91‑1 (MQ=255) tGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCa < 1:1265694/91‑1 (MQ=255) tGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCa < 1:3100281/91‑1 (MQ=255) tGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCa > 1:3953752/1‑91 (MQ=255) gCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCAt > 1:1800959/1‑91 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaa > 1:2663210/1‑91 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaa < 1:451946/91‑1 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaa < 1:2203967/91‑1 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaa < 1:2915638/91‑1 (MQ=255) tAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaaa > 1:1515239/1‑91 (MQ=255) aGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAAtg < 1:3401617/91‑1 (MQ=255) gCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAAtgtg > 1:3477732/1‑91 (MQ=255) gCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAAtgtg > 1:3009948/1‑91 (MQ=255) gATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAGATGTGTa > 1:2069015/1‑91 (MQ=255) gATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTa > 1:4125404/1‑91 (MQ=255) gATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTAATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTa > 1:3496471/1‑91 (MQ=255) ttCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTaaa > 1:1752029/1‑91 (MQ=255) ttCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTaaa > 1:1752047/1‑91 (MQ=255) ttCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTaaa > 1:2025643/1‑91 (MQ=255) ttCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTaaa > 1:3396036/1‑91 (MQ=255) tcaatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAac > 1:85447/1‑91 (MQ=255) tcaatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAac < 1:2222751/91‑1 (MQ=255) caatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAaca < 1:2596464/91‑1 (MQ=255) aatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAacac < 1:3313832/91‑1 (MQ=255) tcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACAt > 1:1001545/1‑91 (MQ=255) aaaGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACg > 1:1435166/1‑91 (MQ=255) aattatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCCA‑TTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGa > 1:3623078‑M1/50‑91 (MQ=255) attatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCCA‑TTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGaa > 1:797028‑M1/49‑91 (MQ=255) tatcatacgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCCA‑TTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATg > 1:504145‑M1/47‑91 (MQ=255) cACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAAt > 1:2047118/1‑91 (MQ=255) aCCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaatta < 1:1717581‑M1/91‑37 (MQ=255) aCCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATg < 1:4048242/91‑1 (MQ=255) cTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCtaattcataacgtatgtgtttacacatttattaattag < 1:3226039‑M1/91‑39 (MQ=255) ttCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgat > 1:211726‑M2/1‑88 (MQ=255) tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagata < 1:123532‑M1/91‑41 (MQ=255) tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgata > 1:565584‑M2/1‑87 (MQ=255) tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgata > 1:565605‑M2/1‑87 (MQ=255) tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgata > 1:894085‑M2/1‑87 (MQ=255) acgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATaa > 1:2344617‑M1/41‑91 (MQ=255) cAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataac < 1:3918351‑M1/91‑43 (MQ=255) aaCTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacg < 1:1888200‑M1/91‑44 (MQ=255) cTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgataacgat < 1:3974767‑M2/91‑10 (MQ=255) aatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAt > 1:1713784‑M1/37‑91 (MQ=255) tGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgataacgatt < 1:1064255‑M2/91‑11 (MQ=255) aaTTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttt > 1:461142/1‑91 (MQ=255) aTTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAttttt < 1:950079/91‑1 (MQ=255) ttGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATTAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttttt < 1:3602467/91‑1 (MQ=255) ttGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttttt > 1:4096410/1‑91 (MQ=255) tCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtt > 1:1214141/1‑91 (MQ=255) ttttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatg < 1:477692/91‑1 (MQ=255) tttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgt > 1:3316701/1‑91 (MQ=255) tttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgt > 1:4083886/1‑91 (MQ=255) ttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGACTTTTtgttatgtt > 1:4149547/1‑91 (MQ=255) gTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaa > 1:2870262/1‑91 (MQ=255) gTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaa > 1:4074256/1‑91 (MQ=255) taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa < 1:1781014/91‑1 (MQ=255) taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa < 1:1781145/91‑1 (MQ=255) taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa < 1:1781189/91‑1 (MQ=255) aaataaaataATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGt < 1:651102/91‑1 (MQ=255) aaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAc > 1:564507/1‑91 (MQ=255) aaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAc < 1:4051146/91‑1 (MQ=255) ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt > 1:3528083/1‑91 (MQ=255) ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt > 1:1545080/1‑91 (MQ=255) atCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTaa > 1:2551563/1‑91 (MQ=255) tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt < 1:2498967/91‑1 (MQ=255) tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt < 1:2316738/91‑1 (MQ=255) tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt < 1:2315782/91‑1 (MQ=255) cGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATc < 1:3921556/91‑1 (MQ=255) cGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATc < 1:3426604/91‑1 (MQ=255) atcgAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAGTCAt > 1:3269813‑M1/5‑91 (MQ=255) aTCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCAt < 1:3244288/91‑1 (MQ=255) ccAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGt < 1:1279731/91‑1 (MQ=255) cAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTa > 1:1887252/1‑91 (MQ=255) aaTCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattca < 1:1064255‑M1/91‑82 (MQ=255) AATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAt > 1:627215‑M1/1‑91 (MQ=255) aTCGTTATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattcag < 1:3974767‑M1/91‑83 (MQ=255) TCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAttt > 1:1080397‑M1/1‑91 (MQ=255) cGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattcagtt < 1:1888200‑M2/91‑49 (MQ=255) gTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattcagttg < 1:3918351‑M2/91‑50 (MQ=255) GTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCg < 1:1561848‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCg < 1:1562349‑M1/91‑1 (MQ=255) tATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattcagttgga > 1:565584‑M1/1‑4 (MQ=255) tATCcattcataacgtatgtgtttacacatttatgaattagataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattcagttgga > 1:894085‑M1/1‑4 (MQ=255) tATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattcagttgga < 1:123532‑M2/91‑52 (MQ=255) TATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTa < 1:3406873‑M1/91‑1 (MQ=255) ATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTAt > 1:2502637‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATg > 1:849398‑M1/1‑91 (MQ=255) cTAATTAATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATTagataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattcagttggaag < 1:3226039‑M2/91‑55 (MQ=255) CTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGa < 1:516920‑M1/91‑1 (MQ=255) CTAATTCATAAATGTATAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTCAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGa < 1:3539585‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGA > USA300TCH1516_ALE/297988‑298168 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |