| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 314324 = | 65 (0.660) | 8 (0.090) | 4/148 | NT | 11.3% | intergenic (‑182/+69) | rebM/rbsK_rbiA | Demethylrebeccamycin‑D‑glucose O‑methyltransferase/Bifunctional ribokinase/ribose‑5‑phosphate isomerase A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 314383 = | 65 (0.710) | intergenic (‑241/+10) | rebM/rbsK_rbiA | Demethylrebeccamycin‑D‑glucose O‑methyltransferase/Bifunctional ribokinase/ribose‑5‑phosphate isomerase A | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TCACTTCATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGCACAGCCATGATATACGAATGTTGCATGTTATATGCTAAACCTTCATATCATAGCTGTGTTTGATTCATTTAAACTTGATTTACTTCTTCT > USA300TCH1516_ALE/314234‑314414 | tCACTTCATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGC > 1:2274387‑M1/1‑91 (MQ=255)tCACTTCATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGC > 1:3702075‑M1/1‑91 (MQ=255)tCACTTCATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGC > 1:1224516‑M1/1‑91 (MQ=255)tCACTTCATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGC > 1:3519830‑M1/1‑91 (MQ=255)tCACTTCATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGC > 1:1822052‑M1/1‑91 (MQ=255)tCACTTCATTTATAACTAAACATGAGTCAACAAGCATAGGTTTAGTGGAAAATTATTTCTAATAGATGATGTTTTATAAAGATAAAAAAGC < 1:1571077‑M1/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |