BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	= 298078	76 (0.770)	5 (0.060)	5/140	NT	7.5%	intergenic (+217/‑211)	tarK/tarF_1	Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 298114	57 (0.660)	5 (0.060)	5/140	NT	7.5%	intergenic (+253/‑175)	tarK/tarF_1	Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase

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CACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTA  >  USA300TCH1516_ALE/298023‑298204

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 aCCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATg                                                                                            <  1:4048242/91‑1 (MQ=255)

    ttCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgat                                                                                         >  1:211726‑M2/1‑88 (MQ=255)

     tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgata                                                                                        >  1:565605‑M2/1‑87 (MQ=255)

     tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgata                                                                                        >  1:565584‑M2/1‑87 (MQ=255)

     tCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgata                                                                                        >  1:894085‑M2/1‑87 (MQ=255)

      acgaaatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATaa                                                                                       >  1:2344617‑M1/41‑91 (MQ=255)

          cTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgataacgat                                                                                   <  1:3974767‑M2/91‑10 (MQ=255)

          aatacatgattaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAt                                                                                   >  1:1713784‑M1/37‑91 (MQ=255)

           tGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgataacgatt                                                                                  <  1:1064255‑M2/91‑11 (MQ=255)

             aaTTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttt                                                                                >  1:461142/1‑91 (MQ=255)

              aTTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAttttt                                                                               <  1:950079/91‑1 (MQ=255)

               ttGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATTAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttttt                                                                              <  1:3602467/91‑1 (MQ=255)

               ttGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtttttt                                                                              >  1:4096410/1‑91 (MQ=255)

                  tCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtt                                                                           >  1:1214141/1‑91 (MQ=255)

                   ttaatgtaccactttaacataacaaaaAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtta                                                                          >  1:2567461‑M1/28‑91 (MQ=255)

                     ttttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatg                                                                        <  1:477692/91‑1 (MQ=255)

                      tttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgt                                                                       >  1:3316701/1‑91 (MQ=255)

                      tttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgt                                                                       >  1:4083886/1‑91 (MQ=255)

                       ttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGACTTTTtgttatgtt                                                                      >  1:4149547/1‑91 (MQ=255)

                         gTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaa                                                                    >  1:2870262/1‑91 (MQ=255)

                         gTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaa                                                                    >  1:4074256/1‑91 (MQ=255)

                          taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa                                                                   <  1:1781189/91‑1 (MQ=255)

                          taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa                                                                   <  1:1781145/91‑1 (MQ=255)

                          taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa                                                                   <  1:1781093/91‑1 (MQ=255)

                          taaaataaaaTAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa                                                                   <  1:1781014/91‑1 (MQ=255)

                            aaataaaataATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGt                                                                 <  1:651102/91‑1 (MQ=255)

                                 aaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAc                                                            <  1:4051146/91‑1 (MQ=255)

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                                 aaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAc                                                            <  1:3495068/91‑1 (MQ=255)

                                   ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt                                                          >  1:4095410/1‑91 (MQ=255)

                                   ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt                                                          >  1:1545080/1‑91 (MQ=255)

                                   ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt                                                          >  1:3528083/1‑91 (MQ=255)

                                    taatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAtt                                                         >  1:1626483/1‑91 (MQ=255)

                                      atCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTaa                                                       >  1:2551563/1‑91 (MQ=255)

                                       tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt                                                      <  1:2315782/91‑1 (MQ=255)

                                       tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt                                                      <  1:2316738/91‑1 (MQ=255)

                                       tCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt                                                      <  1:2498967/91‑1 (MQ=255)

                                        cGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATc                                                     <  1:3921556/91‑1 (MQ=255)

                                        cGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATc                                                     <  1:3426604/91‑1 (MQ=255)

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                                            ccAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGt                                                 <  1:1279731/91‑1 (MQ=255)

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                                                    tATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGgataacgattggatcgattattttattttacaaaatgacaattcagttgga                                         <  1:123532‑M2/91‑52 (MQ=255)

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                                                     ATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTAt                                        >  1:2502637‑M1/1‑91 (MQ=255)

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                                                                              aTACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGt               >  1:952056/1‑91 (MQ=255)

                                                                                aCGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTa             >  1:546318/1‑91 (MQ=255)

                                                                                aCGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTa             >  1:546538/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   ttATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAAt          >  1:2507877/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      tGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTa       >  1:957533/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       gAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAt      <  1:3646022/91‑1 (MQ=255)

                                                                                       gAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAt      <  1:755089/91‑1 (MQ=255)

                                                                                       gAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAt      >  1:2377407/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       gAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAt      >  1:1091104/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       gAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAt      >  1:1091075/1‑91 (MQ=255)

                                                                                        aaTGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAtt     <  1:1026963/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        aaTGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAtt     <  1:1026756/91‑1 (MQ=255)

                                                                                         aTGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAttt    <  1:3561608/91‑1 (MQ=255)

                                                                                          tGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAtttt   >  1:357008/1‑91 (MQ=255)

                                                                                           ggATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTa  >  1:1409819/1‑91 (MQ=255)

CACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTA  >  USA300TCH1516_ALE/298023‑298204

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.