| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 393245 = | 87 (0.880) | 8 (0.090) | 6/142 | NT | 10.0% | coding (235/567 nt) | USA300HOU_RS01800 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 393281 = | 66 (0.760) | coding (271/567 nt) | USA300HOU_RS01800 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GTTGGAAAGAATTATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCTACTTCCAGTCAATGCGTTTCGTGACAAGGTAATAGGACTTGTA > USA300TCH1516_ALE/393155‑393334 | aggaattaaataatgtttactagaacctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacaca > 1:810476‑M1/91‑91 (MQ=255)aggaattaaataatgtttactagaacctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacaca < 1:2554285‑M1/1‑1 (MQ=255)aggaattaaataatgtttactagaacctgctgtcgctacaagtcatattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacaca > 1:3311840‑M1/91‑91 (MQ=255) gaattaaataatgtttactagaacctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacAtt < 1:2156474‑M1/3‑1 (MQ=255) ggAAAGAATTATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAAttt < 1:3888776/91‑1 (MQ=255) aattaaataatgtttactagaacctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacAttt > 1:2106923‑M1/88‑91 (MQ=255) aattaaataatgtttactagaacctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacAttt > 1:2106878‑M1/88‑91 (MQ=255) gAAAGAATTATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAAtttt < 1:3082800/91‑1 (MQ=255) aaaGAATTATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAAttttt < 1:167752/91‑1 (MQ=255) taaataatgtttactagaacctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacATTTTTc < 1:1809246‑M1/7‑1 (MQ=255) aGAATTATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCa < 1:458759/91‑1 (MQ=255) aataatgtttactagaacctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacATTTTTCaa < 1:1118710‑M1/9‑1 (MQ=255) aataatgtttactagaacctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacATTTTTCaa > 1:3993886‑M1/83‑91 (MQ=255) aTTATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGc > 1:1686999/1‑91 (MQ=255) ttATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCt < 1:1960905/91‑1 (MQ=255) tATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCtt > 1:3285544/1‑91 (MQ=255) tATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCtt < 1:726497/91‑1 (MQ=255) tATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCtt > 1:3284930/1‑91 (MQ=255) tATCTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCtt > 1:237171/1‑91 (MQ=255) cTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCa < 1:1125818/91‑1 (MQ=255) cTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCa < 1:964305/91‑1 (MQ=255) cTAGATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCa < 1:964290/91‑1 (MQ=255) gATACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATcc > 1:850678/1‑91 (MQ=255) aTACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATccc < 1:1463427/91‑1 (MQ=255) aTACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATccc < 1:129243/91‑1 (MQ=255) aTACTACAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATccc < 1:4093824/91‑1 (MQ=255) tactacAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCt < 1:3892703/91‑1 (MQ=255) tactacAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCt < 1:3720159/91‑1 (MQ=255) ctacAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTgg > 1:117289/1‑91 (MQ=255) tacAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGt > 1:1588202/1‑91 (MQ=255) tacAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGt > 1:3085092/1‑91 (MQ=255) tacAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGt > 1:1588016/1‑91 (MQ=255) acAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTg < 1:209921/91‑1 (MQ=255) cAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGc < 1:1514136/91‑1 (MQ=255) cAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCAGCCCTGGTGc < 1:2084625/91‑1 (MQ=255) cAGGAGATGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCAGCCCTGGTGc < 1:2084594/91‑1 (MQ=255) ctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCt > 1:491534‑M1/65‑91 (MQ=255) ctgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCt > 1:491490‑M1/65‑91 (MQ=255) tgctgtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCtt > 1:896444‑M1/64‑91 (MQ=255) gagaTGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCttt < 1:768715/91‑1 (MQ=255) gagaTGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCttt < 1:1560529/91‑1 (MQ=255) agaTGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTg < 1:1271276/91‑1 (MQ=255) gaTGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGa > 1:548847/1‑91 (MQ=255) gaTGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGa < 1:380351/91‑1 (MQ=255) gaTGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGa < 1:3133137/91‑1 (MQ=255) gaTGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGa < 1:3136320/91‑1 (MQ=255) gtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGaa > 1:59514‑M1/60‑91 (MQ=255) gtcgctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGaa > 1:58715‑M1/60‑91 (MQ=255) aTGTATATAAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGaa < 1:928105/91‑1 (MQ=255) gctacaagtcctattaccttgtcacgaaacgcattgactggaagtagatcaaacacATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGaaaaa > 1:207833‑M1/57‑91 (MQ=255) atataAATTAACGACGTCGTTGATGCAGGCGGATGTGATTTTTAGTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAAt < 1:2726016/91‑1 (MQ=255) atataAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAAt < 1:2725968/91‑1 (MQ=255) atataAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAAt < 1:3527261/91‑1 (MQ=255) tataAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAAtg < 1:310461/91‑1 (MQ=255) ataAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAAtgt > 1:3772827/1‑91 (MQ=255) ataAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAAtgt > 1:2026002/1‑91 (MQ=255) ataAATTAACGACGTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAAtgt > 1:2640595/1‑91 (MQ=255) cgacgTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCt > 1:4133462/1‑91 (MQ=255) cgacgTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCt > 1:792592/1‑91 (MQ=255) cgacgTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCt > 1:4133259/1‑91 (MQ=255) cgacgTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCt > 1:4136057/1‑91 (MQ=255) cgacgTCGTTAATGCAGGCTGATGTGATTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCt < 1:1586609/91‑1 (MQ=255) 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aTTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCTACTTCCAGTCAATGCGTTTCGTGACa < 1:1995895/91‑1 (MQ=255) aTTTTTATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCTACTTCCAGTCAATGCGTTTCGTGACa < 1:2325239/91‑1 (MQ=255) tttATTGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCTACTTCCAGTCAATGCGTTTCGTGACAAgg < 1:2015964/91‑1 (MQ=255) ttGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCTACTTCCAGTCAATGCGTTTCGTGACAAGGTAAt > 1:2303478/1‑91 (MQ=255) ttGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCTACTTCCAGTCAATGCGTTTCGTGACAAGGTAAt > 1:1971633/1‑91 (MQ=255) tGGTTTTCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCTACTTCCAGTCAATGCGTTTCGTGACAAGGTAATa < 1:3489481/91‑1 (MQ=255) tttCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCTACTTCCAGTCAATGCGTTTCGTGACAAGGTAATAGGAc > 1:874053/1‑91 (MQ=255) tCCAATTTTTCAAGCTTCCATCCCTGGTGCTTTGAAAAATGTGTTTGATCTACTTCCAGTCAATGCGTTTCGTGACAAGGTAATAGGACtt > 1:3967355/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |