| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 523911 | 75 (0.760) | 5 (0.060) | 5/130 | NT | 6.4% | coding (322/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 523926 | 85 (1.060) | coding (337/726 nt) | yfiC | tRNA1(Val) (adenine(37)‑N6)‑methyltransferase | |||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGA > USA300TCH1516_ALE/523821‑524001 | gTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACCAAAGTAT > 1:2078380‑M1/1‑91 (MQ=255) tatGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTaaa > 1:3554495/1‑91 (MQ=255) tGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAAcc < 1:1740452/91‑1 (MQ=255) cgcgACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTc > 1:1507394/1‑91 (MQ=255) gcgACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTca < 1:2216025/91‑1 (MQ=255) cgACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTcac > 1:3730373/1‑91 (MQ=255) cgACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTcac > 1:3730372/1‑91 (MQ=255) gCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaa < 1:4005997‑M1/91‑17 (MQ=255) cacaTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATat < 1:1635418‑M2/91‑3 (MQ=255) caTTTCAAGTCAAAGAAGTTGATGAGAATTTATCAATGCATCACATGGATTTGTAAAACGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatac < 1:1298623‑M1/91‑20 (MQ=255) aTTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatact > 1:3096984‑M2/1‑86 (MQ=255) tttCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactt > 1:143340‑M2/1‑85 (MQ=255) tttCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactt < 1:622346‑M2/91‑7 (MQ=255) ttcaattcaaTGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatacttt < 1:2549549‑M1/91‑23 (MQ=255) ttcaattcaaTGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatacttt < 1:1354804‑M2/91‑8 (MQ=255) caattcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttag < 1:2124480‑M1/91‑25 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa < 1:605219‑M2/91‑13 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa < 1:2377612‑M2/91‑13 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa < 1:4040213‑M2/91‑13 (MQ=255) ttcaatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaa < 1:626935‑M2/91‑13 (MQ=255) caatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacg < 1:1002796‑M1/91‑30 (MQ=255) caatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacg < 1:1067498‑M2/91‑15 (MQ=255) caatGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacg > 1:2504740‑M2/1‑77 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg > 1:2469244/1‑91 (MQ=255) atgatgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACgtg > 1:2469430/1‑91 (MQ=255) tgTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAAt > 1:735831/1‑91 (MQ=255) gTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATc > 1:2996114/1‑91 (MQ=255) gTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATc > 1:2148166/1‑91 (MQ=255) ttGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATcc < 1:3259870/91‑1 (MQ=255) tgatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCg < 1:2780517/91‑1 (MQ=255) tgatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCg < 1:3878165/91‑1 (MQ=255) gatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGc > 1:4006012/1‑91 (MQ=255) gatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGc > 1:3557498/1‑91 (MQ=255) gatgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGc > 1:1010326/1‑91 (MQ=255) atgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGcc < 1:169323/91‑1 (MQ=255) atgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGcc < 1:3822936/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:3087924/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:445910/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:1671156/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt > 1:1297001/1‑91 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt > 1:1297046/1‑91 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:1399052/91‑1 (MQ=255) tgaATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCt < 1:1398454/91‑1 (MQ=255) aaTATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTa < 1:1848909/91‑1 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt > 1:888075/1‑91 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt < 1:2861829/91‑1 (MQ=255) atTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAttt < 1:2862106/91‑1 (MQ=255) tttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTGACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTAtttt < 1:3688328/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTa > 1:50675/1‑91 (MQ=255) tAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTaa > 1:327017/1‑91 (MQ=255) aCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAag < 1:2003852/91‑1 (MQ=255) aCAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAag < 1:3091813/91‑1 (MQ=255) aTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAgaga < 1:3138762/91‑1 (MQ=255) aTGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAgaga < 1:175528/91‑1 (MQ=255) 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aCTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag > 1:2138827/1‑91 (MQ=255) aCTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAaagaag > 1:2139034/1‑91 (MQ=255) cTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGc > 1:4001128/1‑91 (MQ=255) cTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGc > 1:700618/1‑91 (MQ=255) aaaGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaa < 1:1354804‑M1/91‑85 (MQ=255) aaaGTATTTAAACCTTCACAATatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaa < 1:2549549‑M2/91‑70 (MQ=255) aaGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaa < 1:622346‑M1/91‑86 (MQ=255) aaGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcaca < 1:899411/91‑1 (MQ=255) aaGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGcaca < 1:157886/91‑1 (MQ=255) aGTATattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaat > 1:3096984‑M1/1‑5 (MQ=255) aGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACAt < 1:1295049/91‑1 (MQ=255) gTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATa > 1:3612494/1‑91 (MQ=255) atattgtgaaggtttaaatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaatgtg < 1:1635418‑M1/91‑90 (MQ=255) tttAAACCTTCACAATatactttagtaacgtttttcaaatccatgtgatgcattgttaaatattcatcaacatcattgaattgaaatgtgc < 1:4005997‑M2/91‑76 (MQ=255) | GTCGATATGGCGCGACGCACATTTCAATTCAATGATGTTGATGAATATTTAACAATGCATCACATGGATTTGAAAAACGTTACTAAAGTATTTAAACCTTCACAATATACTTTAGTAACGTGTAATCCGCCTTATTTTAAAGAGAATCAGCAACACCAACATCAAAAAGAAGCACATAAGA > USA300TCH1516_ALE/523821‑524001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |